PDB-5cyg: Crystal Structure of isoform 2 of uridine phosphorylase from Schi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cyg

タイトル

Crystal Structure of isoform 2 of uridine phosphorylase from Schistosoma mansoni APO form

要素

Putative uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide catabolic process / nucleoside metabolic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.017 Å

データ登録者

Romanello, L. / Torini, J.R. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2016
タイトル: Analysis of two Schistosoma mansoni uridine phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function.
著者: da Silva Neto, A.M. / Torini de Souza, J.R. / Romanello, L. / Cassago, A. / Serrao, V.H. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D.

履歴

登録	2015年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cyg.cif.gz	232 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cyg.ent.gz	186.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cyg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4txhC 4txjC 4txlC 4txmC 4txnC 5cyfSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cyf-1 3nbq-1 3p0e-2 3bpm-d 4txn-2 4ry5-1 5e1c-d 1y2t-1 4txl-2 3nbq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uridine phosphorylase

B: Putative uridine phosphorylase

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.697, 76.277, 118.965
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative uridine phosphorylase 分子量: 32791.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_082420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4VGH9, uridine phosphorylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG2000 MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.017→20 Å / Num. all: 32883 / Num. obs: 32883 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.49 % / B_iso Wilson estimate: 25.87 Å² / R_merge F obs: 0.122 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.916 / Net I/σ(I): 10.07 / Num. measured all: 114824

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.017-2.14	0.406	0.304	2.65	12360	5586	4546	0.369	81.4
2.14-2.28	0.28	0.239	4.29	16122	5249	4809	0.281	91.6
2.28-2.46	0.244	0.2	5.56	16292	4918	4603	0.234	93.6
2.46-2.69	0.179	0.15	7.6	15733	4513	4300	0.175	95.3
2.69-3.01	0.137	0.114	10.23	14925	4159	4028	0.133	96.9
3.01-3.46	0.079	0.08	14.79	13222	3664	3553	0.094	97
3.46-4.2	0.051	0.06	19.35	11276	3152	3059	0.07	97
4.2-5.81	0.039	0.052	21.59	9168	2509	2446	0.061	97.5
5.81-20	0.033	0.046	22.29	5726	1622	1539	0.054	94.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
d*TREK		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CYF

5cyf

解像度: 2.017→19.828 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2439	1645	5 %	Random selection
R_work	0.1958	-	-	-
obs	0.1982	32882	93.09 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.017→19.828 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4352	0	0	241	4593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4470
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.708	6045
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.044	1613
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	708
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	771

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0166-2.0758	0.2753	108	0.2336	2046	X-RAY DIFFRACTION	74
2.0758-2.1428	0.2816	129	0.219	2458	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1428-2.2192	0.2415	133	0.2149	2515	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2192-2.308	0.3013	134	0.2213	2547	X-RAY DIFFRACTION	92
2.308-2.4128	0.2727	135	0.2354	2567	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4128-2.5398	0.3076	139	0.228	2638	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5398-2.6986	0.2922	139	0.2275	2651	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6986-2.9063	0.2929	143	0.2323	2709	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9063-3.1977	0.2581	142	0.2203	2704	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1977-3.6579	0.2236	144	0.1837	2735	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6579-4.5991	0.198	145	0.1593	2759	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5991-19.8284	0.2149	154	0.1638	2908	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6618	0.0321	0.0281	1.4859	-0.7745	1.379	-0.0906	-0.0826	-0.0336	0.1001	0.0932	0.0581	0.0695	-0.1503	-0.0076	0.184	0.0292	-0.015	0.1347	-0.0281	0.1182	16.778	0.0646	7.7808
2	3.291	-0.6589	1.8199	1.9779	-1.1288	4.1979	-0.1294	-0.2586	0.5233	0.2501	-0.1403	-0.2973	-0.2176	-0.0991	0.1636	0.2792	-0.046	-0.0337	0.154	-0.0479	0.2282	24.2923	13.5491	4.9433
3	1.7393	0.0717	0.4024	1.6076	0.8555	2.1664	0.1158	0.2646	-0.1163	-0.0092	0.0469	-0.5367	-0.0465	0.3279	-0.0574	0.1633	-0.0271	-0.0374	0.2172	-0.0035	0.3069	38.8776	6.403	-5.0184
4	1.9003	0.5964	-0.7448	1.5299	-1.0989	2.0359	-0.1785	-0.1182	-0.1292	0.1728	-0.0734	-0.2321	0.1073	0.1266	0.1957	0.1824	0.0044	-0.0592	0.1452	-0.0271	0.1956	30.835	2.1139	8.3009
5	5.0633	2.0969	-2.8317	4.0567	-2.5958	5.909	-0.0437	0.069	0.1319	-0.2091	0.1764	-0.3752	0.2147	0.9073	-0.0889	0.2225	-0.0034	0.047	0.4497	-0.0423	0.411	41.0857	-6.3065	-15.7196
6	2.8026	0.0241	0.2575	1.4085	-0.1827	2.6876	0.1637	-0.0717	-0.702	0.1898	-0.0219	0.2066	0.4744	0.0658	-0.087	0.3659	0.0447	0.033	0.1664	-0.003	0.3694	26.6581	-19.3415	-15.5751
7	1.926	-0.5973	-0.1891	0.9001	-0.0379	1.4881	0.0271	0.1488	-0.1973	0.0003	-0.082	0.0445	0.09	-0.0471	0.0375	0.1853	0.0042	0.0098	0.15	-0.0124	0.1715	20.2203	-5.4169	-19.6228
8	5.0564	0.5444	2.6658	2.2428	1.3185	4.6647	0.039	0.083	0.6812	-0.3102	0.1885	-0.0876	-0.4316	0.2268	0.0301	0.3588	-0.06	0.0251	0.2174	-0.0161	0.2345	27.8914	10.622	-18.9506
9	2.5885	0.17	0.101	0.8445	-0.8252	3.1348	-0.0391	0.6553	-0.7278	-0.5294	-0.106	0.2394	0.3195	-0.4856	0.1119	0.2614	-0.0175	-0.0205	0.3695	-0.1454	0.3373	10.3798	-7.018	-29.5047
10	1.4711	0.0676	0.6354	0.544	0.3506	4.3837	0.1773	0.0741	0.1052	-0.1377	-0.0585	0.0364	-0.6869	-0.7436	0.0038	0.2552	0.1027	-0.0258	0.3421	-0.0271	0.2338	5.3619	9.7249	-10.1349
11	5.3701	-1.4461	-0.2737	1.228	0.723	1.8519	-0.1456	-0.0704	-0.0722	-0.1048	0.123	-0.1151	0.0275	0.1005	0.0411	0.2001	0.0062	0.003	0.1781	-0.0389	0.1777	17.4964	1.1454	-21.1801
12	3.254	-0.5277	0.1845	3.2598	0.3289	1.978	-0.097	-0.0877	-0.73	0.249	0.0843	0.4141	0.4581	-0.2015	0.0457	0.2376	-0.0188	0.004	0.2342	0.0238	0.291	9.573	-11.3556	-19.616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 148 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 149 through 178 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 179 through 225 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 226 through 296 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 24 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 25 through 83 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 84 through 148 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 149 through 162 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 163 through 193 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 194 through 225 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 226 through 245 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 246 through 294 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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