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- PDB-5chi: Crystal structure of PF2046 in complex with ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5chi
タイトルCrystal structure of PF2046 in complex with ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE/DNA / RnaseH / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Protein of unknown function DUF4152 / Protein of unknown function DUF4152 / Protein of unknown function (DUF4152) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / DNA / DUF4152 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.472 Å
Model detailscomplexed with dT4
データ登録者Kim, J.S. / Hwang, K.Y. / Lee, W.C.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural basis of two-nucleotide removal of ssDNA by a cryptic RNase H fold 3'-5' exonuclease PF2046 from Pyrococcus furiosus
著者: Kim, J.S. / Sambalkhundev, G.D. / Kim, S.H. / Han, A. / Ko, S.M. / Hwang, K.Y. / Lee, W.C.
履歴
登録2015年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,89510
ポリマ－80,7986
非ポリマー974
水1,856103
1
A: Uncharacterized protein
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9814
ポリマ－26,9332
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9814
ポリマ－26,9332
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9332
ポリマ－26,9332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.010, 85.903, 69.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 25760.812 Da / 分子数: 3 / 断片: PF2046 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF2046 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TZE9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 1171.814 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 断片: ion / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M sodium malonate, 0.1M Tris pH 8.0, 30% (w/v) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→50 Å / Num. obs: 24745 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.57 % / Biso Wilson estimate: 41.92 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 12.54 / Num. measured all: 162455
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.47-2.620.7380.7092.119657410933190.77680.8
2.62-2.80.8880.5213.5127244385538450.56399.7
2.8-3.030.9520.3355.7324971361536010.36399.6
3.03-3.310.9750.2358.8322347333933290.25599.7
3.31-3.70.990.14314.2118822302130030.15799.4
3.7-4.270.9940.09620.8317226264826380.10499.6
4.27-5.230.9970.07126.9814742226022500.07799.6
5.23-7.370.9950.0725.3910923177317560.07699
7.370.9980.04636.746523101810040.0598.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREPモデル構築
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O8U

4o8u


解像度: 2.472→34.588 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.88 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 3832 7.94 %
Rwork0.1824 44413 -
obs0.186 24745 96.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.74 Å2 / Biso mean: 44.6629 Å2 / Biso min: 13.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.472→34.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5408 240 4 103 5755
Biso mean--41.35 37.51 -
残基数----699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3587854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052888
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.52212
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4717-2.5030.383180.599730031817
2.503-2.53590.38711560.31781537169390
2.5359-2.57060.30911330.266617141847100
2.5706-2.60730.34861510.261616881839100
2.6073-2.64620.31431360.257217151851100
2.6462-2.68760.34811140.247717161830100
2.6876-2.73160.28311680.255616521820100
2.7316-2.77870.29511500.238117301880100
2.7787-2.82920.26781410.225917211862100
2.8292-2.88360.28361160.218917311847100
2.8836-2.94240.29291650.225416901855100
2.9424-3.00640.27391250.220617221847100
3.0064-3.07620.32051670.213316931860100
3.0762-3.15310.23061360.216117201856100
3.1531-3.23830.28671580.214417031861100
3.2383-3.33350.25761480.197616851833100
3.3335-3.4410.24751640.187617081872100
3.441-3.56390.21511560.182616901846100
3.5639-3.70640.19831400.167717111851100
3.7064-3.87490.21991560.163216601816100
3.8749-4.07890.19861640.156617351899100
4.0789-4.3340.1871630.154316511814100
4.334-4.66790.20211380.141817211859100
4.6679-5.13630.17331480.135616871835100
5.1363-5.87640.21891390.163317181857100
5.8764-7.39170.17581450.157717111856100
7.3917-34.59110.13751370.136517041841100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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