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- PDB-5cr9: Crystal structure of ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cr9
タイトルCrystal structure of ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system from Saccharomonospora viridis DSM 43017
要素ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Inorganic ion transport / TroA-like / ABC transport of ferric siderophores and metal ions such as Mn2+ / Fe3+ / Cu2+ and/or Zn2+ / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / : / ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomonospora viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nocek, B. / Cuff, M. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system from Saccharomonospora viridis DSM 43017
著者: Nocek, B. / Cuff, M. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5955
ポリマ－33,2091
非ポリマー3864
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.690, 56.855, 62.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component


分子量: 33208.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomonospora viridis (strain ATCC 15386 / DSM 43017 / JCM 3036 / NBRC 12207 / P101) (バクテリア)
株: ATCC 15386 / DSM 43017 / JCM 3036 / NBRC 12207 / P101 / 遺伝子: Svir_21280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7MWN7
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 40 % MPD, 0.1 M Tris pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月21日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37.57 Å / Num. obs: 33513 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 29.76
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1888精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→37.569 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 14.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The identity of metal atom (Mn 2+) was determined based on the distances to donor atoms, coordination number. The ligand identity was guessed based on the shape of the density
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1722 3203 5.06 %Random Selection
Rwork0.1458 ---
obs0.1471 31765 99.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2182 0 23 278 2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2683147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.222849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6979-1.72330.25681430.2212472X-RAY DIFFRACTION93
1.7233-1.75020.23611380.20722614X-RAY DIFFRACTION100
1.7502-1.77890.23561350.18832634X-RAY DIFFRACTION100
1.7789-1.80960.23071450.17622587X-RAY DIFFRACTION100
1.8096-1.84250.18791460.16282631X-RAY DIFFRACTION100
1.8425-1.87790.17211540.1562604X-RAY DIFFRACTION100
1.8779-1.91620.17631280.15342642X-RAY DIFFRACTION100
1.9162-1.95790.16551230.14062661X-RAY DIFFRACTION100
1.9579-2.00340.18971660.13452577X-RAY DIFFRACTION100
2.0034-2.05350.15721310.13092634X-RAY DIFFRACTION100
2.0535-2.1090.1281370.12942650X-RAY DIFFRACTION100
2.109-2.17110.14141500.12872601X-RAY DIFFRACTION100
2.1711-2.24120.17911300.12792641X-RAY DIFFRACTION100
2.2412-2.32130.17521500.12872596X-RAY DIFFRACTION100
2.3213-2.41420.15631620.13682615X-RAY DIFFRACTION100
2.4142-2.5240.18431350.13742639X-RAY DIFFRACTION100
2.524-2.65710.1521350.13732603X-RAY DIFFRACTION100
2.6571-2.82350.19331360.14232659X-RAY DIFFRACTION100
2.8235-3.04140.21261500.15242576X-RAY DIFFRACTION100
3.0414-3.34730.16291610.15362609X-RAY DIFFRACTION100
3.3473-3.83130.15881490.12852617X-RAY DIFFRACTION100
3.8313-4.82540.1331180.12592633X-RAY DIFFRACTION100
4.8254-37.57860.1935810.18482604X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.839-0.27210.02911.237-0.38890.69910.01380.02350.04620.0394-0.0493-0.13170.01190.0745-0.00070.09340.00140.0030.1024-0.00980.123231.759710.505333.8919
20.5476-0.07140.40440.4407-0.25160.51780.0444-0.042-0.0601-0.04490.00550.0951-0.127-0.12280.00720.1008-0.0014-0.00010.1230.00790.160712.58749.629234.5348
30.05920.0246-0.14810.5563-0.02670.4041-0.2638-0.4894-0.07570.34770.1347-0.0213-0.06550.1027-0.0850.17590.02790.02830.2439-0.00430.134120.966914.282258.5803
40.6309-0.28370.20030.54820.16921.902-0.0478-0.1991-0.02350.11470.04550.0282-0.1289-0.12810.00110.18020.01210.01410.1770.00780.110920.320613.68956.4974
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 166 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 167 through 206 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 207 through 228 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 229 through 334 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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