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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ch4 | ||||||
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タイトル | Peptide-Bound State of Thermus thermophilus SecYEG | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / translocon / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.64 Å | ||||||
データ登録者 | Tanaka, Y. / Sugano, Y. / Takemoto, M. / Kusakizako, T. / Kumazaki, K. / Ishitani, R. / Nureki, O. / Tsukazaki, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015 タイトル: Crystal Structures of SecYEG in Lipidic Cubic Phase Elucidate a Precise Resting and a Peptide-Bound State. 著者: Tanaka, Y. / Sugano, Y. / Takemoto, M. / Mori, T. / Furukawa, A. / Kusakizako, T. / Kumazaki, K. / Kashima, A. / Ishitani, R. / Sugita, Y. / Nureki, O. / Tsukazaki, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ch4.cif.gz | 117.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ch4.ent.gz | 90.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ch4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5ch4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/5ch4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48515.910 Da / 分子数: 1 / 変異: L2V, K248G, V249A, V250A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: secY, TTHA1672 発現宿主: Escherichia coli BL21-Gold(DE3)pLysS AG (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SHQ8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7072.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: secE, TTHA0249 発現宿主: Escherichia coli BL21-Gold(DE3)pLysS AG (大腸菌) 参照: UniProt: P38383 |
#3: タンパク質 | 分子量: 7943.501 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 43-117 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1784 発現宿主: Escherichia coli BL21-Gold(DE3)pLysS AG (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SHE6 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 500DME, ZnSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月18日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 9099 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 5.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZJS 解像度: 3.64→44.393 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.64→44.393 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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