PDB-5cyf: Crystal structure of isoform 2 of uridine phosphorylase from Schi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cyf

タイトル

Crystal structure of isoform 2 of uridine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with citrate

要素

Putative uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide catabolic process / nucleoside metabolic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.983 Å

データ登録者

Romanello, L. / Torini, J.R. / DeMarco, R. / Pereira, H.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2016
タイトル: Analysis of two Schistosoma mansoni uridine phosphorylases isoforms suggests the emergence of a protein with a non-canonical function.
著者: da Silva Neto, A.M. / Torini de Souza, J.R. / Romanello, L. / Cassago, A. / Serrao, V.H. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Garratt, R.C. / Pereira, H.D.

履歴

登録	2015年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cyf.cif.gz	351 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cyf.ent.gz	286.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cyf_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cyf_full_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示
XML形式データ	5cyf_validation.xml.gz	37.5 KB	表示
CIF形式データ	5cyf_validation.cif.gz	54.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4txhC 4txjC 4txlC 4txmC 4txnC 5cygC 3eueS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cyg-d 7bjv-1 3p0e-2 3nbq-1 4txn-2 4txj-1 4jyg-d 4txh-1 4txj-2 3ku4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uridine phosphorylase

B: Putative uridine phosphorylase

C: Putative uridine phosphorylase

ヘテロ分子

98.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Putative uridine phosphorylase

B: Putative uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative uridine phosphorylase

ヘテロ分子

C: Putative uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.530, 112.530, 152.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-429- HOH

#1: タンパク質	Putative uridine phosphorylase 分子量: 32742.711 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_082420 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4VGH9, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 16% PEG4000, 20% isopropanol, 100 sodium citrate tribasic pH 5.6 PH範囲: 5.2-6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.458 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.983→97.454 Å / Num. all: 74612 / Num. obs: 74612 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.23 Å² / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.107 / R_sym value: 0.095 / Net I/av σ(I): 5.652 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 338455

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.98-2.09	4.6	0.598	1.3	46298	10159	0.307	0.598	2.4	90.4
2.09-2.22	4.5	0.403	1.9	43963	9782	0.207	0.403	3.5	92
2.22-2.37	4.4	0.316	2.2	41736	9447	0.163	0.316	4.8	94.3
2.37-2.56	4.4	0.191	3.9	39406	9026	0.1	0.191	6.5	96.4
2.56-2.8	4.4	0.13	5.6	37225	8447	0.068	0.13	8.8	98.4
2.8-3.14	4.5	0.088	8	34869	7728	0.046	0.088	12.1	99.2
3.14-3.62	4.7	0.083	7.1	32218	6907	0.042	0.083	16.5	99.5
3.62-4.43	4.8	0.073	8.3	28382	5885	0.036	0.073	20.6	100
4.43-6.27	4.8	0.053	10.3	22388	4631	0.027	0.053	22.1	100
6.27-31.77	4.6	0.04	14.5	11970	2600	0.021	0.04	22.6	98.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA	3.3.9	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EUE

3eue

解像度: 1.983→31.77 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2102	3768	5.05 %	Random selection
R_work	0.1689	-	-	-
obs	0.1709	74564	95.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.983→31.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6594	0	26	587	7207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.245	9172
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.535	2456
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.983-2.0081	0.2631	129	0.234	2417	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0081-2.0345	0.267	136	0.2254	2433	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0345-2.0624	0.2726	136	0.2083	2449	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0624-2.0918	0.2775	136	0.2138	2443	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0918-2.1231	0.262	140	0.2039	2490	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1231-2.1562	0.2503	132	0.1961	2486	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1562-2.1916	0.2337	119	0.197	2483	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1916-2.2294	0.2523	136	0.203	2554	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2294-2.2699	0.3206	135	0.2435	2499	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2699-2.3135	0.2213	129	0.187	2540	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3135-2.3607	0.2417	129	0.1868	2577	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3607-2.412	0.215	161	0.1712	2560	X-RAY DIFFRACTION	96
2.412-2.4681	0.2046	132	0.1701	2634	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4681-2.5298	0.2334	148	0.1698	2630	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5298-2.5982	0.2103	143	0.1673	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5982-2.6746	0.2241	129	0.1761	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6746-2.7609	0.2109	150	0.1717	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7609-2.8595	0.2025	158	0.1736	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8595-2.9739	0.2377	130	0.1752	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9739-3.1092	0.2382	160	0.1789	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1092-3.2729	0.2091	150	0.1748	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2729-3.4778	0.2248	129	0.1605	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4778-3.7459	0.1792	158	0.1562	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7459-4.1221	0.1654	136	0.14	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1221-4.717	0.1544	149	0.1308	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
4.717-5.9365	0.1947	134	0.1522	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9365-31.7745	0.2024	144	0.1704	2908	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3436	2.2542	-0.6263	3.6922	0.1291	0.9278	-0.0107	0.1758	0.7099	-0.0401	0.106	-0.0739	-0.3461	0.1011	-0.0904	0.3955	0.0426	0.0033	0.2209	0.0746	0.372	-54.4365	23.5901	7.8209
2	1.6326	-0.2734	-0.585	0.7857	0.8936	1.6388	0.001	0.042	0.1251	0.1393	0.0024	0.1858	-0.1631	-0.1372	0.0166	0.2428	0.072	-0.0062	0.2048	0.014	0.2844	-66.9863	18.0515	21.126
3	1.4595	-0.4482	-0.1177	0.8953	0.291	0.743	-0.0187	0.0135	0.0874	0.0744	0.0314	0.057	-0.1226	-0.1221	-0.0158	0.2235	0.0356	-0.0008	0.1579	0.0064	0.1842	-60.0269	12.37	22.2509
4	1.3488	-0.1036	-0.1437	1.9157	-0.3441	2.143	-0.0455	-0.3563	0.0164	0.3338	0.0655	-0.0474	-0.1704	0.2005	-0.0373	0.2484	0.0425	-0.0534	0.1721	-0.0123	0.2044	-48.6076	8.7485	30.276
5	0.9444	-0.4105	-0.0111	1.4871	-0.1286	1.1382	-0.0547	-0.1541	-0.1105	0.147	0.0909	-0.2454	0.1452	0.0906	-0.0369	0.2099	0.0367	-0.0292	0.1671	0.0141	0.2122	-46.9179	-4.0284	25.3124
6	2.4205	-0.9857	0.6417	1.9017	-0.7489	2.3331	0.0508	-0.1504	-0.5433	0.0068	0.1412	0.3323	0.3485	-0.2154	-0.1302	0.2758	0.0186	-0.0215	0.2092	0.0311	0.2719	-55.8433	-1.6176	30.3965
7	2.7462	-1.2425	1.1396	2.1401	-0.9317	2.2846	-0.0332	-0.4807	-0.5654	0.0804	0.1579	0.8856	0.044	-0.5728	-0.007	0.2759	0.0604	0.0104	0.3056	0.0333	0.3481	-67.7913	8.7341	33.8517
8	2.7712	-1.2048	1.1257	2.6484	-0.0089	0.6614	0.1926	-0.3191	-0.5351	0.1876	0.0466	-0.1883	0.7294	0.011	-0.1442	0.47	0.0172	-0.0771	0.244	0.0627	0.3197	-56.4989	-18.0111	18.7134
9	1.1081	0.6902	-0.5775	0.7574	0.1671	1.4486	-0.0031	0.0525	-0.2454	-0.0869	0.0703	0.1529	0.4445	-0.3251	-0.0511	0.3453	-0.1069	-0.0607	0.2353	0.0331	0.2628	-63.8922	-17.1561	7.1958
10	0.0298	-0.0765	-0.0155	1.4305	0.8087	0.4614	-0.2416	0.077	0.2094	-0.6956	0.1969	0.5714	-0.1469	-0.2827	-0.0076	0.4054	-0.0835	-0.1535	0.3419	0.0713	0.3517	-71.5998	-7.7089	-1.235
11	1.0516	0.748	0.3166	1.8209	-0.1997	1.1263	-0.0423	0.0596	-0.0856	-0.2272	0.0922	-0.0079	0.1206	-0.1176	-0.0456	0.235	-0.0078	-0.0159	0.1514	-0.0034	0.1904	-55.5013	-5.7631	3.5967
12	1.5898	0.4648	0.2928	1.9561	-0.3916	3.1025	-0.1928	0.4207	-0.1813	-0.4137	0.1226	-0.3083	0.1525	0.5833	0.0029	0.3443	0.0038	0.0929	0.1907	-0.0568	0.3035	-45.0907	-7.0569	-0.3843
13	0.9961	0.6426	0.1145	2.6381	-0.0383	1.1132	-0.1408	0.2397	0.0092	-0.2554	0.1617	-0.1645	-0.0004	0.1069	0.0087	0.2265	-0.0274	0.0278	0.1873	0.0129	0.171	-45.9247	7.8161	0.4075
14	2.2142	0.3765	-0.2622	0.1505	0.3491	1.7454	-0.1684	0.3558	0.4907	-0.2438	0.2707	0.3361	-0.3293	0.0468	0.0071	0.2498	-0.0375	0.0137	0.1862	0.0093	0.2206	-51.9135	6.3003	-4.0176
15	2.5239	0.5126	-0.4181	1.2913	0.0271	0.5542	-0.0315	0.6602	0.5184	-0.3151	-0.0032	0.724	0.4217	-0.7573	-0.0502	0.4652	-0.1963	-0.1436	0.4246	0.0085	0.2518	-63.8255	-3.5141	-9.5482
16	3.3461	-0.5156	0.5926	2.1396	-1.1252	1.2043	-0.3151	-0.3142	-0.614	0.3022	0.3626	0.59	0.0911	-0.3939	-0.1009	0.395	0.0132	0.0726	0.3565	0.1115	0.4177	-103.4462	4.986	14.8121
17	1.795	-0.4336	0.1277	1.4599	-0.1918	0.8994	-0.1144	0.0424	0.1089	0.1293	0.0686	-0.1319	0.0985	-0.0558	0.0359	0.2515	0.0275	-0.0395	0.2151	0.0108	0.2135	-88.8695	15.636	3.2814
18	2.6228	-0.2345	-0.6865	2.0098	-1.3853	1.2047	-0.2552	0.1364	-0.6319	-0.3115	0.1494	-0.0053	0.752	-0.3124	0.0348	0.4703	-0.0111	-0.0021	0.2499	0.0117	0.347	-88.1045	2.0285	3.0222

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 142 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 143 through 193 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 194 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 268 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 269 through 296 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 7 through 24 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 25 through 47 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 48 through 71 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 72 through 148 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 149 through 179 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 180 through 245 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 246 through 268 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 269 through 296 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 9 through 83 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 84 through 245 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 246 through 296 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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