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- PDB-5cgy: Fab fragment of Chikungunya virus neutralizing human monoclonal a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cgy
タイトルFab fragment of Chikungunya virus neutralizing human monoclonal antibody 4J21
要素
  • Heavy Chain of Fab
  • Light Chain of Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Long, F. / Crowe, J.E. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI095366 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1 AI114816 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Cryo-EM structures elucidate neutralizing mechanisms of anti-chikungunya human monoclonal antibodies with therapeutic activity.
著者: Feng Long / Rachel H Fong / Stephen K Austin / Zhenguo Chen / Thomas Klose / Andrei Fokine / Yue Liu / Jason Porta / Gopal Sapparapu / Wataru Akahata / Benjamin J Doranz / James E Crowe / ...著者: Feng Long / Rachel H Fong / Stephen K Austin / Zhenguo Chen / Thomas Klose / Andrei Fokine / Yue Liu / Jason Porta / Gopal Sapparapu / Wataru Akahata / Benjamin J Doranz / James E Crowe / Michael S Diamond / Michael G Rossmann /
要旨: Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes severe acute and chronic disease in humans. Although highly inhibitory murine and human monoclonal antibodies (mAbs) have ...Chikungunya virus (CHIKV) is a mosquito-transmitted alphavirus that causes severe acute and chronic disease in humans. Although highly inhibitory murine and human monoclonal antibodies (mAbs) have been generated, the structural basis of their neutralizing activity remains poorly characterized. Here, we determined the cryo-EM structures of chikungunya virus-like particles complexed with antibody fragments (Fab) of two highly protective human mAbs, 4J21 and 5M16, that block virus fusion with host membranes. Both mAbs bind primarily to sites within the A and B domains, as well as to the B domain's β-ribbon connector of the viral glycoprotein E2. The footprints of these antibodies on the viral surface were consistent with results from loss-of-binding studies using an alanine scanning mutagenesis-based epitope mapping approach. The Fab fragments stabilized the position of the B domain relative to the virus, particularly for the complex with 5M16. This finding is consistent with a mechanism of neutralization in which anti-CHIKV mAbs that bridge the A and B domains impede movement of the B domain away from the underlying fusion loop on the E1 glycoprotein and therefore block the requisite pH-dependent fusion of viral and host membranes.
履歴
登録2015年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy Chain of Fab
L: Light Chain of Fab
C: Heavy Chain of Fab
D: Light Chain of Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6104
ポリマ－93,6104
非ポリマー00
水13,187732
1
H: Heavy Chain of Fab
L: Light Chain of Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8052
ポリマ－46,8052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
2
C: Heavy Chain of Fab
D: Light Chain of Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8052
ポリマ－46,8052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.224, 127.588, 83.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Heavy Chain of Fab


分子量: 24403.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light Chain of Fab


分子量: 22401.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG2000, Tris, ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→40 Å / Num. obs: 55062 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.07→2.15 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UJT, 4JY6

3ujt

4jy6


解像度: 2.07→33.194 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2162 1919 3.9 %Random selection
Rwork0.1675 47232 --
obs0.1694 49151 98.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.06 Å2 / Biso mean: 30.9283 Å2 / Biso min: 8.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→33.194 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6505 0 0 732 7237
Biso mean---37.96 -
残基数----869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1899151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.1553643
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.07-2.12180.26851010.20313333343498
2.1218-2.17910.25532020.1943345354799
2.1791-2.24330.22541010.17573346344798
2.2433-2.31560.24841010.18293445354699
2.3156-2.39840.2512020.18633251345399
2.3984-2.49440.28161010.193424352599
2.4944-2.60790.24941010.18453422352399
2.6079-2.74530.23332020.18563278348099
2.7453-2.91720.26541010.1773423352499
2.9172-3.14230.23492020.17563347354999
3.1423-3.45820.19981010.16893421352299
3.4582-3.95790.22891010.1523455355699
3.9579-4.98380.1512020.13043329353199
4.9838-33.19790.20571010.16333413351497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0381-0.0196-0.01520.07860.01070.0951-0.0094-0.001-0.0081-0.09510.033-0.05230.0910.07970.01280.1153-0.0163-0.00540.1125-0.01280.1158.861916.7682-23.8923
20.43020.0098-0.01920.0319-0.01240.01440.09880.1395-0.14290.2454-0.0298-0.0757-0.0555-0.0481-0.00620.47240.0046-0.03110.15010.04430.14532.2156-16.3699-45.6484
30.02590.01120.00890.04630.00350.04940.0142-0.01650.0361-0.0337-0.0033-0.0466-0.1343-0.0281-0.00050.18430.0085-0.00120.1746-0.01360.09896.50123.8092-43.7176
40.0203-0.00810.00210.0425-0.01770.0234-0.0402-0.0722-0.06490.13680.14510.15360.0401-0.0170.04120.31220.00820.08760.13550.10660.2273-6.3361-2.554-49.397
50.2435-0.01710.12230.1656-0.01780.1917-0.0377-0.0151-0.0114-0.16190.1381-0.0933-0.21210.03050.10060.1783-0.02120.03370.1289-0.01450.123412.3842-35.6454-15.4256
60.27620.03660.1280.11540.04990.0825-0.055-0.22490.0204-0.32650.0695-0.11760.0484-0.17250.00230.4106-0.00960.0203-0.0193-0.04710.0948-3.4271-1.65612.9303
70.0659-0.0168-0.04890.0221-0.02770.0576-0.0053-0.0315-0.0285-0.07890.046-0.01780.0362-0.03250.03630.0708-0.0115-0.00020.1388-0.0030.11713.4939-41.70822.7303
80.2186-0.0614-0.08870.1760.04930.0648-0.1388-0.05430.0337-0.27840.1310.1083-0.05010.08030.03050.2745-0.0275-0.08550.06280.02510.1772-10.3816-16.95743.5396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 125)H0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 126 through 228 )H0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 2 through 105 )L0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 106 through 213)L0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 125 )C0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 126 through 228 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 2 through 105)D0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 106 through 213)D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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