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万見
- PDB-5cm9: Structural Basis for the Selectivity of Guanine Nucleotide Exchan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cm9
タイトルStructural Basis for the Selectivity of Guanine Nucleotide Exchange Factors for the small G-protein Ral
要素
  • Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
  • Ras-related protein Ral-a
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex G-protein Exchange Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


R3/R4 cell fate commitment / regulation of Ral protein signal transduction / border follicle cell migration / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of JNK cascade / regulation of cell morphogenesis / Flemming body / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction ...R3/R4 cell fate commitment / regulation of Ral protein signal transduction / border follicle cell migration / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of JNK cascade / regulation of cell morphogenesis / Flemming body / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction / positive regulation of stem cell proliferation / cleavage furrow / negative regulation of innate immune response / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / PDZ domain binding / receptor internalization / GDP binding / G protein activity / defense response to Gram-negative bacterium / Ras protein signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / innate immune response / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain ...Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related protein Ral-a / Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Popovic, M. / Schouten, A. / Rehmann, H.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: The structure of the Guanine Nucleotide Exchange Factor Rlf in complex with the small G-protein Ral identifies conformational intermediates of the exchange reaction and the basis for the selectivity.
著者: Popovic, M. / Schouten, A. / Rensen-de Leeuw, M. / Rehmann, H.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
B: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
C: Ras-related protein Ral-a
D: Ras-related protein Ral-a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,4624
ポリマ－150,4624
非ポリマー00
水64936
1
A: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
C: Ras-related protein Ral-a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2312
ポリマ－75,2312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA
2
B: Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2
D: Ras-related protein Ral-a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2312
ポリマ－75,2312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.877, 99.828, 111.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ral guanine nucleotide dissociation stimulator-like 2 / RalGDS-like 2 / RalGDS-like factor / Ras-associated protein RAB2L


分子量: 52113.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rgl2, Rab2l, Rlf / プラスミド: pGEX6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600 / 参照: UniProt: Q61193
#2: タンパク質 Ras-related protein Ral-a


分子量: 23117.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Rala, CG2849 / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600 / 参照: UniProt: P48555
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.45
詳細: 15% PEG 3350, 200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 40751 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 12.72
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / % possible all: 56.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JGW as poly Ala model

4jgw


解像度: 2.6→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 15.8 / SU ML: 0.341 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.031 / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31988 2038 5 %RANDOM
Rwork0.27332 ---
obs0.27573 38712 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.171 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å2-0.46 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----2.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8583 0 0 36 8619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228746
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9251.97211851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.37351083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8222.847404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.876151472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6341592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3271.55460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63428779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72633286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2564.53072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 96 -
Rwork0.34 1829 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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