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- PDB-5czv: Crystal structure of Notch3 NRR in complex with 20350 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5czv
タイトルCrystal structure of Notch3 NRR in complex with 20350 Fab
要素
  • Fab 20350 heavy chain
  • Fab 20350 light chain
  • Neurogenic locus notch homolog protein 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / NOTCH3 / ONCOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


glomerular capillary formation / Defective LFNG causes SCDO3 / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / Noncanonical activation of NOTCH3 / neuroblast differentiation / Pre-NOTCH Processing in Golgi / neuron fate commitment / artery morphogenesis / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Notch-HLH transcription pathway ...glomerular capillary formation / Defective LFNG causes SCDO3 / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / Noncanonical activation of NOTCH3 / neuroblast differentiation / Pre-NOTCH Processing in Golgi / neuron fate commitment / artery morphogenesis / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of neuron differentiation / forebrain development / Notch signaling pathway / axon guidance / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of miRNA transcription / signaling receptor activity / receptor complex / cadherin binding / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #320 / Alpha-Beta Plaits - #3310 / Neurogenic locus Notch 3 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #320 / Alpha-Beta Plaits - #3310 / Neurogenic locus Notch 3 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus notch homolog protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Hu, T. / Fryer, C. / Chopra, R. / Clark, K.
引用ジャーナル: Oncogene / 年: 2016
タイトル: Characterization of activating mutations of NOTCH3 in T-cell acute lymphoblastic leukemia and anti-leukemic activity of NOTCH3 inhibitory antibodies.
著者: Bernasconi-Elias, P. / Hu, T. / Jenkins, D. / Firestone, B. / Gans, S. / Kurth, E. / Capodieci, P. / Deplazes-Lauber, J. / Petropoulos, K. / Thiel, P. / Ponsel, D. / Hee Choi, S. / LeMotte, P. ...著者: Bernasconi-Elias, P. / Hu, T. / Jenkins, D. / Firestone, B. / Gans, S. / Kurth, E. / Capodieci, P. / Deplazes-Lauber, J. / Petropoulos, K. / Thiel, P. / Ponsel, D. / Hee Choi, S. / LeMotte, P. / London, A. / Goetcshkes, M. / Nolin, E. / Jones, M.D. / Slocum, K. / Kluk, M.J. / Weinstock, D.M. / Christodoulou, A. / Weinberg, O. / Jaehrling, J. / Ettenberg, S.A. / Buckler, A. / Blacklow, S.C. / Aster, J.C. / Fryer, C.J.
履歴
登録2015年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 3
H: Fab 20350 heavy chain
L: Fab 20350 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7907
ポリマ－77,4483
非ポリマー3414
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area28240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.917, 104.349, 92.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab 20350 heavy chain / IgG20350 heavy chain / NVP-LMW976 heavy chain


分子量: 23794.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab 20350 light chain / IgG20350 light chain / NVP-LMW976 light chain


分子量: 23557.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 3 / Notch 3


分子量: 30096.623 Da / 分子数: 1 / 断片: negative regulatory region (UNP residues 1378-1640) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTCH3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-FS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UM47
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 10分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1M NaAc, pH 5.6, 17.5% (v/v) PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→30 Å / Num. obs: 11614 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 57.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.043 / Net I/av σ(I): 6.412 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 29800
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.19-3.262.40.2725390.45979.1
3.26-3.312.50.2435400.52679.8
3.31-3.382.40.2475150.61580.7
3.38-3.452.40.2065320.65679.4
3.45-3.522.50.1845600.63182.7
3.52-3.62.60.1775740.65585.3
3.6-3.692.60.1735650.76885.2
3.69-3.792.60.1935640.65585.2
3.79-3.92.60.1585690.73885.1
3.9-4.032.60.1325980.71988.5
4.03-4.172.60.1255790.7986.4
4.17-4.342.60.1085960.89388
4.34-4.542.40.1125651.00785.7
4.54-4.782.50.1115761.08786.5
4.78-5.072.50.1026030.87389.3
5.07-5.462.60.1156051.52390.6
5.46-6.012.80.1196261.06793.4
6.01-6.872.70.1226351.1892.6
6.87-8.622.50.1036272.31491.3
8.62-302.60.0786462.97993.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ETO

3eto


解像度: 3.19→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8811 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.539
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2565 567 4.88 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.2062 11612 85.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 181.56 Å2 / Biso mean: 68.65 Å2 / Biso min: 9.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.2877 Å20 Å2-2.4135 Å2
2--4.8788 Å20 Å2
3----13.1665 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.577 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.19→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4915 0 17 7 4939
Biso mean--102.76 16.34 -
残基数----642
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1684SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes117HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes741HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5060HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion650SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5599SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5060HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6887HARMONIC21.23
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.34
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.49 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 132 5.23 %
Rwork0.2124 2391 -
all0.2145 2523 -
obs--85.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.78330.3910.14791.63880.39421.4174-0.09750.1829-0.3997-0.09580.0516-0.12730.14780.21560.0459-0.0454-0.0046-0.136-0.33640.05890.2297-5.638-17.5861-44.5322
22.70240.907-0.2364.21761.57082.80210.0855-0.73330.12520.52250.0257-0.09820.0737-0.1434-0.1112-0.10050.0991-0.1846-0.17990.0894-0.1126.85279.4536-7.7014
30.52470.4972-0.59281.50781.46051.72160.0445-0.54360.10.35550.3173-0.6029-0.02870.4095-0.3617-0.1310.0375-0.3045-0.1357-0.03930.311419.39216.0591-19.6693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1391 - 1633
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }H1 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }L2 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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