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万見
- PDB-5cgj: Crystal structure of murine Keap1 in complex with RA839, a non-co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cgj
タイトルCrystal structure of murine Keap1 in complex with RA839, a non-covalent small-molecule binder to Keap1 and selective activator of Nrf2 signalling.
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / BETA PROPELLER / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / midbody / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of autophagy / protein ubiquitination / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 ...Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-51M / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 分子置換 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Schimanski-Breves, S. / Loenze, P. / Engel, C.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Characterization of RA839, a Noncovalent Small Molecule Binder to Keap1 and Selective Activator of Nrf2 Signaling.
著者: Winkel, A.F. / Engel, C.K. / Margerie, D. / Kannt, A. / Szillat, H. / Glombik, H. / Kallus, C. / Ruf, S. / Gussregen, S. / Riedel, J. / Herling, A.W. / von Knethen, A. / Weigert, A. / Brune, B. / Schmoll, D.
履歴
登録2015年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8656
ポリマ－37,0281
非ポリマー8375
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.410, 103.410, 56.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 37028.371 Da / 分子数: 1 / 断片: KEAP1-DC, RESIDUES 309-624 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / プラスミド: PET16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-51M / (3S)-1-(4-{[(2,3,5,6-tetramethylphenyl)sulfonyl]amino}naphthalen-1-yl)pyrrolidine-3-carboxylic acid


分子量: 452.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H28N2O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: AMMONIUM SULFATE 0.5M, LITHIUM SULFATE 0.9M, SODIUM CITRATE 0.1M, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→51.73 Å / Num. all: 5029 / Num. obs: 5014 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 60.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.191 / Rsym value: 0.172 / Net I/av σ(I): 4.222 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 50822
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 13.5 / Num. measured all: 1532 / Num. unique all: 174 / Rpim(I) all: 0.017 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I) obs: 35.4 / Rejects: 0 / % possible all: 68.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.36→51.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9045 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8464 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.501
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 254 5.07 %RANDOM
Rwork0.1367 ---
obs0.141 5014 99.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 122.91 Å2 / Biso mean: 49.53 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.8919 Å20 Å20 Å2
2--14.8919 Å20 Å2
3----29.7838 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.445 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.36→51.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 0 52 12 2290
Biso mean--74.12 15.33 -
残基数----290
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d765SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes350HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2336HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion283SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2746SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2336HARMONIC20.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3188HARMONIC21.27
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.43
LS精密化 シェル解像度: 3.36→3.76 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2456 83 5.91 %
Rwork0.1359 1322 -
all0.1423 1405 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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