PDB-5cmb: Mnemiopsis leidyi ML032222a iGluR LBD R703K mutant glycine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cmb

タイトル

Mnemiopsis leidyi ML032222a iGluR LBD R703K mutant glycine complex

要素

ML032222a iGluR

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Glutamate Receptor / Ion Channel

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mnemiopsis leidyi (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Mayer, M.L. / Thomas, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Molecular lock regulates binding of glycine to a primitive NMDA receptor.
著者: Yu, A. / Alberstein, R. / Thomas, A. / Zimmet, A. / Grey, R. / Mayer, M.L. / Lau, A.Y.

履歴

登録	2015年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cmb.cif.gz	313.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cmb.ent.gz	259.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cmb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cmb_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cmb_full_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示
XML形式データ	5cmb_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	5cmb_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cmb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cmcC 4ykiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ykp-d 4ykk-d 4yki-d 3ijx-1 4ykj-d 2ylz-d 5ybg-1 2isq-1 4bdn-2 5elv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ML032222a iGluR

B: ML032222a iGluR

ヘテロ分子

58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.731, 123.389, 54.334
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ML032222a iGluR 分子量: 28933.547 Da / 分子数: 2 / 変異: R681K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mnemiopsis leidyi (無脊椎動物) / 遺伝子: ML032222a / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: A0A0R4I973*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: Reservoir: 24% PEG 8K, 100 mM Cacodylate, 150 mM MgS04. Protein buffer: 150 mM NaCl, 10 mM HEPES, pH 7.0, 0.5 mM EDTA, 10 mM glycine PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→40 Å / Num. obs: 124741 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 31.1
反射シェル	解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 72.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4YKI

4yki

解像度: 1.34→38.988 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1667	6166	5.06 %	Random selection
R_work	0.1432	-	-	-
obs	0.1444	121955	97.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→38.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4002	0	16	780	4798

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4226
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.239	5716
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.878	1556
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	609
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	748

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3393-1.3545	0.2313	149	0.2183	2710	X-RAY DIFFRACTION	69
1.3545-1.3705	0.2556	182	0.2153	3134	X-RAY DIFFRACTION	80
1.3705-1.3872	0.2299	185	0.2159	3508	X-RAY DIFFRACTION	89
1.3872-1.4047	0.2385	190	0.2017	3784	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4047-1.4232	0.2037	219	0.1771	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4232-1.4427	0.1758	199	0.1764	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4427-1.4633	0.1818	206	0.1671	3961	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4633-1.4852	0.1868	210	0.1596	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4852-1.5084	0.1842	212	0.1571	3909	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5084-1.5331	0.181	205	0.1522	3964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5331-1.5595	0.1861	214	0.1493	3952	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5595-1.5879	0.1844	218	0.1496	3930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5879-1.6184	0.1717	199	0.1438	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6184-1.6515	0.192	216	0.1438	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6515-1.6874	0.1802	209	0.147	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6874-1.7266	0.1646	207	0.1447	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7266-1.7698	0.1712	209	0.1422	3990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7698-1.8177	0.1535	216	0.1371	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8177-1.8712	0.1581	203	0.143	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8712-1.9316	0.1599	217	0.1445	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9316-2.0006	0.169	207	0.142	3919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0006-2.0807	0.1515	202	0.1355	4002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0807-2.1754	0.1566	201	0.1338	3957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1754-2.29	0.1539	204	0.1336	3943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.4335	0.163	195	0.1362	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4335-2.6214	0.1837	190	0.141	3972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6214-2.8851	0.1528	222	0.1437	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8851-3.3024	0.1541	202	0.1407	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3024-4.1599	0.1565	220	0.1232	3980	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1599-39.0048	0.1597	258	0.1403	3938	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.301	-0.0469	0.0187	0.0985	0.0001	0.1635	0.0071	-0.0215	-0.0659	-0.0309	-0.0309	-0.0168	0.0567	0.078	0.0002	0.1148	0.0182	-0.0032	0.0884	0.0055	0.1439	21.49	54.4283	49.7984
2	0.0788	-0.1437	0.1264	0.3285	-0.0789	0.4247	-0.0009	-0.0436	-0.0406	0.0149	-0.0056	0.0318	0.068	-0.0151	-0	0.103	-0.0013	-0.0159	0.0838	-0.0027	0.1673	12.5411	57.4647	54.4017
3	0.7456	-0.0364	-0.0891	0.2002	0.0974	0.3107	-0.0232	0.0933	-0.0083	-0.0491	-0.0057	0.013	-0.0087	-0.0563	0.0018	0.1058	-0.0137	-0.0083	0.0918	-0.0075	0.1301	3.6548	61.5562	42.7634
4	0.8387	0.2004	0.174	0.1426	-0.123	0.5434	-0.0927	0.1954	-0.0006	-0.0539	0.0429	0.0555	0.0314	0.0392	-0.009	0.0981	-0.0056	-0.0085	0.105	-0.0269	0.139	2.6076	59.6191	36.8872
5	0.2794	-0.0331	-0.0216	0.1001	-0.089	0.0816	-0.0183	0.0466	0.0341	-0.02	-0.018	-0.0433	-0.0181	-0.0286	-0	0.1094	-0.0098	-0.0018	0.1012	0.0053	0.1279	23.0286	68.8714	47.1636
6	0.6472	-0.0153	0.0497	0.2282	0.2696	0.3554	0.0258	0.0056	-0.0128	0.0215	-0.0148	0.02	-0.048	-0.083	0.0048	0.0942	0.0138	0.0044	0.0764	0.0039	0.0685	5.6656	94.8085	49.3467
7	0.2231	-0.2059	-0.1158	0.4029	0.2306	0.5869	0.0161	-0.0832	0.0145	0.0095	0.0066	-0.0229	-0.0319	0.0313	0.0067	0.0706	-0.0049	0.0015	0.0711	0.0004	0.0648	15.6616	93.1849	54.0833
8	0.6905	0.097	-0.5989	-0.0241	-0.1546	1.012	-0.0165	0.0825	-0.0784	-0.0169	-0.0031	-0.0244	0.0029	-0.0174	0.0229	0.0807	-0.0034	0.0053	0.0785	-0.0056	0.0629	25.1187	88.3308	36.0162
9	0.2021	-0.075	-0.0788	0.0102	0.0469	0.0486	-0.0485	0.0091	-0.0368	-0.0017	-0.0391	-0.0023	0.0149	-0.0032	-0	0.1032	-0.0042	0.0014	0.1043	-0.0128	0.1292	4.3155	79.4123	50.371
10	0.1017	-0.1976	-0.1248	0.3245	0.2172	0.1627	-0.1725	0.5739	-0.0275	-0.0054	-0.0425	-0.0333	0.0159	0.2523	-0.0281	0.116	-0.0268	-0.0194	0.3136	0.011	0.1067	5.6798	89.2804	29.0969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:43)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 44:72)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 73:143)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 144:220)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 221:251)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 1:43)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 44:89)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 90:220)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 221:244)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 245:255)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)