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万見
- PDB-5cr5: X-RAY CRYSTAL STRUCTURE AT 1.61A RESOLUTION OF HUMAN MITOCHONDRIA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cr5
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURE AT 1.61A RESOLUTION OF HUMAN MITOCHONDRIAL BRANCHED CHAIN AMINOTRANSFERASE (BCATM) COMPLEXED WITH A BIPHENYL PYRROLIDINE ETHER COMPOUND AND AN INTERNAL ALDIMINE LINKED PLP COFACTOR.
要素Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / FOLD TYPE IV
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hormone levels / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine catabolic process / branched-chain-amino-acid transaminase / branched-chain amino acid biosynthetic process / L-leucine biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism ...regulation of hormone levels / branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine catabolic process / branched-chain-amino-acid transaminase / branched-chain amino acid biosynthetic process / L-leucine biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine biosynthetic process / cellular response to leukemia inhibitory factor / lipid metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase II / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes ...Branched-chain amino acid aminotransferase II / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Aminotransferase class 4, branched-chain amino acid transferase, N-terminal domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 2 / D-amino Acid Aminotransferase, subunit A, domain 2 / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EL1 / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Somers, D.O.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Discovery, SAR, and X-ray Binding Mode Study of BCATm Inhibitors from a Novel DNA-Encoded Library.
著者: Deng, H. / Zhou, J. / Sundersingh, F.S. / Summerfield, J. / Somers, D. / Messer, J.A. / Satz, A.L. / Ancellin, N. / Arico-Muendel, C.C. / Sargent Bedard, K.L. / Beljean, A. / Belyanskaya, S.L. ...著者: Deng, H. / Zhou, J. / Sundersingh, F.S. / Summerfield, J. / Somers, D. / Messer, J.A. / Satz, A.L. / Ancellin, N. / Arico-Muendel, C.C. / Sargent Bedard, K.L. / Beljean, A. / Belyanskaya, S.L. / Bingham, R. / Smith, S.E. / Boursier, E. / Carter, P. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Chung, C.W. / Davie, C.P. / Delorey, J.L. / Ding, Y. / Franklin, G.J. / Grady, L.C. / Herry, K. / Hobbs, C. / Kollmann, C.S. / Morgan, B.A. / Pothier Kaushansky, L.J. / Zhou, Q.
履歴
登録2015年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial
B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,62415
ポリマ－83,4512
非ポリマー2,17313
水19,4921082
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10180 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.550, 105.590, 107.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Branched-chain-amino-acid aminotransferase, mitochondrial / BCAT(m) / Placental protein 18 / PP18


分子量: 41725.391 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAT2, BCATM, BCT2, ECA40 / プラスミド: pET-28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O15382, branched-chain-amino-acid transaminase

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非ポリマー , 6種, 1095分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-EL1 / 3-({(3R)-1-[(5-bromothiophen-2-yl)carbonyl]pyrrolidin-3-yl}oxy)-N-methyl-2'-[(methylsulfonyl)amino]biphenyl-4-carboxamide


分子量: 578.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24BrN3O5S2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1082 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MDL Morpheus screen condition B2, DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月22日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→33.81 Å / Num. obs: 101131 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 695861 / Scaling rejects: 288
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.6-1.635.80.7912.22229938320.6940.34376
8.78-33.816.10.02745.440936700.9980.01292.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLM7.0.9データ削減
精密化解像度: 1.61→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.958 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19882 5024 5 %RANDOM
Rwork0.16838 ---
obs0.1699 95729 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å20 Å2-0 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5732 0 130 1082 6944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196147
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.9678355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.741313624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6025739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.41823.258267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.889151041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3651546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6912.8892929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.692.8892928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5694.8613677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5694.8613678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2733.2143218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2733.2153219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5915.2554679
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.16315.0378121
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.67614.0837429
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.652 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 377 -
Rwork0.299 6783 -
obs--95.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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