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万見
- PDB-1mwb: Solution structure of the recombinant hemoglobin from the cyanoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mwb
タイトルSolution structure of the recombinant hemoglobin from the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 in its hemichrome state
要素Cyanoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / globin / cyanoglobin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Truncated hemoglobin, group 1 / Globin, bacterial-like, conserved site / Protozoan/cyanobacterial globins signature. / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Group 1 truncated hemoglobin GlbN
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsional angle database
データ登録者Falzone, C.J. / Vu, B.C. / Scott, N.L. / Lecomte, J.T.
引用
ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2002
タイトル: The Solution Structure of the Recombinant Hemoglobin from the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 in its Hemichrome State
著者: Falzone, C.J. / Vu, B.C. / Scott, N.L. / Lecomte, J.T.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2002
タイトル: Assignment of the 1H, 13C, and 15N Signals of Synechocystis sp. PCC 6803 Methemoglobin
著者: Falzone, C.J. / Lecomte, J.T.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Cloning, Expression, Purification, and Preliminary Characterization of a Putative Hemoglobin from the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
著者: Scott, N.L. / Lecomte, J.T.
履歴
登録2002年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AUTHORS INFORMED THAT MET 1 IN SWISSPROT P73925 WAS CLEAVED POST-TRANSLATIONALLY

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3742
ポリマ－13,7571
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with lowest energy and least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy and fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Cyanoglobin / Hemoglobin / Hb


分子量: 13757.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: slr2097 (glbN) / プラスミド: pET3c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73925
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1243D 13C-separated NOESY
1333D 15N-separated NOESY
143J-MODULATED 1H-15N HSQC
1522D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This is a low-spin Fe(+3) complex. Standard methods as applied to dimagnetic proteins were used to determine the structure.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 - 2 mM protein, 20 mM K or Na phosphate90% H2O/10% D2O
20.6 - 2 mM protein, 20 mM K or Na phosphate100% D2O
31 mM U-15N protein, 20 mM K or Na phosphate90% H2O/10% D2O
41 mM U-15N, 13C protein, 20 mM K or Na phosphate90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brunger構造決定
Felix2000Accelrysデータ解析
XwinNMR2.5Brukercollection
NMRPipe2.1Delaglio解析
X-PLOR-NIH1.2.1Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsional angle database
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy and fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with lowest energy and least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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