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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 5chf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Crystal structure of murine ISG15 in space group P21212 | ||||||
要素 | Ubiquitin-like protein ISG15 | ||||||
キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / ubiquitin-like protein / cell cycle | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / ISG15 antiviral mechanism / Termination of translesion DNA synthesis / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / PKR-mediated signaling / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / ISG15 antiviral mechanism / Termination of translesion DNA synthesis / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / PKR-mediated signaling / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / integrin-mediated signaling pathway / response to bacterium / modification-dependent protein catabolic process / integrin binding / response to virus / positive regulation of type II interferon production / protein tag activity / defense response to virus / defense response to bacterium / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / extracellular region / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fritz, G. / Basters, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Publishedタイトル: Crystal structure of murine ISG15 in space group P21212 著者: Fritz, G. / Basters, A. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 5chf.cif.gz | 315.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb5chf.ent.gz | 259.2 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 5chf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5chf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 1z2mS S: 精密化の開始モデル |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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| Components on special symmetry positions |
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 17372.021 Da / 分子数: 5 / 変異: C76S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.7 M (NH4)2 SO4, 0.06 mM ZnSO4 |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 37611 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 10.91 / Num. measured all: 267134 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
| 位相決定 | 手法: 分子置換 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: 1Z2M 解像度: 2.3→47.966 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 157.76 Å2 / Biso mean: 63.9241 Å2 / Biso min: 22.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→47.966 Å
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| 拘束条件 |
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
引用










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