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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ckt | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of KorA, a plasmid-encoded, global transcription regulator | ||||||
![]() | (TrfB transcriptional repressor protein) x 2 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Helix-turn-helix | ||||||
機能・相同性 | Arc Repressor Mutant, subunit A - #2690 / TrfB transcriptional repressor protein / TrfB plasmid transcriptional repressor / Arc Repressor Mutant, subunit A / DNA binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ACETATE ION / TrfB transcriptional repressor protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
Model details | apo form | ||||||
![]() | White, S.A. / Hyde, E.I. / Lovering, A.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Flexibility of KorA, a plasmid-encoded, global transcription regulator, in the presence and the absence of its operator. 著者: Rajasekar, K.V. / Lovering, A.L. / Dancea, F. / Scott, D.J. / Harris, S.A. / Bingle, L.E. / Roessle, M. / Thomas, C.M. / Hyde, E.I. / White, S.A. #1: ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2008 タイトル: A single aromatic residue in transcriptional repressor protein KorA is critical for cooperativity with its co-regulator KorB. 著者: Bingle, L.E. / Rajasekar, K.V. / Muntaha, S.t. / Nadella, V. / Hyde, E.I. / Thomas, C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11037.534 Da / 分子数: 3 / 断片: KorA / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IncP-1 plasmid RK2 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 11323.908 Da / 分子数: 1 / 断片: KorA / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IncP-1 plasmid RK2 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.17 Å / Num. obs: 26649 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 26.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→27.17 Å / FOM work R set: 0.8268 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 163.3 Å2 / Biso mean: 55.86 Å2 / Biso min: 18.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→27.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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