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- PDB-5cjj: The crystal structure of phosphoribosylglycinamide formyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cjj
タイトルThe crystal structure of phosphoribosylglycinamide formyltransferase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
要素Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylglycinamide formyltransferase / Formyl transferase, N-terminal domain / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of phosphoribosylglycinamide formyltransferase from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2015年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
B: Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7197
ポリマ－43,2932
非ポリマー4265
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.162, 65.162, 368.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphoribosylglycinamide formyltransferase / 5'-phosphoribosylglycinamide transformylase / GAR transformylase


分子量: 21646.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: purN, Cj0187c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic
参照: UniProt: Q0PBV2, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1

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非ポリマー , 5種, 52分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 30% v/v Jeffamine ED-2001Reagent

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924, 0.97937
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月1日
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979241
20.979371
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. all: 19055 / Num. obs: 19055 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 26.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.42→50 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2896 850 4.96 %Random selection
Rwork0.2494 ---
obs0.2515 17130 90.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2894 0 24 47 2965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6663998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2521066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003500
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4161-2.56740.3649720.32331523X-RAY DIFFRACTION52
2.5674-2.76560.44371450.34042546X-RAY DIFFRACTION88
2.7656-3.04390.37741540.33182920X-RAY DIFFRACTION99
3.0439-3.48430.29661510.28482965X-RAY DIFFRACTION100
3.4843-4.38930.27991660.21193035X-RAY DIFFRACTION100
4.3893-48.14530.2171620.20223291X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9688-0.07060.00490.65210.22730.2975-0.44180.1491-0.37340.19120.35580.15540.0649-0.26250.10470.6678-0.13260.24890.568-0.15790.38327.229224.212624.3153
23.6978-0.9036-2.51576.22472.4076.5469-1.2089-0.6712-0.98411.17040.8571-0.35011.56790.46740.16191.00170.29690.30180.5751-0.02170.598215.246519.512832.8878
34.88581.84010.46431.6171-0.96633.6937-0.5533-0.77270.25721.01220.5198-0.44550.5691.2880.08620.86910.369-0.09561.1046-0.29370.671920.053130.227338.6252
45.17440.7956-0.02113.82671.75956.0443-0.6624-0.94770.67741.21180.4914-0.16690.60080.9070.13350.71120.10920.08970.5484-0.23380.562110.709333.002337.7855
51.10650.3976-0.41151.17160.02951.0372-0.3447-0.1297-0.22430.15910.03770.10720.2526-0.19180.00130.6608-0.00970.28320.2673-0.10820.44563.11431.169438.5131
61.88560.8807-0.73090.4157-0.40831.4491-0.2784-0.0902-0.5562-0.37160.0724-0.40190.29640.1880.29950.7965-0.07760.39350.3367-0.10680.5525-3.453616.432347.692
70.858-0.3875-0.85660.64970.47691.9508-0.1665-0.0978-0.178-0.0230.101-0.07370.36160.33250.64951.312-0.07590.77410.4994-0.09761.03813.203811.893939.6468
83.97340.34761.59931.94740.64932.86780.5032-0.1121-0.7013-0.0759-0.27130.23821.2612-0.0967-0.4560.8358-0.18640.05560.3312-0.13930.3833-28.7297-5.263161.0364
93.8731-0.73882.79358.3224-0.63535.73280.19230.2924-0.2749-0.3895-0.10980.11450.39360.0009-0.0450.5245-0.13130.04110.3672-0.1210.3669-30.9373-0.530348.342
101.76920.6110.33662.33061.73054.06460.1936-0.0595-0.06750.1778-0.62440.48250.3148-0.99140.27830.5906-0.21670.07650.4474-0.2020.3992-37.0682.758458.4092
110.4932-0.15730.15171.2370.7480.67620.1792-0.08550.208-0.1417-0.0491-0.0185-0.066-0.01380.2790.7112-0.21980.11750.2158-0.10860.3961-25.913911.110858.095
121.64021.2051-0.02563.8545-0.25380.99870.07160.11840.1958-0.78060.1992-0.014-0.26070.122-0.01380.8118-0.24920.21070.3187-0.11030.4486-16.837512.990447.2316
131.44751.50970.12673.24571.32621.4364-0.20340.3435-0.0389-0.74730.3852-0.27780.15710.076-0.15750.8804-0.25190.13030.3715-0.14850.3518-21.44983.432546.2015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 8 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 9 through 53 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 98 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 99 through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 112 through 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 164 through 188 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid -1 through 9 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 10 through 23 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 24 through 83 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 84 through 122 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 123 through 163 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 164 through 188 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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