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- PDB-5cos: Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of the Pseudomonas pu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cos
タイトルCrystal Structure of the Cytoplasmic Domain of the Pseudomonas putida Anti-sigma Factor PupR
要素Siderophore-interacting protein
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性FecR, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4880) / FecR protein / Fe(2+)-dicitrate sensor, transmembrane component / FecR protein / Siderophore-interacting protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas sp. WCS358 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.019 Å
データ登録者Jensen, J.L. / Colbert, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM113227-01 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Mechanistic Implications of the Unique Structural Features and Dimerization of the Cytoplasmic Domain of the Pseudomonas Sigma Regulator, PupR.
著者: Jensen, J.L. / Balbo, A. / Neau, D.B. / Chakravarthy, S. / Zhao, H. / Sinha, S.C. / Colbert, C.L.
履歴
登録2015年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Siderophore-interacting protein
B: Siderophore-interacting protein
C: Siderophore-interacting protein
D: Siderophore-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0594
ポリマ－38,0594
非ポリマー00
水1,856103
1
C: Siderophore-interacting protein
D: Siderophore-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0302
ポリマ－19,0302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Siderophore-interacting protein
B: Siderophore-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0302
ポリマ－19,0302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area7090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.459, 134.621, 34.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Siderophore-interacting protein / PupR protein


分子量: 9514.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. WCS358 (バクテリア)
遺伝子: PC358_08100 / プラスミド: pMBP-Parallel1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A0A084CH09
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.9 % / 解説: thin, rod-like clusters
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.0, 3M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.019→44.87 Å / Num. obs: 18320 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.02→2.13 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CAM

5cam


解像度: 2.019→33.655 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 1017 5.56 %
Rwork0.2155 --
obs0.2177 18281 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.019→33.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1869 0 0 103 1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1832709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.607728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0192-2.12560.30511350.26692484X-RAY DIFFRACTION99
2.1256-2.25880.28421650.23782453X-RAY DIFFRACTION99
2.2588-2.43310.24891510.23352467X-RAY DIFFRACTION99
2.4331-2.67790.27321550.23172494X-RAY DIFFRACTION99
2.6779-3.06520.28321350.23082460X-RAY DIFFRACTION99
3.0652-3.86090.23541450.20412444X-RAY DIFFRACTION98
3.8609-33.65990.24811310.19892462X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.40080.79580.85270.81271.50293.0642-0.08010.22370.20281.00130.4766-1.1504-0.45810.42610.13831.0364-0.0892-0.02280.33610.02870.591129.108924.06654.0191
21.6968-0.11780.52850.78920.57860.6660.46120.0040.56360.92770.4351-0.8297-1.51160.34730.06681.0397-0.0380.15980.415-0.00930.566626.215814.6922.8412
30.5797-0.1481-0.39861.06630.22960.9714-0.6798-0.0993-0.03080.22070.25380.93680.876-0.6057-0.01391.0159-0.12890.04780.45740.0040.754219.344527.74480.4829
41.8832-0.7988-0.35950.7657-0.17450.283-0.25870.1450.25760.81420.07780.48280.5623-0.11710.04660.9518-0.0903-0.04820.2942-0.0180.49222.593743.30073.4234
54.18450.65860.15540.15710.01420.1114-0.88020.43440.02060.59710.1281-0.88580.21020.1234-0.49720.9689-0.0376-0.01350.30560.0690.671630.78234.59950.5764
60.2139-0.46280.02341.31410.71373.817-0.14320.5528-0.44270.2212-0.19890.52660.0385-1.4963-0.20670.19790.0466-0.02020.50010.00950.286233.589766.47332.3117
70.56480.01380.00791.1994-0.24170.51860.25090.30730.5734-0.09350.035-0.0603-0.49940.10920.0830.23460.02590.0250.440.06280.312142.49369.1323-0.4133
81.29050.38960.20240.6931-0.16162.07470.31410.2875-0.71250.28340.0377-0.26421.1404-0.09140.01880.4035-0.0346-0.07090.41270.03860.393136.079456.31314.3036
92.22670.2801-1.08522.17240.64041.70450.0579-0.3438-0.25380.1555-0.10220.19330.2535-0.3157-0.00640.1934-0.0004-0.00740.36460.03120.280820.781562.2021-1.6085
101.8732-0.56190.0250.5952-0.11182.06640.2947-0.55840.6346-0.3610.2203-0.2292-1.0234-0.17270.0470.37090.04090.07310.3672-0.03090.350319.12873.1182-3.7905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 44 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 11 through 44 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 45 through 65 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 8 through 25 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 26 through 44 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 45 through 65 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 5 through 44 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 45 through 65 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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