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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cyt | ||||||||||||
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タイトル | REFINEMENT OF MYOGLOBIN AND CYTOCHROME C | ||||||||||||
要素 | CYTOCHROME C | ||||||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (HEME PROTEIN) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Thunnus alalunga (とんぼ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Takano, T. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Methods and Applications in Crystallographic Computing 年: 1984 タイトル: Refinement of Myoglobin and Cytochrome C 著者: Takano, T. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Conformation Change of Cytochrome C. I. Ferrocytochrome C Structure Refined at 1.5 Angstroms Resolution 著者: Takano, T. / Dickerson, R.E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981 タイトル: Conformation Change of Cytochrome C. II. Ferricytochrome C Refinement at 1.8 Angstroms and Comparison with the Ferrocytochrome Structure 著者: Takano, T. / Dickerson, R.E. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980 タイトル: Redox Conformation Changes in Refined Tuna Cytochrome C 著者: Takano, T. / Dickerson, R.E. #4: ジャーナル: Sci.Am. / 年: 1980 タイトル: Cytochrome C and the Evolution of Energy Metabolism 著者: Dickerson, R.E. #5: ジャーナル: Nature / 年: 1980 タイトル: Internal Mobility of Ferrocytochrome C 著者: Northrup, S.H. / Pear, M.R. / Mccammon, J.A. / Karplus, M. / Takano, T. #6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1977 タイトル: Tuna Cytochrome C at 2.0 Angstroms Resolution. II. Ferrocytochrome Structure Analysis 著者: Takano, T. / Trus, B.L. / Mandel, N. / Mandel, G. / Kallai, O.B. / Swanson, R. / Dickerson, R.E. #7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1977 タイトル: Tuna Cytochrome C at 2.0 Angstroms Resolution. I. Ferricytochrome Structure Analysis 著者: Swanson, R. / Trus, B.L. / Mandel, N. / Mandel, G. / Kallai, O.B. / Dickerson, R.E. #8: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1973 タイトル: The Structure of Ferrocytochrome C at 2.45 Angstroms Resolution 著者: Takano, T. / Kallai, O.B. / Swanson, R. / Dickerson, R.E. #9: ジャーナル: Sci.Am. / 年: 1972 タイトル: The Structure and History of an Ancient Protein 著者: Dickerson, R.E. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cyt.cif.gz | 32.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cyt.ent.gz | 24.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cyt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5cyt_validation.pdf.gz | 813.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5cyt_full_validation.pdf.gz | 814.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5cyt_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5cyt_validation.cif.gz | 9.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11416.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thunnus alalunga (とんぼ) / 参照: UniProt: P81459 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 % |
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-解析
ソフトウェア | 名称: EREF / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.159 / 最高解像度: 1.5 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å
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