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- PDB-5cv2: Structural implications of homo-pyrimidine base pairs on the para... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cv2
タイトルStructural implications of homo-pyrimidine base pairs on the parallel-stranded d(GAY) motif
要素DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*T)-3')
キーワードDNA / DNA homoduplex
機能・相同性STRONTIUM ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.693 Å
データ登録者Tripathi, S. / Paukstelis, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR1149665 米国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: Structural Implications of Homopyrimidine Base Pairs in the Parallel-Stranded d(YGA) Motif.
著者: Tripathi, S. / Paukstelis, P.J.
履歴
登録2015年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22016年7月20日Group: Data collection
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8425
ポリマ－8,5802
非ポリマー2633
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area5230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.582, 25.582, 386.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*AP*T)-3')


分子量: 4289.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION


分子量: 87.620 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Strontium chloride, MPD, Cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月1日
放射モノクロメーター: Si220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 13 % / 数: 35557 / Rmerge(I) obs: 0.209 / D res high: 2.69 Å / D res low: 128.79 Å / Num. obs: 2730 / % possible obs: 98.5 / Rejects: 105
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRedundancy
2.692.8410.696
8.51128.7910.1377.9
反射解像度: 2.69→128.79 Å / Num. all: 2739 / Num. obs: 2730 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 60.79 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 35557 / Scaling rejects: 105
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.69-2.8460.692.121433560.7070.29291.8
8.51-128.797.90.1376.611231420.9930.04698.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.3 Å
Translation3 Å48.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RIM

4rim


解像度: 2.693→22.155 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2968 158 6.02 %Random
Rwork0.2653 2467 --
obs0.2673 2625 98.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.98 Å2 / Biso mean: 53.2701 Å2 / Biso min: 11.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.693→22.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 520 3 5 528
Biso mean--107.04 27 -
残基数----28
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.35896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.016100
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.952253
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A252X-RAY DIFFRACTION19.012TORSIONAL
12B252X-RAY DIFFRACTION19.012TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.6928→2.84 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 158 -
Rwork0.2653 2467 -
all-2625 -
obs--99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28440.57010.14682.0710.44062.7260.28990.478-0.4041-0.5779-0.1753-0.42810.2242-0.28660.31150.21820.15930.05460.3374-0.02540.403113.7433-8.979-12.6667
21.3218-0.1374-0.07811.78290.28240.64110.05870.3931-0.3823-0.4286-0.1208-0.12760.03980.13450.18380.11890.14320.11250.23030.01070.187710.817-7.5421-13.8546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 14 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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