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万見
- PDB-5d0i: Structure of RING finger protein 165 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d0i
タイトルStructure of RING finger protein 165
要素RING finger protein 165
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / RING finger protein
機能・相同性
機能・相同性情報


forelimb morphogenesis / muscle structure development / innervation / positive regulation of BMP signaling pathway / motor neuron axon guidance / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / protein-containing complex ...forelimb morphogenesis / muscle structure development / innervation / positive regulation of BMP signaling pathway / motor neuron axon guidance / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase MBR1/2-like / Zinc finger, RING-CH-type / The RING-variant domain is a C4HC3 zinc-finger like motif found in a number of cellular and viral proteins. Some of these proteins have been shown both in vivo and in vitro to have ubiquitin E3 ligase activity. / Ring finger domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type ...E3 ubiquitin-protein ligase MBR1/2-like / Zinc finger, RING-CH-type / The RING-variant domain is a C4HC3 zinc-finger like motif found in a number of cellular and viral proteins. Some of these proteins have been shown both in vivo and in vitro to have ubiquitin E3 ligase activity. / Ring finger domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase ARK2C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wright, J.D. / Day, C.L. / Mace, P.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Secondary ubiquitin-RING docking enhances Arkadia and Ark2C E3 ligase activity.
著者: Wright, J.D. / Mace, P.D. / Day, C.L.
履歴
登録2015年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RING finger protein 165
B: RING finger protein 165
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3897
ポリマ－22,0312
非ポリマー3585
水1,17165
1
A: RING finger protein 165
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2424
ポリマ－11,0161
非ポリマー2273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RING finger protein 165
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1463
ポリマ－11,0161
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.220, 76.220, 103.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 RING finger protein 165


分子量: 11015.576 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 255-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF165 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZSG1
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.86 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HEPES, sodium chloride, ammonium sulfate, ethylene glycol
PH範囲: 6.8-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32.37 Å / Num. obs: 23021 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 14.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.9→32.369 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1998 1177 5.12 %Random selection
Rwork0.1734 ---
obs0.1747 22990 93.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.369 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数889 0 9 65 963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0131222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.465336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.98650.30221540.27212633X-RAY DIFFRACTION93
1.9865-2.09120.21921470.21822654X-RAY DIFFRACTION93
2.0912-2.22220.20741630.19112716X-RAY DIFFRACTION95
2.2222-2.39370.19541550.17522725X-RAY DIFFRACTION95
2.3937-2.63450.19911310.1712744X-RAY DIFFRACTION94
2.6345-3.01550.19591340.1782776X-RAY DIFFRACTION95
3.0155-3.79820.2051470.17262761X-RAY DIFFRACTION93
3.7982-32.37330.18261460.15272804X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.16390.1547-0.44194.8508-2.87053.6399-0.1686-0.4631-0.77480.16880.11290.23680.25640.0813-0.03730.28620.02950.06410.28290.10620.373523.409741.029132.2337
24.9188-0.3031-1.04695.5340.43833.25460.3233-0.78990.91840.3868-0.14120.1046-0.27360.4082-0.08490.3356-0.0790.07380.3406-0.15740.358522.442363.050733.2997
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 259:339 OR RESID 401:402 ) )A259 - 339
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 259:339 OR RESID 401:402 ) )A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 292:344 OR RESID 401:402 ) )B292 - 344
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 292:344 OR RESID 401:402 ) )B401 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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