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- PDB-5cjs: Crystal structure of a monomeric influenza hemagglutinin stem in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cjs
タイトルCrystal structure of a monomeric influenza hemagglutinin stem in complex with an broadly neutralizing antibody CR9114
要素
  • CR9114 heavy chain
  • CR9114 light chain
  • Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA1
  • Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / hemagglutinin / trimer / influenza / immunogen / monoclonal / antibody / neutralizing / influenza vaccine / glycoprotein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: A stable trimeric influenza hemagglutinin stem as a broadly protective immunogen.
著者: Impagliazzo, A. / Milder, F. / Kuipers, H. / Wagner, M.V. / Zhu, X. / Hoffman, R.M. / van Meersbergen, R. / Huizingh, J. / Wanningen, P. / Verspuij, J. / de Man, M. / Ding, Z. / Apetri, A. / ...著者: Impagliazzo, A. / Milder, F. / Kuipers, H. / Wagner, M.V. / Zhu, X. / Hoffman, R.M. / van Meersbergen, R. / Huizingh, J. / Wanningen, P. / Verspuij, J. / de Man, M. / Ding, Z. / Apetri, A. / Kukrer, B. / Sneekes-Vriese, E. / Tomkiewicz, D. / Laursen, N.S. / Lee, P.S. / Zakrzewska, A. / Dekking, L. / Tolboom, J. / Tettero, L. / van Meerten, S. / Yu, W. / Koudstaal, W. / Goudsmit, J. / Ward, A.B. / Meijberg, W. / Wilson, I.A. / Radosevic, K.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CR9114 light chain
H: CR9114 heavy chain
C: Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA1
D: Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA2
E: CR9114 light chain
F: CR9114 heavy chain
J: Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA1
K: Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,11211
ポリマ－151,4488
非ポリマー6643
水00
1
L: CR9114 light chain
H: CR9114 heavy chain
C: Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA1
D: Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9455
ポリマ－75,7244
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area29420 Å2
手法PISA
2
E: CR9114 light chain
F: CR9114 heavy chain
J: Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA1
K: Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1666
ポリマ－75,7244
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.869, 110.869, 359.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: 抗体 CR9114 light chain


分子量: 22712.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体 CR9114 heavy chain


分子量: 24423.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: タンパク質 Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA1


分子量: 6673.505 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 Designed influenza hemagglutinin stem #4454, HA2


分子量: 21915.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M disodium hydrogen phosphate, 22% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月29日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. obs: 18316 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 4.3→4.37 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.92 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.3→48.01 Å / SU ML: 0.65 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 929 5.09 %
Rwork0.262 --
obs0.264 18248 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9534 0 42 0 9576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.86513293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6553489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.221489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.3-4.51530.37871420.32712333X-RAY DIFFRACTION97
4.5153-4.7980.35131300.31612460X-RAY DIFFRACTION100
4.798-5.1680.28541370.29112398X-RAY DIFFRACTION100
5.168-5.68730.30571350.28182459X-RAY DIFFRACTION100
5.6873-6.50860.3581440.28372479X-RAY DIFFRACTION100
6.5086-8.19350.2821150.25812523X-RAY DIFFRACTION100
8.1935-48.01070.26621260.21812667X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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