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- PDB-5cvs: GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor E423A mutant soaked i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cvs
タイトルGlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor E423A mutant soaked in maltoheptaose
要素Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE / ALPHA-GLUCAN BIOSYNTHESIS / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 13_3
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / oligosaccharide catabolic process / alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / : / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / GLGE, C-terminal / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / : / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / GLGE, C-terminal / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltopentaose / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rashid, A.M. / Syson, K. / Koliwer-Brandl, H. / van de Weerd, R. / Stevenson, C.E.M. / Batey, S.F.D. / Miah, F. / Alber, M. / Ioerger, T.R. / Chandra, G. ...Rashid, A.M. / Syson, K. / Koliwer-Brandl, H. / van de Weerd, R. / Stevenson, C.E.M. / Batey, S.F.D. / Miah, F. / Alber, M. / Ioerger, T.R. / Chandra, G. / Appelmelk, B.J. / Nartowski, K.P. / Khimyak, Y.Z. / Lawson, D.M. / Jacobs, W.R. / Geurtsen, J. / Kalscheuer, R. / Bornemann, S.
資金援助 英国, オランダ, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I012850/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 英国
Netherlands Organisation for Scientific ResearchV-ICI_81902004 オランダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Ligand-bound structures and site-directed mutagenesis identify the acceptor and secondary binding sites of Streptomyces coelicolor maltosyltransferase GlgE.
著者: Syson, K. / Stevenson, C.E. / Miah, F. / Barclay, J.E. / Tang, M. / Gorelik, A. / Rashid, A.M. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
B: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6346
ポリマ－150,6712
非ポリマー3,9634
水8,719484
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12670 Å2
ΔGint59 kcal/mol
Surface area50770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.080, 114.080, 314.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 15 - 663 / Label seq-ID: 15 - 663

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1 / GMPMT 1 / (1->4)-alpha-D-glucan:maltose-1-phosphate alpha-D-maltosyltransferase 1


分子量: 75335.438 Da / 分子数: 2 / 変異: E423A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: glgE1, pep1, pep1A, pep1I, SCO5443, SC6A11.19c / プラスミド: PET15B / 詳細 (発現宿主): PET15B-GLGE1-M145 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q9L1K2, starch synthase (maltosyl-transferring)
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.83 Å / Num. obs: 92902 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 27.6 / Num. measured all: 1708887
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.3617.91.0263.511931166800.8680.24599.4
10.29-62.8316.10.0381.21991012340.9990.00899.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.6データスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CN6

4cn6


解像度: 2.3→62.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.2012 / WRfactor Rwork: 0.1725 / FOM work R set: 0.8703 / SU B: 10.055 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.211 / SU Rfree: 0.1728 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2091 4636 5 %RANDOM
Rwork0.1807 ---
obs0.1821 88145 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.36 Å2 / Biso mean: 59.9 Å2 / Biso min: 32.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20 Å2
2--1.52 Å20 Å2
3----3.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→62.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10150 0 268 484 10902
Biso mean--80.17 53.31 -
残基数----1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910849
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.029950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.93514904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.073322867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05451322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67322.361504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.214151538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.07315106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9932.7025216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9932.7025215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6694.0496523
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 75692 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 323 -
Rwork0.252 6351 -
all-6674 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15610.07140.65530.53640.3876.245-0.02930.218-0.0568-0.1006-0.0397-0.09580.25170.45580.0690.29830.11320.09990.1719-0.0110.291142.68-32.151-4.9867
21.6712-0.7455-2.77770.3871.20114.6521-0.2998-0.1202-0.127-0.03140.0418-0.01860.62480.28370.2580.61920.11360.11530.6162-0.14590.524652.4271-42.8865-17.4023
30.9798-0.7901-0.27463.7624-0.28231.6943-0.0226-0.150.05730.3669-0.0278-0.0468-0.0810.0310.05030.3662-0.0319-0.01690.034-0.02940.206534.9111-22.502839.2871
41.14930.0730.2112.2464-0.70721.82660.15750.1272-0.2399-0.2269-0.03510.12240.4883-0.0329-0.12250.4060.0134-0.01950.0184-0.02790.238428.9381-43.269222.7899
51.156-0.0885-0.20951.43640.17796.08050.0010.0706-0.0078-0.0075-0.12540.0857-0.1037-0.13230.12440.24340.04470.00560.0314-0.05190.252921.0762-10.28963.8791
60.4536-0.5886-0.94961.08472.16334.98270.0944-0.04040.0839-0.0707-0.26520.113-0.1152-1.03830.17090.43210.02180.05760.449-0.04550.487611.1868-0.799216.2354
74.7513-1.1315-0.05691.08850.50051.817-0.05910.315-0.1963-0.2787-0.06030.0319-0.030.01430.11930.402-0.01820.0150.3033-0.07270.225925.6124-23.5547-42.2021
81.6038-0.04660.78241.22080.24972.2345-0.0781-0.1779-0.21130.0046-0.04580.2570.0853-0.66690.12390.31760.01080.01020.3552-0.09940.284911.1552-25.4825-22.945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A116 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3A214 - 395
4X-RAY DIFFRACTION4A396 - 663
5X-RAY DIFFRACTION5B15 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6B116 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7B215 - 361
8X-RAY DIFFRACTION8B362 - 663

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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