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万見
- PDB-5cy2: Tn3 resolvase - site III complex crystal form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cy2
タイトルTn3 resolvase - site III complex crystal form II
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • Transposon Tn3 resolvase
キーワードrecombination/DNA / DNA recombinase repressor DNA binding protein phosphotransferase / recombination-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain ...Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transposon Tn3 resolvase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Montano, P.S. / Rice, P.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM086826 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of resolvase - accessory site complexes
著者: Montano, S.P. / Rice, P.A.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposon Tn3 resolvase
B: Transposon Tn3 resolvase
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)
E: Transposon Tn3 resolvase
F: Transposon Tn3 resolvase
G: DNA (27-MER)
H: DNA (27-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,3828
ポリマ－119,3828
非ポリマー00
水00
1
A: Transposon Tn3 resolvase
B: Transposon Tn3 resolvase
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6914
ポリマ－59,6914
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11190 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
2
E: Transposon Tn3 resolvase
F: Transposon Tn3 resolvase
G: DNA (27-MER)
H: DNA (27-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6914
ポリマ－59,6914
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.900, 151.920, 106.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Transposon Tn3 resolvase


分子量: 21551.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tnpR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADI2
#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8320.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8267.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.49 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: complex + well mixed 1:1 complex: 3mg/ml in 25mM tris pH 7.5 and 0.14M (NH4)2SO4 well: 16% PEG3350, 0.2M ammonium flouride cryoprotectant: added 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: flash-frozen crystal
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→100 Å / Num. all: 19099 / Num. obs: 19099 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 22.9
反射 シェル解像度: 4→4.07 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2067精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1000212338

解像度: 4→49.247 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 968 5.08 %
Rwork0.2072 --
obs0.2094 19059 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→49.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5590 2202 0 0 7792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0911307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0864569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051081
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4-4.21080.36151420.33082482X-RAY DIFFRACTION96
4.2108-4.47450.32871340.28772549X-RAY DIFFRACTION100
4.4745-4.81970.33161380.2592601X-RAY DIFFRACTION100
4.8197-5.30420.26851130.25472618X-RAY DIFFRACTION100
5.3042-6.07050.26661420.23192613X-RAY DIFFRACTION100
6.0705-7.64360.2821470.24872593X-RAY DIFFRACTION100
7.6436-49.25090.19821520.14862635X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.8417-7.5848-3.191212.21322.7786.7151-0.05580.58240.09420.3997-0.00971.10150.1517-0.5801-0.00031.904-0.0512-0.09442.0320.41172.03394.8344-0.4254-18.7699
23.06550.16631.13774.12634.14753.69740.1424-1.1459-3.5134-0.2210.6040.87492.01540.29970.00442.69780.4860.32683.18041.28223.295619.4591-30.659212.0687
30.6734-3.9031.252911.1371.93034.8947-0.36580.7149-2.1586-0.2447-0.6432-0.19660.8672-0.20810.00222.54910.028-0.04172.4920.02733.263315.3595-28.0442-27.8638
410.5380.136-0.04471.86631.53910.6014-0.3083-0.88360.8851-0.29470.4942-0.1465-0.98630.37080.00042.454-0.1291-0.07362.23820.26072.010435.52332.9689-4.5911
53.634-1.99821.62110.97760.61213.7496-0.0682-1.7665-1.73571.3960.4194-0.41120.1204-0.96860.00852.31720.46150.09673.51921.13352.55217.7422-20.641418.0855
60.33051.6483-0.6842.38390.5652-0.7948-0.9120.75260.1685-0.43660.4752-0.25990.03521.0880.00062.1276-0.176-0.05942.58080.532.041340.7197-0.6863-9.9872
73.2693-1.1265-2.37220.14770.85470.2187-0.3832-0.4507-0.2401-0.9273-0.2805-0.3110.0470.70420.0012.2162-0.1197-0.14332.48530.54712.344944.2181.2101-8.6479
81.2523-2.0349-0.97733.02070.4104-0.1517-0.0902-1.8801-0.31650.8562-0.11920.65050.13250.98540.00172.48580.05480.22983.29791.0582.198917.016-17.500715.8735
98.7729-3.18611.300311.3258-1.956410.56170.13490.02790.19331.1888-0.74550.0387-0.94630.3234-0.00192.13710.0678-0.24021.99320.40052.103-20.8121.7422-21.3801
102.6624-0.41182.18447.88592.86236.2614-0.3537-0.80731.02381.2312-0.63140.6748-0.7743-0.46960.00192.27690.12220.21292.04560.46983.0091-66.600624.1293-15.8761
116.12421.9387-2.61816.39443.94212.6479-0.2481-1.22121.32721.0928-0.20890.2463-0.5186-0.25080.00153.520.5253-0.40372.501-0.08583.8704-34.256146.9509-8.6458
123.897-3.24512.94714.7906-1.88266.97280.45081.922-0.3212-0.70760.3621-0.4408-0.07180.231-0.00292.0873-0.11880.03213.3610.56852.2579-41.083825.9198-47.4609
131.1549-0.8369-1.08661.1422-0.3393-1.7722-0.20140.5617-0.0402-0.1831-0.49370.29660.5976-0.6405-0.00052.3205-0.06920.06142.6360.64792.3967-64.840613.951-21.8532
14-1.0374-0.56791.625-0.16331.37673.35950.82721.98390.9839-0.13490.90340.5516-0.8025-1.5571-0.00292.42120.0690.21083.39511.34452.7251-40.987534.2427-48.7114
151.76450.41443.071.9564-0.54061.94860.3592.23661.3168-0.9411-0.2839-0.0797-0.37180.65580.00222.64790.28130.0212.96681.01472.4798-42.093334.1831-52.6409
163.2761-4.79370.59813.64140.2174.0113-0.20812.14980.76090.42710.6611.01620.0833-0.45170.00032.1293-0.12220.17232.27190.56592.1777-61.160613.3476-23.0498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 129 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 136 through 186 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 103 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 104 through 185 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 2 through 15 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 16 through 28 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 2 through 16 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 17 through 28 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 128 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 136 through 186 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 1 through 103 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 104 through 185 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 2 through 15 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 16 through 28 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 2 through 16 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 17 through 28 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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