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- PDB-5cow: C. remanei PGL-1 Dimerization Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cow
タイトルC. remanei PGL-1 Dimerization Domain
要素Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / guanosine endonuclease / dimer / P-granule
機能・相同性ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / oogenesis / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / identical protein binding / Guanyl-specific ribonuclease pgl-1
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis remanei (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Aoki, S.T. / Bingman, C.A. / Wickens, M. / Kimble, J.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)5F32HD071692 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: PGL germ granule assembly protein is a base-specific, single-stranded RNase.
著者: Aoki, S.T. / Kershner, A.M. / Bingman, C.A. / Wickens, M. / Kimble, J.
履歴
登録2015年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6295
ポリマ－28,3131
非ポリマー3164
水3,855214
1
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,25810
ポリマ－56,6252
非ポリマー6338
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area2480 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
2
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,25810
ポリマ－56,6252
非ポリマー6338
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area1810 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.610, 89.610, 51.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-776-

HOH

21A-793-

HOH

31A-812-

HOH

詳細Dimer confirmed by gel filtration, chemical crosslinking

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 28312.645 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 203-464 / 変異: deletion, residues 321-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codon optimized gene for E. coli expression
由来: (組換発現) Caenorhabditis remanei (無脊椎動物)
遺伝子: CRE_08178 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 / 参照: UniProt: E3M3V1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM PIPES pH 6.0, 24-27% PEG 4K, 200 mM LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→38.81 Å / Num. obs: 31737 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 22.95 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 17.54 / Num. measured all: 347288
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.6-1.620.5831.921.4212169114311432.018100
1.62-1.670.6571.6321.7429168263226311.711100
1.67-1.720.8171.1522.4725992234723461.209100
1.72-1.770.8810.9283.1622923206620660.973100
1.77-1.830.9070.7184.124382219921990.753100
1.83-1.90.9560.5025.8925073226022600.526100
1.9-1.970.980.3518.1121523193619360.368100
1.97-2.060.9890.22711.9723371211921190.239100
2.06-2.150.9940.15716.2819714178717870.164100
2.15-2.260.9960.11920.1419748179517950.124100
2.26-2.390.9970.09324.3919169174217420.098100
2.39-2.540.9980.0827.3817290157215720.084100
2.54-2.730.9980.0731.0617275157615760.074100
2.73-2.970.9990.05935.215654143014300.062100
2.97-3.280.9990.05339.8213848128712870.056100
3.28-3.710.9990.04843.0212397117011700.05100
3.71-4.370.9990.04246.0210637100810080.044100
4.37-5.610.9990.03846.0889588598590.04100
5.61-910.03346.8562065995990.034100
9-38.810.9990.03142.1317912142120.03399.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CV3

5cv3


解像度: 1.6→38.802 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 2013 6.35 %
Rwork0.1647 29694 -
obs0.1662 31707 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.44 Å2 / Biso mean: 30.3225 Å2 / Biso min: 14.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→38.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1898 0 18 214 2130
Biso mean--64.12 38.56 -
残基数----234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9932752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.138759
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.6-1.640.30951420.26620802222
1.64-1.68440.30561410.248321142255
1.6844-1.73390.25111440.229820892233
1.7339-1.78990.23441420.215620942236
1.7899-1.85390.25571400.192520962236
1.8539-1.92810.21831410.174421102251
1.9281-2.01580.20021440.16520992243
2.0158-2.12210.20051460.16221172263
2.1221-2.25510.17971410.151221222263
2.2551-2.42910.18191450.161721192264
2.4291-2.67350.18861420.172421282270
2.6735-3.06030.22021460.170421402286
3.0603-3.85510.17611480.152321532301
3.8551-38.81370.14131510.144122332384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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