[日本語] English
万見
- PDB-5cp3: Crystal Structure of an Antigen-Binding Fragment of Monoclonal An... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cp3
タイトルCrystal Structure of an Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody against Sulfonamides in Complex with Sulfathiazole
要素
  • Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
  • Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Sulfathiazole / Anti-Sulfonamides Antibody / Antigen-Binding Fragment / Complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 4-amino-N-(1,3-thiazol-2-yl)benzenesulfonamide
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Wang, Z. / Shen, J. / Li, C. / Li, Y. / Wen, K. / Yu, X. / Zhang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31372475 中国
引用ジャーナル: Anal. Chem. / 年: 2019
タイトル: Class-specific Monoclonal Antibodies and Dihydropteroate Synthase in Bioassays used for the Detection of Sulfonamides: Structural Insights into Recognition Diversity.
著者: Li, C. / Liang, X. / Wen, K. / Li, Y. / Zhang, X. / Ma, M. / Yu, X. / Yu, W. / Shen, J. / Wang, Z.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
H: Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3575
ポリマ－46,9692
非ポリマー3873
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.624, 69.474, 62.009
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-319-

HOH

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 AH

#1: 抗体 Light Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7 / L Chain of Fab 4C7


分子量: 24123.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#2: 抗体 Heavy Chain of Antigen-Binding Fragment of Monoclonal Antibody of 4C7 / H Chain of Fab 4C7


分子量: 22845.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C

-
非ポリマー , 4種, 88分子

#3: 化合物 ChemComp-YTZ / 4-amino-N-(1,3-thiazol-2-yl)benzenesulfonamide / Sulfathiazole / スルファチアゾ-ル


分子量: 255.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9N3O2S2 / コメント: 抗菌剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium phosphate dibasic, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→59.4 Å / Num. obs: 32133 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 0.853 / Net I/av σ(I): 6.955 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 114705
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.073.70.46533210.80899.8
2.07-2.153.70.36633090.85599.9
2.15-2.253.70.31133260.8899.8
2.25-2.373.70.27333610.93599.7
2.37-2.523.70.23133150.90299.8
2.52-2.713.60.20433530.93399.5
2.71-2.993.60.1732890.95498.9
2.99-3.423.40.14231780.91794.5
3.42-4.313.20.11628110.8383.1
4.31-503.50.07728700.43483.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NLD

1nld


解像度: 1.99→59.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 4.618 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2662 1350 5 %RANDOM
Rwork0.2143 ---
obs0.2169 25715 80.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.98 Å2 / Biso mean: 35.463 Å2 / Biso min: 18.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å20 Å2-0.2 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→59.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3301 0 23 85 3409
Biso mean--37.58 41.67 -
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.023425
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.9554680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.893.0017184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8555432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49724135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.65215533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.211516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8983.3791728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8873.3771727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8215.0432160
LS精密化 シェル解像度: 1.987→2.039 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 52 -
Rwork0.223 979 -
all-1031 -
obs--42.05 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る