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- PDB-5cxp: X-ray crystallographic protein structure of the glycoside hydrola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cxp
タイトルX-ray crystallographic protein structure of the glycoside hydrolase family 30 subfamily 8 xylanase, Xyn30A, from Clostridium acetobutylicum
要素Possible xylan degradation enzyme (Glycosyl hydrolase family 30-like domain and Ricin B-like domain)
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase family 30 subfamily 8 / xylanase / clostridium acetobutylicum / (beta/alpha)8 + beta protein fold
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Glycoside hydrolase family 30 / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Glycoside hydrolase family 30 / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Possible xylan degradation enzyme (Glycosyl hydrolase family 30-like domain and Ricin B-like domain)
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者St John, F.J. / Pozharski, E. / Hurlbert, J.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a GH30 xylanase
著者: St John, J.F. / Dietrich, D. / Bologna, P. / Hurlbert, J.C. / Pozharski, E.P. / Crooks, C.
履歴
登録2015年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible xylan degradation enzyme (Glycosyl hydrolase family 30-like domain and Ricin B-like domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,53830
ポリマ－42,6221
非ポリマー2,91629
水8,449469
1
A: Possible xylan degradation enzyme (Glycosyl hydrolase family 30-like domain and Ricin B-like domain)
ヘテロ分子

A: Possible xylan degradation enzyme (Glycosyl hydrolase family 30-like domain and Ricin B-like domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,07760
ポリマ－85,2452
非ポリマー5,83258
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11250 Å2
ΔGint-452 kcal/mol
Surface area28190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.483, 91.866, 141.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-775-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Possible xylan degradation enzyme (Glycosyl hydrolase family 30-like domain and Ricin B-like domain)


分子量: 42622.441 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-418 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pSOL1 natural plasmid
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (strain ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / LMG 5710 / VKM B-1787) (バクテリア)
株: ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / LMG 5710 / VKM B-1787 / 遺伝子: CA_P0119 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha] / 参照: UniProt: Q97TI2
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.4 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: JCSG condition D6: 0.1M HEPES pH 7.5, 4.3 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→30 Å / Num. obs: 51748 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Net I/σ(I): 6.82
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KL3

3kl3


解像度: 1.77→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.126 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2631 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 49076 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2972 0 95 469 3536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9381.9384529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1233.0117110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17425152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.69615520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3731513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3421.411614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3171.4081613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9992.1062034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9992.1082035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9251.6671704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9141.6671704
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8382.3732470
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.29713.0764312
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.29713.094313
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 201 -
Rwork0.327 3517 -
obs--98.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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