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- PDB-5cr6: Structure of pneumolysin at 1.98 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cr6
タイトルStructure of pneumolysin at 1.98 A resolution
要素Pneumolysin
キーワードTOXIN / cholesterol-dependent cytolysin / virulence factor / Streptococcus pneumoniae
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol binding / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Perfringolysin, domain 4 / Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / Immunoglobulin-like ...Perfringolysin, domain 4 / Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Marshall, J.E. / Faraj, B.H.A. / Gingras, A.R. / Lonnen, R. / Sheikh, M.A. / El-Mezgueldi, M. / Moody, P.C.E. / Andrew, P.W. / Wallis, R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust097828/z/11/z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)PhD project grant 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: The Crystal Structure of Pneumolysin at 2.0 angstrom Resolution Reveals the Molecular Packing of the Pre-pore Complex.
著者: Marshall, J.E. / Faraj, B.H. / Gingras, A.R. / Lonnen, R. / Sheikh, M.A. / El-Mezgueldi, M. / Moody, P.C. / Andrew, P.W. / Wallis, R.
履歴
登録2015年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_sheet / struct_sheet_range
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Pneumolysin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9251
ポリマ－52,9251
非ポリマー00
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.006, 127.710, 172.285
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pneumolysin / Thiol-activated cytolysin


分子量: 52925.086 Da / 分子数: 1 / 変異: N385D, C432A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ply, SPD_1726 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04IN8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris/Bicine pH 8.5 containing 30 mM CaCl2 30 mM MgCl2, 20% glycerol, 14% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→43.1 Å / Num. obs: 42799 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 39.7
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.84 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S3R

1s3r


解像度: 1.98→43.071 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 2154 5.04 %
Rwork0.2485 40585 -
obs0.2494 42739 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.77 Å2 / Biso mean: 69.2103 Å2 / Biso min: 20.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→43.071 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3703 0 0 193 3896
Biso mean---52.05 -
残基数----467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8035146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7951393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-2.02610.30491250.29382673279899
2.0261-2.07680.29581310.29962724285599
2.0768-2.13290.34821290.30912503263296
2.1329-2.19570.33341680.292926332801100
2.1957-2.26650.3781650.31282692285799
2.2665-2.34750.31811440.295726352779100
2.3475-2.44150.34371320.295627372869100
2.4415-2.55260.33141570.293826362793100
2.5526-2.68720.32751420.279527462888100
2.6872-2.85550.3071390.285326752814100
2.8555-3.0760.32831380.27262679281798
3.076-3.38540.27211600.253727562916100
3.3854-3.8750.22451320.231727792911100
3.875-4.8810.20461490.206827672916100
4.881-43.08140.21961430.21622950309398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1399-0.0257-0.19770.3583-0.29060.56340.21970.12740.0437-0.749-0.1144-0.0464-0.3199-0.1661-0.15923.0502-0.11080.33940.8192-0.01970.69768.669417.4068160.5499
21.7329-0.3576-1.06490.197-0.49924.911-0.1344-0.60560.3992-0.77250.3791-0.3648-0.68360.1712-0.31732.0326-0.08030.08351.1090.07230.96242.236435.9321193.0426
30.2330.1943-0.09761.1794-0.11550.07930.02210.1182-0.218-0.8328-0.10520.2986-0.4773-0.31380.00482.2847-0.0367-0.01630.3363-0.04040.63173.204110.3102171.4154
41.9056-0.1580.54660.30930.92493.5573-0.2086-0.71310.0528-0.99410.2374-0.1735-0.2744-0.43640.04511.10490.0277-0.00310.6988-0.10280.44662.671929.4374206.1751
52.5034-0.3561-0.65275.84742.2754.3889-0.1082-0.8536-0.45210.68040.1211-0.27460.8423-0.2521-0.03760.6057-0.0041-0.05760.63710.1460.44263.01495.5663205.6437
60.6263-0.35320.64973.72391.14441.7841-0.0067-0.2079-0.1275-1.12820.09670.0251-0.4958-0.3132-0.05210.6445-0.0647-0.04640.43950.01530.41622.03065.945187.7258
71.258-0.24230.82381.827-0.02854.4560.0751-0.0199-0.0589-0.35560.0068-0.0326-0.3839-0.9127-0.07520.15670.08650.02430.46430.02210.277910.608533.5932239.6816
81.9438-0.8971-0.97677.07163.81966.9472-0.0121-0.3155-0.3255-0.4633-0.0240.25920.0748-0.79570.00020.3269-0.0751-0.08070.48320.03040.37070.37057.1782195.0538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain D and (resid 1:21 or resid 207:226 or resid 336:343)D1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION1chain D and (resid 1:21 or resid 207:226 or resid 336:343)D207 - 226
3X-RAY DIFFRACTION1chain D and (resid 1:21 or resid 207:226 or resid 336:343)D336 - 343
4X-RAY DIFFRACTION2chain D and (resid 22:33)D22 - 33
5X-RAY DIFFRACTION3chain D and (resid 57:101 or resid 112:119 or resid 201:206 or resid 227:241 or resid 329:335)D57 - 101
6X-RAY DIFFRACTION3chain D and (resid 57:101 or resid 112:119 or resid 201:206 or resid 227:241 or resid 329:335)D112 - 119
7X-RAY DIFFRACTION3chain D and (resid 57:101 or resid 112:119 or resid 201:206 or resid 227:241 or resid 329:335)D201 - 206
8X-RAY DIFFRACTION3chain D and (resid 57:101 or resid 112:119 or resid 201:206 or resid 227:241 or resid 329:335)D227 - 241
9X-RAY DIFFRACTION3chain D and (resid 57:101 or resid 112:119 or resid 201:206 or resid 227:241 or resid 329:335)D329 - 335
10X-RAY DIFFRACTION4chain D and (resid 34:56 or resid 344:360)D34 - 56
11X-RAY DIFFRACTION4chain D and (resid 34:56 or resid 344:360)D344 - 360
12X-RAY DIFFRACTION5chain D and (resid 253:284 or resid 306:328)D253 - 284
13X-RAY DIFFRACTION5chain D and (resid 253:284 or resid 306:328)D306 - 328
14X-RAY DIFFRACTION6chain D and (resid 102:111 or resid 120:145 or resid 155:189)D102 - 111
15X-RAY DIFFRACTION6chain D and (resid 102:111 or resid 120:145 or resid 155:189)D120 - 145
16X-RAY DIFFRACTION6chain D and (resid 102:111 or resid 120:145 or resid 155:189)D155 - 189
17X-RAY DIFFRACTION7chain D and (resid 361:471)D361 - 471
18X-RAY DIFFRACTION8chain D and (resid 146:154 or resid 190:200 or resid 242:252 or resid 285:305)D146 - 154
19X-RAY DIFFRACTION8chain D and (resid 146:154 or resid 190:200 or resid 242:252 or resid 285:305)D190 - 200
20X-RAY DIFFRACTION8chain D and (resid 146:154 or resid 190:200 or resid 242:252 or resid 285:305)D242 - 252
21X-RAY DIFFRACTION8chain D and (resid 146:154 or resid 190:200 or resid 242:252 or resid 285:305)D285 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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