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Yorodumi- PDB-4edp: 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4edp | ||||||
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Title | 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter from Clostridium perfringens ATCC 13124 | ||||||
Components | ABC transporter, substrate-binding protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / substrate-binding protein / Clostridium perfringens ATCC 13124 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Clostridium perfringens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter from Clostridium perfringens ATCC 13124 Authors: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4edp.cif.gz | 301 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4edp.ent.gz | 246.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4edp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4edp_validation.pdf.gz | 453.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4edp_full_validation.pdf.gz | 459.4 KB | Display | |
Data in XML | 4edp_validation.xml.gz | 32.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4edp_validation.cif.gz | 50.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1a99S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38326.227 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium perfringens (bacteria) / Strain: ATCC 13124 / Gene: CPF_1477 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / References: UniProt: Q0TR20, UniProt: A0A0H2YTW6*PLUS #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: crystallization condition: 2M NH4 Citrate pH 7.0,0.1MBis-Tris Propane. Paratone used for cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 17, 2012 / Details: Be-Lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→30 Å / Num. all: 68597 / Num. obs: 68597 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.17 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3387 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1A99 Resolution: 1.85→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.62 / SU ML: 0.049 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.023 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.842 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→29.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.851→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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