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- PDB-5cyn: JC Virus large T-antigen origin binding domain F258L mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cyn
タイトルJC Virus large T-antigen origin binding domain F258L mutant
要素Large T antigen
キーワードviral protein / dna binding protein / DNA binding domain / origin binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / DNA 3'-5' helicase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / DNA replication origin binding / isomerase activity / helicase activity / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Large T antigen, polyomaviridae / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding ...Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Large T antigen, polyomaviridae / Replication Protein E1; Chain: A, / Large T antigen, polyomavirus, C-terminal / Zinc finger, large T-antigen D1-type / Origin of replication binding protein / Polyomavirus large T antigen C-terminus / Large T-antigen (T-ag) origin-binding domain (OBD) profile. / Zinc finger large T-antigen (T-ag) D1-type profile. / T antigen, Ori-binding / Zinc finger, large T-antigen D1 domain superfamily / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Meinke, G. / Bohm, A. / Bullock, P.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Structural Based Analyses of the JC Virus T-Antigen F258L Mutant Provides Evidence for DNA Dependent Conformational Changes in the C-Termini of Polyomavirus Origin Binding Domains.
著者: Meinke, G. / Phelan, P.J. / Shin, J. / Gagnon, D. / Archambault, J. / Bohm, A. / Bullock, P.A.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0542
ポリマ－14,9921
非ポリマー621
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.540, 103.540, 34.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Large T antigen / LT-AG


分子量: 14992.244 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 132-261 / 変異: F258L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
プラスミド: pGEX1lT / 詳細 (発現宿主): GST fusion / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: P03072, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25-35% Peg 6000 / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 5183 / Num. obs: 5163 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 37.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LIF

4lif


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 23.55 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.63 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22747 263 5.1 %RANDOM
Rwork0.1952 ---
obs0.19682 4927 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.289 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1032 0 4 7 1043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.191.9371430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85732319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8275126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.32123.33351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25515181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.397155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6174.086507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6184.083506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0846.123632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0836.127633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4274.148555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4244.148555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.776.195799
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.28232.0981140
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.26732.0941140
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 17 -
Rwork0.248 349 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.792 Å / Origin y: -8.813 Å / Origin z: 0.953 Å
111213212223313233
T0.2005 Å20.1192 Å2-0.0219 Å2-0.0936 Å2-0.0596 Å2--0.1196 Å2
L7.9719 °2-3.3605 °2-1.1753 °2-7.4036 °2-1.0879 °2--4.4097 °2
S0.2356 Å °0.1763 Å °0.2642 Å °-0.2314 Å °-0.1041 Å °-0.3565 Å °-0.7433 Å °-0.3174 Å °-0.1314 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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