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- PDB-5cr1: Crystal structure of TTR/resveratrol/T4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cr1
タイトルCrystal structure of TTR/resveratrol/T4 complex
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / amyloid / fibrillogenesis / fibrillogenesis inhibitors / polyphenols / polyphenol metabolites / transthyretin / negative cooperativity
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RESVERATROL / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.545 Å
データ登録者Zanotti, G. / Florio, P. / Folli, C. / Cianci, M. / Del Rio, D. / Berni, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Transthyretin Binding Heterogeneity and Anti-amyloidogenic Activity of Natural Polyphenols and Their Metabolites.
著者: Florio, P. / Folli, C. / Cianci, M. / Del Rio, D. / Zanotti, G. / Berni, R.
履歴
登録2015年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22015年12月23日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_symm_contact
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3594
ポリマ－25,3542
非ポリマー1,0052
水2,900161
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7198
ポリマ－50,7094
非ポリマー2,0104
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.536, 85.633, 63.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

T44

21B-201-

STL

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12677.137 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pGEM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-T44 / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE / チロキシン


分子量: 776.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11I4NO4 / コメント: ホルモン*YM
#3: 化合物 ChemComp-STL / RESVERATROL / レスベラト-ル


分子量: 228.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein (5 mg/ml), in 20 mM sodium phosphate, pH 7 was incubated with a reservoir solution containing 2.2 M ammonium sulphate, 0.1 M KCl, 0.03 M sodium phosphate, pH 7.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→42.82 Å / Num. obs: 43821 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.54→1.63 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F41

1f41


解像度: 1.545→42.816 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 17.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 3253 5 %Random selection
Rwork0.1664 ---
obs0.1677 34821 98.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.545→42.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1781 0 41 161 1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2872519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.537649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5449-1.5680.21721310.21082454X-RAY DIFFRACTION89
1.568-1.59250.2571420.22675X-RAY DIFFRACTION100
1.5925-1.61860.20531470.19042747X-RAY DIFFRACTION100
1.6186-1.64650.24721430.18562695X-RAY DIFFRACTION100
1.6465-1.67650.19431410.18542728X-RAY DIFFRACTION100
1.6765-1.70870.22361430.17792713X-RAY DIFFRACTION100
1.7087-1.74360.18271440.17442717X-RAY DIFFRACTION99
1.7436-1.78150.21281430.18392686X-RAY DIFFRACTION99
1.7815-1.82290.21881420.1822717X-RAY DIFFRACTION99
1.8229-1.86850.19361400.17832731X-RAY DIFFRACTION100
1.8685-1.91910.23041440.18392680X-RAY DIFFRACTION98
1.9191-1.97550.21721430.16612704X-RAY DIFFRACTION100
1.9755-2.03930.1771420.15532721X-RAY DIFFRACTION100
2.0393-2.11220.20581410.15562697X-RAY DIFFRACTION100
2.1122-2.19670.17261400.15372755X-RAY DIFFRACTION100
2.1967-2.29670.21561340.17132562X-RAY DIFFRACTION95
2.2967-2.41780.1841430.16762707X-RAY DIFFRACTION99
2.4178-2.56930.19431420.1712733X-RAY DIFFRACTION100
2.5693-2.76760.20961440.16522708X-RAY DIFFRACTION99
2.7676-3.0460.17831460.17572728X-RAY DIFFRACTION99
3.046-3.48660.17831390.1662614X-RAY DIFFRACTION96
3.4866-4.39210.19631370.14322664X-RAY DIFFRACTION98
4.3921-42.83290.1691420.16152702X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.9915 Å / Origin y: 29.8884 Å / Origin z: 47.6584 Å
111213212223313233
T0.1043 Å20.0039 Å2-0.0081 Å2-0.1067 Å20.0002 Å2--0.1195 Å2
L0.475 °20.0745 °2-0.1186 °2-0.7835 °20.0561 °2--0.5639 °2
S-0.0333 Å °-0.0144 Å °-0.1106 Å °0.0361 Å °-0.0109 Å °0.0006 Å °0.0259 Å °0.0134 Å °-0.0011 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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