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- PDB-5d0e: Crystal Structure of an adenylyl cyclase Ma1120-Cat in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d0e
タイトルCrystal Structure of an adenylyl cyclase Ma1120-Cat in complex with GTP and calcium from Mycobacterium avium
要素Cyclase
キーワードLYASE / Adenylyl cyclase / GTP
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide biosynthetic process / adenylate cyclase activity / intracellular signal transduction / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleotide cyclase, GGDEF domain / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium avium subsp. avium 10-9275 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Bharambe, N.G. / Barathy, D.V. / Suguna, K.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Substrate specificity determinants of class III nucleotidyl cyclases
著者: Bharambe, N.G. / Barathy, D.V. / Syed, W. / Visweswariah, S.S. / Cola sigmaf o, M. / Misquith, S. / Suguna, K.
履歴
登録2015年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22016年11月2日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclase
B: Cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3377
ポリマ－39,1752
非ポリマー1,1625
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area14370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.590, 55.710, 55.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyclase


分子量: 19587.342 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 106-275 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. avium 10-9275 (バクテリア)
遺伝子: O972_06080 / プラスミド: pPROExHT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V7LAR8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 30% (w/v) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→27.1 Å / Num. obs: 50213 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.48→1.56 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WP9

4wp9


解像度: 1.48→27.095 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 2531 5.07 %
Rwork0.1889 --
obs0.1907 49966 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→27.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2401 0 67 321 2789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8033525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.246958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.479-1.50740.32921350.29842586X-RAY DIFFRACTION97
1.5074-1.53820.28471320.2662641X-RAY DIFFRACTION100
1.5382-1.57170.26531490.2562610X-RAY DIFFRACTION100
1.5717-1.60820.31381210.2532653X-RAY DIFFRACTION100
1.6082-1.64840.28861390.22832649X-RAY DIFFRACTION100
1.6484-1.6930.23741260.23442644X-RAY DIFFRACTION100
1.693-1.74280.25471530.22392666X-RAY DIFFRACTION100
1.7428-1.7990.24121490.21912617X-RAY DIFFRACTION100
1.799-1.86330.26771390.21052650X-RAY DIFFRACTION100
1.8633-1.93790.31751270.28862489X-RAY DIFFRACTION94
1.9379-2.02610.26571550.20232623X-RAY DIFFRACTION99
2.0261-2.13290.19121570.19712649X-RAY DIFFRACTION100
2.1329-2.26640.2411380.21252598X-RAY DIFFRACTION99
2.2664-2.44130.22151300.182656X-RAY DIFFRACTION99
2.4413-2.68680.20311620.17972649X-RAY DIFFRACTION100
2.6868-3.07510.2321380.17612684X-RAY DIFFRACTION100
3.0751-3.87250.20441440.15442660X-RAY DIFFRACTION100
3.8725-27.09920.18851370.15812711X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6299-1.56580.32922.34240.24231.65850.0962-0.15260.15760.0376-0.11640.1526-0.2348-0.24550.01750.18330.01290.01450.13690.01040.134217.0421-38.0243139.7698
22.33640.1716-0.48242.66990.1843.02270.0271-0.17970.06120.19410.01-0.0388-0.0586-0.075-0.0240.12350-0.0160.10460.0010.125326.716-47.4247141.1543
34.34070.3919-0.40584.70812.93692.23110.118-0.102-0.29990.2411-0.1220.0190.3452-0.30060.02460.1757-0.004-0.02930.10580.03620.214123.9209-60.543138.256
46.1019-3.38490.1064.5426-0.91670.73970.0624-0.01210.1716-0.2913-0.0047-0.0682-0.00010.0307-0.04650.162-0.0255-0.03610.1321-0.02980.081822.4439-42.9959117.9709
56.7332-1.6588-1.62017.36053.13886.50560.08390.14580.1345-0.41350.1643-0.1294-0.21040.2875-0.19080.1836-0.0616-0.00610.18750.04360.169315.9677-37.9187113.6733
63.6339-0.4168-0.70422.40440.82664.2553-0.03110.1339-0.0514-0.1787-0.00820.1806-0.0367-0.24560.04170.13260.0188-0.02940.16290.01870.21745.1498-41.7672118.7378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 102 through 147 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 148 through 251 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 252 through 270 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 103 through 147 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 148 through 184 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 185 through 271 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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