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万見
- PDB-5cz2: Crystal structure of a two-domain fragment of MMTV integrase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cz2
タイトルCrystal structure of a two-domain fragment of MMTV integrase
要素Pol polyprotein
キーワードHYDROLASE / integrase / POL / retrovirus / amino terminal domain / catalytic core domain / zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, N-terminal zinc-binding domain / GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain ...Integrase, N-terminal zinc-binding domain / GAG-polyprotein viral zinc-finger / Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse mammary tumor virus (マウス乳癌ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Cook, N. / Ballandras-Colas, A. / Engelman, A. / Cherepanov, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI070042 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
著者: Allison Ballandras-Colas / Monica Brown / Nicola J Cook / Tamaria G Dewdney / Borries Demeler / Peter Cherepanov / Dmitry Lyumkis / Alan N Engelman /
要旨: Retroviral integrase catalyses the integration of viral DNA into host target DNA, which is an essential step in the life cycle of all retroviruses. Previous structural characterization of integrase- ...Retroviral integrase catalyses the integration of viral DNA into host target DNA, which is an essential step in the life cycle of all retroviruses. Previous structural characterization of integrase-viral DNA complexes, or intasomes, from the spumavirus prototype foamy virus revealed a functional integrase tetramer, and it is generally believed that intasomes derived from other retroviral genera use tetrameric integrase. However, the intasomes of orthoretroviruses, which include all known pathogenic species, have not been characterized structurally. Here, using single-particle cryo-electron microscopy and X-ray crystallography, we determine an unexpected octameric integrase architecture for the intasome of the betaretrovirus mouse mammary tumour virus. The structure is composed of two core integrase dimers, which interact with the viral DNA ends and structurally mimic the integrase tetramer of prototype foamy virus, and two flanking integrase dimers that engage the core structure via their integrase carboxy-terminal domains. Contrary to the belief that tetrameric integrase components are sufficient to catalyse integration, the flanking integrase dimers were necessary for mouse mammary tumour virus integrase activity. The integrase octamer solves a conundrum for betaretroviruses as well as alpharetroviruses by providing critical carboxy-terminal domains to the intasome core that cannot be provided in cis because of evolutionarily restrictive catalytic core domain-carboxy-terminal domain linker regions. The octameric architecture of the intasome of mouse mammary tumour virus provides new insight into the structural basis of retroviral DNA integration.
履歴
登録2015年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pol polyprotein
B: Pol polyprotein
C: Pol polyprotein
D: Pol polyprotein
E: Pol polyprotein
F: Pol polyprotein
G: Pol polyprotein
H: Pol polyprotein
I: Pol polyprotein
J: Pol polyprotein
K: Pol polyprotein
L: Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,95624
ポリマ－286,41712
非ポリマー53812
水00
1
A: Pol polyprotein
B: Pol polyprotein
G: Pol polyprotein
H: Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6528
ポリマ－95,4724
非ポリマー1794
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Pol polyprotein
D: Pol polyprotein
K: Pol polyprotein
L: Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6528
ポリマ－95,4724
非ポリマー1794
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Pol polyprotein
F: Pol polyprotein
I: Pol polyprotein
J: Pol polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6528
ポリマ－95,4724
非ポリマー1794
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.370, 83.150, 141.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Pol polyprotein


分子量: 23868.123 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1437-1646 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mouse mammary tumor virus (strain BR6) (ウイルス)
株: BR6 / 遺伝子: pol / プラスミド: pCPH6P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P03365, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: P03365, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 % / 解説: needles, rods
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 17% (w/v) PEG3350, 0.2M MgCl2, 4% (w/v) 1-Butyl-3-methylimidazolium dicyanamide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97726 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月25日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97726 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.865
11-h,-k,l20.135
反射解像度: 2.72→70.57 Å / Num. obs: 33784 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.72→2.79 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CZ1 and 3F9K

5cz1

3f9k


解像度: 2.72→70.57 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.63 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2799 1671 4.95 %RANDOM
Rwork0.2413 ---
obs0.243 33771 99.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→70.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8579 0 12 0 8591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.37911949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5795153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7207-2.80070.3981430.33022618X-RAY DIFFRACTION94
2.8007-2.89110.34131250.31942682X-RAY DIFFRACTION95
2.8911-2.99430.32291440.30192682X-RAY DIFFRACTION95
2.9943-3.11420.32851260.27642663X-RAY DIFFRACTION95
3.1142-3.25580.28731440.26352663X-RAY DIFFRACTION95
3.2558-3.42730.31471530.25362676X-RAY DIFFRACTION94
3.4273-3.64190.27041460.23842669X-RAY DIFFRACTION94
3.6419-3.92270.26351360.22662652X-RAY DIFFRACTION94
3.9227-4.31690.24261160.20172666X-RAY DIFFRACTION95
4.3169-4.94010.22491520.19532678X-RAY DIFFRACTION94
4.9401-6.21860.25721260.22672681X-RAY DIFFRACTION95
6.2186-35.6380.30461440.26062746X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1321-0.11490.56483.2445-0.09963.3673-0.1591-0.55130.1521-0.1143-0.0076-0.30970.19060.5530.11020.23190.12490.05050.3892-0.01310.5001-24.043321.9815-12.8282
21.8195-0.17330.04514.22780.21332.5901-0.3525-0.5501-0.05990.24450.17710.56650.10780.0540.16760.23020.13150.02880.4465-0.02670.5128-43.64921.7893-5.7399
31.94760.0560.23672.8422-0.56344.2428-0.28660.3898-0.5581-0.14150.1809-0.15840.08070.68890.08480.2366-0.02740.10830.3809-0.070.5611-5.6194-3.1722-42.5792
41.20480.13920.393.8079-1.05033.5348-0.11970.4148-0.7167-0.44770.41660.42060.5386-0.5218-0.28160.373-0.16210.04680.4797-0.10980.8406-25.2625-9.6051-46.0171
51.58510.2889-0.2373.91040.55153.0189-0.24640.86530.51090.14180.4277-0.4218-0.20130.185-0.15580.3272-0.1057-0.02220.54920.15360.538812.449335.1131-49.4942
61.5066-0.9695-0.71732.26310.55171.896-0.28010.91250.62580.0333-0.15760.0178-0.2478-0.15170.28390.3-0.0861-0.14620.82920.40820.9157-7.512740.4222-51.3011
70.20260.1930.10361.05390.2050.7075-0.0237-0.02790.1519-0.19010.0692-0.2608-0.24370.1014-0.02940.7066-0.1067-0.09690.1414-0.07250.8356-33.076944.768-21.6582
80.350.10990.15270.75261.34212.4670.0592-0.0749-0.7870.1825-0.02290.84171.0276-0.5038-0.01950.8051-0.04940.07340.37110.12941.1852-40.7854-2.3037-14.3004
94.28310.67140.01731.83532.14632.657-0.1779-0.18650.74670.2797-0.05650.5471-0.5106-0.63840.14450.53090.0801-0.07120.489-0.14990.8682-5.196745.8538-28.3558
100.16370.2152-0.25051.5909-0.31591.88510.00290.2411-0.0338-0.33110.0395-0.09840.2250.5548-0.04490.8057-0.38860.10231.2571-0.26890.41733.573316.0161-65.1025
110.1295-0.48250.06432.5526-0.42890.07950.10510.34720.1835-0.58610.00210.119-0.28250.0999-0.05520.8121-0.14050.11251.28030.30330.6443-22.94749.2235-63.634
121.1588-1.09320.04112.4648-0.05011.56410.0071-0.1378-0.130.48630.0409-0.20620.11860.0724-0.0110.65980.19560.14050.27190.19280.5586-14.228-6.7605-18.5444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 51:209)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 56:209)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 50:209)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 55:209)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resid 51:209)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resid 56:208)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resid 1:41)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resid 2:41)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain I and resid 2:41)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain J and resid 1:41)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain K and resid 2:41)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain L and resid 1:41)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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