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- PDB-5cpm: XenA from Pseudomonas putida in complex with NADPH4. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cpm
タイトルXenA from Pseudomonas putida in complex with NADPH4.
要素Xenobiotic reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / XenA
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FNR / Chem-NDP / Xenobiotic reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Knaus, T. / Paul, C.E. / Levy, C.W. / Mutti, F.G. / Hollmann, F. / Scrutton, N.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Better than Nature: Nicotinamide Biomimetics That Outperform Natural Coenzymes.
著者: Knaus, T. / Paul, C.E. / Levy, C.W. / de Vries, S. / Mutti, F.G. / Hollmann, F. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xenobiotic reductase
B: Xenobiotic reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3366
ポリマ－81,9282
非ポリマー2,4084
水17,312961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.368, 83.991, 157.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Xenobiotic reductase / Xenobiotic reductase A


分子量: 40964.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xenA / プラスミド: pET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R9V9
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE


分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 961 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: NADPH4 complex was grown from 0.06 M (magnesium chloride, calcium chloride), 0.1 M (Tris (base), Bicine) buffer system pH 8.5, 30 % v/v GOL P4K (60% v/v Glycerol: PEG 4K) (Morpheus HT96 A11 Molecular Dimensions)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→74.16 Å / Num. obs: 122500 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 6.48
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.251 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1977精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H90

2h90


解像度: 1.5→74.16 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1935 5987 4.9 %Random
Rwork0.1539 ---
obs0.1559 122152 99.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→74.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5552 0 128 961 6641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065940
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0278132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6122102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044859
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5170.3371980.26383799X-RAY DIFFRACTION98
1.517-1.53490.28881840.25133751X-RAY DIFFRACTION99
1.5349-1.55360.3372080.24223851X-RAY DIFFRACTION99
1.5536-1.57330.28012000.23693753X-RAY DIFFRACTION99
1.5733-1.5940.30251930.22413819X-RAY DIFFRACTION99
1.594-1.61580.30541840.22153840X-RAY DIFFRACTION99
1.6158-1.63890.2791930.20813828X-RAY DIFFRACTION99
1.6389-1.66340.25361730.18843812X-RAY DIFFRACTION99
1.6634-1.68940.26952150.18353822X-RAY DIFFRACTION99
1.6894-1.71710.23042070.18413790X-RAY DIFFRACTION99
1.7171-1.74670.25832130.18553850X-RAY DIFFRACTION99
1.7467-1.77840.25011750.18093829X-RAY DIFFRACTION99
1.7784-1.81270.27492010.16423858X-RAY DIFFRACTION99
1.8127-1.84970.19292040.15863864X-RAY DIFFRACTION99
1.8497-1.88990.19251770.14453818X-RAY DIFFRACTION100
1.8899-1.93380.19932090.1413872X-RAY DIFFRACTION100
1.9338-1.98220.20791810.14423881X-RAY DIFFRACTION100
1.9822-2.03580.19732010.14153881X-RAY DIFFRACTION100
2.0358-2.09570.19662050.14063834X-RAY DIFFRACTION100
2.0957-2.16340.18022050.12963899X-RAY DIFFRACTION100
2.1634-2.24070.17211910.12763869X-RAY DIFFRACTION100
2.2407-2.33040.16761960.12873904X-RAY DIFFRACTION100
2.3304-2.43650.18022140.13443896X-RAY DIFFRACTION100
2.4365-2.56490.18592170.13463880X-RAY DIFFRACTION100
2.5649-2.72560.13841900.13133963X-RAY DIFFRACTION100
2.7256-2.93610.16651940.14193915X-RAY DIFFRACTION100
2.9361-3.23160.17322280.14713935X-RAY DIFFRACTION100
3.2316-3.69920.15742050.13673956X-RAY DIFFRACTION100
3.6992-4.66050.13392140.12814007X-RAY DIFFRACTION100
4.6605-74.25340.1762120.16084189X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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