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- PDB-5cxk: Crystal structure of beta carbonic anhydrase from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cxk
タイトルCrystal structure of beta carbonic anhydrase from Vibrio cholerae
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 2. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Supuran, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Crystal structure and kinetic studies of a tetrameric type II beta-carbonic anhydrase from the pathogenic bacterium Vibrio cholerae.
著者: Ferraroni, M. / Del Prete, S. / Vullo, D. / Capasso, C. / Supuran, C.T.
履歴
登録2015年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
H: Carbonic anhydrase
G: Carbonic anhydrase
D: Carbonic anhydrase
C: Carbonic anhydrase
F: Carbonic anhydrase
E: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,47822
ポリマ－201,5898
非ポリマー88914
水15,043835
1
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
D: Carbonic anhydrase
C: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,30012
ポリマ－100,7944
非ポリマー5068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16810 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area31480 Å2
手法PISA
2
H: Carbonic anhydrase
G: Carbonic anhydrase
F: Carbonic anhydrase
E: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,17810
ポリマ－100,7944
非ポリマー3846
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16490 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.087, 84.087, 316.378
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase


分子量: 25198.596 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: can, DN30_1616 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A086SLX8, carbonic anhydrase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG8000, ethylene glycol,Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.5 Å / Num. obs: 166608 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.602 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 10.82 / Num. measured all: 501239
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.9-2.0120.6510.4331.624551114309131590.58787.1
2.02-2.160.8860.3354.477490413526134890.36999.7
2.16-2.330.9570.2117.677655112591125380.23199.6
2.33-2.550.9780.15610.767290911635115620.1799.4
2.55-2.850.9920.10615.976695910570104630.11599
2.85-3.290.9960.07323.0158665940892600.07998.4
3.29-4.030.9970.05132.2148155805978830.05697.8
4.03-5.670.9980.04436.3435980636761490.04896.6
5.670.9990.03634.7321605382235910.0494

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.527
最高解像度最低解像度
Rotation47.51 Å3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ESF

2esf


解像度: 1.9→47.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / WRfactor Rfree: 0.23 / WRfactor Rwork: 0.1818 / FOM work R set: 0.8466 / SU B: 2.157 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.0295 / SU Rfree: 0.0302 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2377 8261 5 %RANDOM
Rwork0.1831 ---
obs0.1858 158223 97.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.55 Å2 / Biso mean: 22.753 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.81 Å2-0 Å2
3---1.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14076 0 32 835 14943
Biso mean--22.87 22.49 -
残基数----1776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01914418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.9419586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38851772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83824.403729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.474152367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5731588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9272.2727100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4593.4058862
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8692.3097318
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 584 -
Rwork0.207 9890 -
all-10474 -
obs--82.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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