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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cxk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta carbonic anhydrase from Vibrio cholerae | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase | ||||||
![]() | LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferraroni, M. / Supuran, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and kinetic studies of a tetrameric type II beta-carbonic anhydrase from the pathogenic bacterium Vibrio cholerae. 著者: Ferraroni, M. / Del Prete, S. / Vullo, D. / Capasso, C. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 365.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 298.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2esfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25198.596 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-BCT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000, ethylene glycol,Hepes |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→47.5 Å / Num. obs: 166608 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.602 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 10.82 / Num. measured all: 501239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.527
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ESF 解像度: 1.9→47.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / WRfactor Rfree: 0.23 / WRfactor Rwork: 0.1818 / FOM work R set: 0.8466 / SU B: 2.157 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.0295 / SU Rfree: 0.0302 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.55 Å2 / Biso mean: 22.753 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→47.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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