PDB-5cfl: Crystal structure of anemone STING (Nematostella vectensis) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cfl

タイトル

Crystal structure of anemone STING (Nematostella vectensis) in complex with 3', 3' c-di-GMP, c[G(3', 5')pG(3', 5')p]

要素

Stimulator of Interferon Genes

キーワード

IMMUNE SYSTEM / STING / Cyclic-dinucleotide Binding Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / autophagosome / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Nematostella vectensis (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.836 Å

データ登録者

Kranzusch, P.J. / Wilson, S.C. / Lee, A.S.Y. / Berger, J.M. / Doudna, J.A. / Vance, R.E.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Ancient Origin of cGAS-STING Reveals Mechanism of Universal 2',3' cGAMP Signaling.
著者: Kranzusch, P.J. / Wilson, S.C. / Lee, A.S. / Berger, J.M. / Doudna, J.A. / Vance, R.E.

履歴

登録	2015年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月30日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cfl.cif.gz	180.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cfl.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cfl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/5cfl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cfmC 5cfnC 5cfoC 5cfpC 5cfqC 5cfrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cfm-d 5zk7-d 1jq7-d 2jig-d 1iec-d 4hym-1 1ieg-d 2j67-d 3fuq-d 3rsj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Stimulator of Interferon Genes

B: Stimulator of Interferon Genes

ヘテロ分子

44.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.109, 81.109, 97.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Stimulator of Interferon Genes / Predicted protein 分子量: 21725.723 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 193-377 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク) 遺伝子: v1g246111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7SLZ2
#2: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.01 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium citrate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.836→48.54 Å / Num. obs: 61587 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.836→1.9 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 82.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.836→40.555 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2087	1606	2.62 %	Random Selection
R_work	0.1721	-	-	-
obs	0.1729	61202	98.16 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.836→40.555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3060	0	98	392	3550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	4372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.458	1218
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	562

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8363-1.8956	0.3292	130	0.3049	4466	X-RAY DIFFRACTION	81
1.8956-1.9633	0.2698	148	0.2518	5483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9633-2.0419	0.2398	152	0.2115	5532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0419-2.1348	0.2128	144	0.1953	5490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1348-2.2474	0.2338	153	0.1898	5551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2474-2.3882	0.2385	144	0.1934	5515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3882-2.5725	0.1944	150	0.1949	5472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5725-2.8314	0.2593	150	0.2016	5509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8314-3.2409	0.2067	152	0.1811	5551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2409-4.0826	0.1817	138	0.145	5529	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0826-40.5644	0.1804	145	0.1371	5498	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6853	-0.4635	-0.1028	0.428	0.3964	0.3732	0.1086	-0.0419	-0.3414	-0.076	-0.0391	0.2302	0.277	-0.4305	0.0002	0.2534	-0.0226	-0.0287	0.3198	0.0368	0.3041	12.8059	21.1836	-11.1701
2	0.6863	0.2026	0.0048	0.2572	-0.0827	0.0206	0.1568	0.4922	0.5181	-0.1367	0.2634	0.2146	-0.1464	-0.487	-0.0004	0.2305	0.0438	0.0319	0.333	0.0811	0.3067	20.9059	35.2834	-22.7787
3	1.9135	0.597	-0.5479	1.2704	-0.6325	0.2929	-0.0099	0.0269	0.02	-0.0259	-0.1003	-0.3121	0.0993	0.1778	0.0004	0.2504	0.0463	0.0133	0.3159	0.0093	0.2725	32.1267	27.9107	-20.1107
4	0.4733	0.8241	-0.7726	1.0129	-0.9413	1.8622	0.0439	-0.1014	0.2103	0.1209	-0.0448	-0.2544	-0.0748	0.3307	-0.0016	0.2298	0.0236	0.0182	0.3577	0.0262	0.3853	33.273	30.7396	-16.0049
5	0.4147	0.2366	-0.0633	0.8499	-1.0684	0.8896	0.0125	0.052	0.2227	-0.0375	-0.0889	-0.2902	0.1575	0.2969	-0.0474	0.2168	0.0441	0.0599	0.3477	0.0279	0.3441	31.4755	31.1758	-19.4163
6	1.9649	-0.0417	-0.0521	1.0507	-0.3382	0.4005	-0.0009	0.0385	-0.4286	-0.0001	0.0481	0.0732	0.3258	-0.0483	0.0001	0.3151	0.0132	-0.023	0.238	-0.0173	0.3195	19.8795	15.3128	-8.0792
7	1.0413	0.7563	-0.7983	0.661	-0.049	1.2514	0.0413	0.2702	-0.1773	-0.413	-0.0806	-0.1029	0.5232	0.0171	0	0.3728	0.0523	-0.0025	0.3901	-0.0365	0.259	25.0174	20.1043	-22.4176
8	0.4706	0.5951	-0.5751	1.3889	-0.8402	0.7104	-0.3045	0.5235	-0.2854	-0.9065	0.2178	-0.2262	1.0203	0.0171	-0.0221	0.4985	0.065	0.1145	0.5045	-0.013	0.3661	33.5115	21.9042	-30.197
9	0.963	-0.6573	-0.514	0.3426	0.0973	0.6279	-0.004	-0.0073	-0.2697	0.0642	0.0621	0.1214	0.3018	0.0329	0.0002	0.2787	0.0222	-0.0469	0.2393	-0.0034	0.2843	12.6812	22.8964	-2.0071
10	0.0841	0.084	0.0912	0.616	-0.0492	0.2577	0.1528	-0.3807	0.0189	0.8028	0.3242	-0.9602	0.4867	0.3633	0.0099	0.2888	0.0811	-0.044	0.3198	-0.088	0.3493	20.4077	36.333	10.283
11	0.89	-0.0504	0.2533	2.1974	0.6159	0.0926	-0.0527	-0.0459	0.2916	0.0299	-0.0289	0.1545	-0.0842	-0.135	0.0009	0.2627	0.0509	-0.0003	0.3146	-0.0168	0.2761	8.112	41.7731	6.5259
12	0.3718	0.6693	0.3404	1.1016	0.9184	1.7956	-0.0215	0.1426	0.4125	-0.1567	0.0196	-0.0928	-0.3214	-0.1623	-0.0091	0.3044	0.0857	-0.025	0.2848	-0.0478	0.3895	9.9835	44.1729	2.4215
13	0.6564	0.4065	1.0268	0.6	0.6577	1.0282	-0.089	-0.1076	0.3636	0.0096	0.0026	-0.0645	-0.1878	-0.2675	-0.0765	0.2794	0.0785	0.0116	0.2805	-0.0517	0.3291	11.2575	42.8364	5.8382
14	1.6669	-0.1576	0.3595	1.7191	0.4352	0.6027	0.0532	0.0139	-0.3092	0.054	0.0336	0.3224	0.2152	-0.2581	0	0.2395	-0.0288	-0.0052	0.2904	0.0326	0.3067	3.3033	24.8337	-5.5296
15	0.2514	0.094	-0.317	1.2441	0.8908	1.2679	0.0433	-0.4061	-0.0863	0.1818	-0.0309	0.249	0.3268	-0.4056	-0.0002	0.3261	0.0333	0.0237	0.4134	0.0265	0.2599	4.9047	31.713	8.8169
16	0.6073	0.3212	0.4356	1.0718	0.7051	1.245	0.2551	-0.6832	0.008	0.7079	-0.3313	0.3684	0.5813	-0.9113	-0.0201	0.4294	0.0216	0.0676	0.5523	-0.0854	0.3604	2.2059	39.945	16.5789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 191 through 204 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 205 through 220 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 221 through 249 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 250 through 272 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 273 through 302 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 303 through 341 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 342 through 359 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 360 through 377 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 191 through 206 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 207 through 220 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 221 through 249 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 250 through 272 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 273 through 302 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 303 through 341 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 342 through 359 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 360 through 377 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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