PDB-5cqv: Crystal structure of uncharacterized protein Q8DWV2 from Streptoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cqv

タイトル

Crystal structure of uncharacterized protein Q8DWV2 from Streptococcus agalactiae

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / DUF1706 / DfsB

機能・相同性

Protein of unknown function DUF1706 / Protein of unknown function (DUF1706) / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus agalactiae serotype V

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Taylor, J.D. / Hare, S. / Matthews, S.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of the DfsB Protein Family Suggest a Cationic, Helical Sibling Lethal Factor Peptide.
著者: Taylor, J.D. / Taylor, G. / Hare, S.A. / Matthews, S.J.

履歴

登録	2015年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月2日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cqv.cif.gz	160.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cqv.ent.gz	127.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cqv_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cqv_full_validation.pdf.gz	469 KB	表示
XML形式データ	5cqv_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	5cqv_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/5cqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/5cqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5civC 5cofC 5cogC 5comSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ij9-d 4k68-2 6z08-d 1uqy-d 2g41-d 3eb3-d 1viv-d 4uj2-d 2uw3-d 4wb5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.940, 65.930, 55.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 21618.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae serotype V (strain ATCC BAA-611 / 2603 V/R) (バクテリア) 遺伝子: SAG2111 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DWV2
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.12 M Diethylene glycol, 0.12 M Triethylene glycol, 0.12 M Tetraethylene glycol, 0.12 M Pentaethylene glycol, 0.1 M Tris, 0.1 M Bicine, pH 8.5, 5% MPD, 12% PEG 550 MME, 6% PEG 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20.16 Å / Num. obs: 26530 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHASER		位相決定
xia2		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5COM

5com

解像度: 1.9→20.16 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	1343	5.07 %
R_work	0.1779	-	-
obs	0.1801	26510	98.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2828	0	16	166	3010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.099	4009
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.025	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.968	0.2692	137	0.2453	2484	X-RAY DIFFRACTION	98
1.968-2.0467	0.258	146	0.2196	2516	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0467-2.1397	0.2397	125	0.202	2504	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1397-2.2524	0.2431	122	0.1873	2459	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2524-2.3933	0.2273	133	0.1747	2505	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3933-2.5778	0.2534	120	0.1859	2555	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5778-2.8365	0.2311	143	0.1824	2537	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8365-3.2455	0.2339	137	0.1811	2499	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2455-4.0834	0.1817	138	0.1595	2534	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0834-20.1613	0.2032	142	0.1654	2574	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3399	-0.6489	-0.9039	0.9094	0.8658	2.3685	-0.0691	0.1615	-0.1157	-0.0938	-0.0543	0.0978	0.1166	-0.2044	0.0817	0.1601	0.0038	0.0067	0.125	0.0472	0.1601	19.5788	8.8465	2.5503
2	4.4673	2.9089	1.1049	3.1849	0.1832	1.169	-0.0449	0.4932	-0.2502	-0.5425	-0.5547	0.1111	0.3131	-1.5957	0.7067	1.3966	-0.0975	0.1663	1.2589	-0.1586	0.8188	5.4846	-5.3655	-0.5942
3	0.6242	-0.2539	0.0245	1.9101	1.2792	3.5576	-0.0875	-0.0548	-0.0549	0.286	-0.3414	0.3495	0.4069	-1.0138	-0.1525	0.1799	-0.0111	0.0371	0.2113	-0.0061	0.1958	19.1393	1.2333	1.1269
4	0.2816	-0.6693	-0.1814	1.5052	0.3703	2.31	0.0955	0.2097	-0.1331	0.1683	-0.0628	0.1455	0.1073	-0.3215	0.0624	0.157	0.018	-0.0334	0.343	-0.0179	0.1603	19.7931	11.9637	-12.9695
5	2.2881	-0.9131	-0.6722	0.8219	0.6403	1.9336	0.0928	-0.0427	0.2005	-0.077	-0.0693	0.119	-0.2992	-0.6213	-0.0335	0.2623	0.0623	-0.0043	0.3628	-0.0134	0.2311	19.8142	20.0542	-17.8193
6	4.6541	-3.7361	-2.1837	4.6043	1.7576	1.0735	-0.2782	-0.0373	-0.8825	-0.6422	1.2301	-0.2547	0.4973	0.4349	-0.912	0.734	0.0174	-0.009	1.4941	-0.1388	1.0699	5.7108	8.5916	-27.9747
7	4.3693	-1.8952	-1.2877	6.8582	4.6319	5.9622	0.0244	1.1912	-1.3364	-0.8154	-0.9837	0.3054	0.3031	-1.0422	0.8056	0.5784	-0.0178	0.0236	0.9247	-0.1018	0.638	20.5329	14.3228	-30.42
8	2.8264	0.1445	-0.6552	0.8412	0.861	1.2293	0.1477	-0.0856	0.787	-0.5605	-0.3942	0.3556	-0.7567	-1.4534	-1.0165	0.1274	0.405	-0.0308	1.0304	-0.0141	0.3368	8.1191	23.0871	-16.4735
9	1.6483	-1.0858	1.5095	1.7226	-0.9884	2.0119	0.3084	0.0009	-0.2749	0.1888	-0.147	0.7838	0.6484	-1.1225	-0.1702	0.4593	-0.0648	-0.0169	0.9231	-0.1917	0.5726	5.7089	6.0348	-17.135
10	1.2998	-1.146	-1.5851	3.4742	2.5555	2.7995	0.0975	0.2125	0.0109	-0.1254	-0.2592	0.3319	-0.1997	-0.517	0.0538	0.1854	0.0253	-0.0116	0.1461	0.0489	0.1455	17.6731	15.5347	0.7385

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 93 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 142 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 143 through 184 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 13 through 77 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 78 through 93 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 94 through 109 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 110 through 142 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 143 through 155 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 156 through 184 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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