PDB-5chu: CRYSTAL STRUCTURE OF Fox-4 cephamycinase complexed with sulfate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5chu

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF Fox-4 cephamycinase complexed with sulfate

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Lefurgy, S. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF Fox-4 cephamycinase complexed with sulfate
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Lefurgy, S. / Almo, S.C.

履歴

登録	2015年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5chu.cif.gz	428.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5chu.ent.gz	355.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5chu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5chu_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5chu_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	5chu_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	5chu_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cgsS 5cgw 5cgx 5chj 5chm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5chj-1 5chm-d 3ws1-3 1l0d-1 1sb8-d 1xgj-1 6whf-1 4e3l-1 4kg6-4 4u0t-5 1ke0-2 6tzi-3 6tzf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

78.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.419, 53.922, 116.167
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.870, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 38807.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-382 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fox-4 / プラスミド: pHMTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9L387, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.05M zinc acetate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.07→19.83 Å / Num. obs: 283158 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 11.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_sym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.579 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 992559

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.07-1.13	2.6	0.494	1.3	96840	36987	0.494	1.7	88.3
1.13-1.2	3.5	0.441	1.4	139534	39668	0.441	2.2	99.9
1.2-1.28	3.6	0.371	1.7	133334	37313	0.371	2.6	99.9
1.28-1.38	3.6	0.288	2.3	125596	34766	0.288	3.1	99.9
1.38-1.52	3.7	0.206	3.2	116949	31975	0.206	4	100
1.52-1.7	3.7	0.148	4.4	107567	29010	0.148	5.1	100
1.7-1.96	3.7	0.132	4.5	95788	25616	0.132	6.2	100
1.96-2.4	3.7	0.073	8.4	80253	21690	0.073	7.1	100
2.4-3.39	3.7	0.036	15.9	62831	16857	0.036	7.7	100
3.39-19.83	3.7	0.029	19.6	33867	9276	0.029	7.9	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.83 Å
Translation	2.5 Å	19.83 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CGS

5cgs

解像度: 1.1→19.829 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 29.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	13086	4.92 %
R_work	0.1884	252981	-
obs	0.1892	266067	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.58 Å² / B_iso mean: 19.7782 Å² / B_iso min: 8.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.1→19.829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5426	0	42	818	6286
B_iso mean	-	-	18.88	29.83	-
残基数	-	-	-	-	718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5671
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29	7734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	847
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.046	2042

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1-1.1125	0.5079	417	0.4861	7700	8117	92
1.1125-1.1256	0.4793	390	0.4566	8302	8692	98
1.1256-1.1393	0.3927	397	0.4159	8465	8862	100
1.1393-1.1537	0.3964	357	0.3992	8484	8841	100
1.1537-1.1689	0.3773	427	0.3843	8460	8887	100
1.1689-1.1849	0.394	458	0.3681	8443	8901	100
1.1849-1.2018	0.3502	381	0.3542	8382	8763	100
1.2018-1.2198	0.3605	403	0.3451	8520	8923	100
1.2198-1.2388	0.3418	424	0.3311	8408	8832	100
1.2388-1.2591	0.3636	451	0.3179	8424	8875	100
1.2591-1.2809	0.3221	377	0.3098	8525	8902	100
1.2809-1.3041	0.3223	458	0.2906	8410	8868	100
1.3041-1.3292	0.3113	418	0.2865	8437	8855	100
1.3292-1.3563	0.302	402	0.266	8473	8875	100
1.3563-1.3858	0.2908	382	0.261	8493	8875	100
1.3858-1.4181	0.2919	428	0.2485	8444	8872	100
1.4181-1.4535	0.2663	481	0.2326	8430	8911	100
1.4535-1.4928	0.234	479	0.2163	8445	8924	100
1.4928-1.5367	0.229	385	0.2041	8450	8835	100
1.5367-1.5863	0.2124	425	0.1877	8509	8934	100
1.5863-1.643	0.2083	476	0.1751	8391	8867	100
1.643-1.7087	0.1927	521	0.1687	8405	8926	100
1.7087-1.7864	0.1922	444	0.1648	8474	8918	100
1.7864-1.8805	0.1726	496	0.1623	8428	8924	100
1.8805-1.9983	0.1741	417	0.1519	8536	8953	100
1.9983-2.1524	0.1581	530	0.1412	8373	8903	100
2.1524-2.3687	0.1438	446	0.1379	8520	8966	100
2.3687-2.7107	0.153	456	0.1412	8527	8983	100
2.7107-3.4123	0.1567	467	0.1412	8538	9005	100
3.4123-19.8321	0.165	493	0.1431	8585	9078	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 47.0155 Å / Origin y: -3.0737 Å / Origin z: 29.0392 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1762 Å²	0.0088 Å²	-0.016 Å²	-	0.0893 Å²	-0.0025 Å²	-	-	0.0601 Å²
L	0.236 °²	0.1869 °²	-0.1137 °²	-	0.3502 °²	-0.1134 °²	-	-	0.0783 °²
S	-0.0126 Å °	-0.0001 Å °	0.0063 Å °	0.005 Å °	0.0104 Å °	0.0129 Å °	0.0028 Å °	0.0016 Å °	0.0032 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 404
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 404
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	3 - 929
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 4
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	1
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	1
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	I	2
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	J	1

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関連情報:EMDBヘッダ

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