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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b4s | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of GH80 chitosanase from Mitsuaria chitosanitabida | ||||||
要素 | Chitosanaseキトサナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CHITOSANASE (キトサナーゼ) / GLYCOSIDE HYDROLASE (グリコシダーゼ) / CHITOSAN (キトサン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mitsuaria chitosanitabida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Kumasaka, T. / Yorinaga, Y. / Yamamoto, M. / Hamada, K. / Kawamukai, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017 タイトル: Crystal structure of a family 80 chitosanase from Mitsuaria chitosanitabida 著者: Yorinaga, Y. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Hamada, K. / Kawamukai, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b4s.cif.gz | 139.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5b4s.ent.gz | 115 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b4s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/5b4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/5b4s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35685.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 81-391 / 変異: T128V / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Expression tag "MRGSHHHHHHTDPH" was attached to the N-terminus of the mature protein. Since the UniProt O82856 entry includes pre-pro sequence (1-80), the mature protein starts at 81th Ala residue. 由来: (組換発現) Mitsuaria chitosanitabida (バクテリア) 遺伝子: choA / プラスミド: pQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: O82856 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.05 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, ammonium sulphate, sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.02 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月8日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (400) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.02 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→43.66 Å / Num. obs: 61905 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 14.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 23.74 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.812 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 12.38 / % possible all: 98.65 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→43.659 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 16.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.659 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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