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- PDB-5cuu: Crystal structure of Trypanosoma cruzi Vacuolar Soluble Pyrophosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cuu
タイトルCrystal structure of Trypanosoma cruzi Vacuolar Soluble Pyrophosphatases in complex with bisphosphonate inhibitor BPH-1260
要素Acidocalcisomal pyrophosphatase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / substrate binding / acidocalcisomal pyrophosphatase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4GA / D-MALATE / inorganic diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Liu, W.D. / Yang, Y.Y. / Ko, T.P. / Zheng, Y.Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Trypanosoma cruzi protein in complex with ligand
著者: Yang, Y.Y. / Ko, T.P. / Zheng, Y.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
履歴
登録2015年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Data collection
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidocalcisomal pyrophosphatase
B: Acidocalcisomal pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9399
ポリマ－95,8302
非ポリマー1,1097
水2,180121
1
A: Acidocalcisomal pyrophosphatase
B: Acidocalcisomal pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: Acidocalcisomal pyrophosphatase
B: Acidocalcisomal pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,87818
ポリマ－191,6604
非ポリマー2,21914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area26010 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area65170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.775, 102.630, 158.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Acidocalcisomal pyrophosphatase


分子量: 47914.891 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-410 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4JH30
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物 ChemComp-4GA / 1-butyl-3-(2-hydroxy-2,2-diphosphonoethyl)-1H-imidazol-3-ium


分子量: 329.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19N2O7P2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: magnesium sulfate heptahydrate, tri-sodium citrate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→25 Å / Num. obs: 17519 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 1.062 / Net I/av σ(I): 23.355 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 78125
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.96-3.074.50.517180.8740.2580.5651.014100
3.07-3.194.50.40117290.9050.2080.4531.059100
3.19-3.334.60.23717190.9680.1220.2671.081100
3.33-3.514.50.15617310.9840.0810.1771.04100
3.51-3.734.50.10817460.9940.0560.1221.088100
3.73-4.014.50.08217510.9960.0430.0931.10699.9
4.01-4.424.50.05917340.9970.0310.0671.07599.9
4.42-5.054.40.04117680.9980.0210.0460.983100
5.05-6.354.40.03317760.9990.0180.0381.079100
6.35-254.10.02318470.9990.0130.0271.09798.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
CNS1.21精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CUV

5cuv


解像度: 2.96→25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 815 4.7 %RANDOM
Rwork0.1939 15736 --
obs-16551 94.6 %-
溶媒の処理Bsol: 29.3696 Å2
原子変位パラメータBiso max: 183.96 Å2 / Biso mean: 78.7563 Å2 / Biso min: 29.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.694 Å20 Å20 Å2
2---21.075 Å20 Å2
3---20.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.96→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6187 0 69 121 6377
Biso mean--117.14 59.75 -
残基数----757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7382
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.832.5
LS精密化 シェル解像度: 2.96→3.07 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.363 -
Rwork0.308 1718
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2bph1260.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION5mlt.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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