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- PDB-4edp: 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4edp
タイトル1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter from Clostridium perfringens ATCC 13124
要素ABC transporter, substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / substrate-binding protein / Clostridium perfringens ATCC 13124 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


polyamine binding / polyamine transport / thiamine binding / thiamine transport / thiamine pyrophosphate binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ABC transporter, substrate-binding protein / ABC transporter, substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter from Clostridium perfringens ATCC 13124
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, substrate-binding protein
B: ABC transporter, substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,32615
ポリマ－76,6522
非ポリマー67313
水12,214678
1
A: ABC transporter, substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6337
ポリマ－38,3261
非ポリマー3076
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC transporter, substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6928
ポリマ－38,3261
非ポリマー3667
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.318, 50.743, 143.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 ABC transporter, substrate-binding protein


分子量: 38326.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / 遺伝子: CPF_1477 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q0TR20, UniProt: A0A0H2YTW6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: crystallization condition: 2M NH4 Citrate pH 7.0,0.1MBis-Tris Propane. Paratone used for cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日 / 詳細: Be-Lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 68597 / Num. obs: 68597 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.17
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3387 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A99

1a99


解像度: 1.85→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.62 / SU ML: 0.049 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1909 3475 5.1 %RANDOM
Rwork0.16279 ---
obs0.16426 65106 99.54 %-
all-65106 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.83 Å20 Å26.78 Å2
2---2.71 Å20 Å2
3---8.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4910 0 40 678 5628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225437
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9597422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86838841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.8485716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.81727.48246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.78115980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.307154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8681.53455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2781.51362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57425636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.72831982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5684.51786
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 201 -
Rwork0.209 4579 -
obs-4579 95.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9129-0.1101-0.09774.5633-1.13812.16910.02640.67360.118-0.4776-0.06020.14380.0105-0.03850.03390.2241-0.0335-0.02170.35870.03190.036811.850852.909939.3599
22.0514-0.1369-0.2941.32420.13741.4779-0.07450.2145-0.1211-0.1180.0355-0.01650.12270.12060.03910.0822-0.0010.00530.1159-0.00580.023518.046445.869253.3587
31.16320.16470.04951.5456-0.42041.09920.0305-0.003-0.02780.0140.04160.14810.0276-0.0305-0.07210.0426-0.0007-0.02050.0046-0.00420.0554-6.468637.814868.8427
43.3844-0.05211.08711.3694-0.23921.49260.0180.0972-0.2542-0.11730.02560.00250.06310.0924-0.04360.10020.0059-0.01170.0158-0.02060.0485-0.369831.720568.4714
52.11650.5187-0.41030.7622-0.37240.7607-0.0670.33220.0981-0.13130.08060.0823-0.0051-0.0165-0.01370.0923-0.0037-0.02980.07910.00180.03263.534250.091655.5333
61.6097-0.0531-0.11642.2501-0.57411.56060.03030.0997-0.0116-0.1025-0.05750.09930.0726-0.01810.02720.062-0.0001-0.02210.1032-0.02220.05254.45242.256563.2905
72.2850.0671-0.28593.95820.92582.6831-0.0077-0.50180.07430.3772-0.0392-0.1955-0.0140.06920.04690.1950.0305-0.01910.3205-0.03130.037633.437429.173631.4931
82.0618-0.0838-0.06481.4015-0.04681.6994-0.0686-0.2115-0.12980.09030.02320.0830.1695-0.17320.04540.0839-0.00650.0130.11820.00480.033827.182422.04717.7253
91.3172-0.30940.14041.55650.46491.13130.0140.0064-0.0425-0.02390.0454-0.1320.03390.0518-0.05940.0466-0.0025-0.01670.00430.00230.051651.787113.77342.2444
103.25880.01831.28231.40820.11281.66270.0101-0.0978-0.28310.11080.04110.01990.0364-0.1173-0.05130.0864-0.0048-0.00880.0180.01610.043444.99057.36081.995
112.1358-0.4265-0.51770.66040.37960.8458-0.0538-0.31560.08170.1130.0728-0.07860.00620.0056-0.01890.08830.0031-0.03310.0753-0.00240.028242.187325.915815.4529
121.723-0.0308-0.11381.97520.43381.4250.0502-0.10180.00550.1016-0.0882-0.10440.07050.03410.03790.0667-0.0049-0.01880.11010.01960.046140.849418.27277.7027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2A66 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3A135 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4A184 - 221
5X-RAY DIFFRACTION5A222 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6A305 - 348
7X-RAY DIFFRACTION7B33 - 65
8X-RAY DIFFRACTION8B66 - 134
9X-RAY DIFFRACTION9B135 - 183
10X-RAY DIFFRACTION10B184 - 219
11X-RAY DIFFRACTION11B220 - 304
12X-RAY DIFFRACTION12B305 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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