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- PDB-5cem: Pseudokinase and C-terminal extension of Human Tribbles Homolog 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cem
タイトルPseudokinase and C-terminal extension of Human Tribbles Homolog 1
要素Tribbles homolog 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Kinase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-protein transferase regulator activity / positive regulation of eosinophil differentiation / negative regulation of smooth muscle cell migration / regulation of MAP kinase activity / negative regulation of neutrophil differentiation / positive regulation of macrophage differentiation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / NGF-stimulated transcription / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein kinase inhibitor activity ...ubiquitin-protein transferase regulator activity / positive regulation of eosinophil differentiation / negative regulation of smooth muscle cell migration / regulation of MAP kinase activity / negative regulation of neutrophil differentiation / positive regulation of macrophage differentiation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / NGF-stimulated transcription / mitogen-activated protein kinase kinase binding / protein kinase inhibitor activity / JNK cascade / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to lipopolysaccharide / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tribbles homologue 1 / Pseudokinase tribbles family/serine-threonine-protein kinase 40 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Tribbles homologue 1 / Pseudokinase tribbles family/serine-threonine-protein kinase 40 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tribbles homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mace, P.D. / Nakatani, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Molecular Mechanism of CCAAT-Enhancer Binding Protein Recruitment by the TRIB1 Pseudokinase.
著者: Murphy, J.M. / Nakatani, Y. / Jamieson, S.A. / Dai, W. / Lucet, I.S. / Mace, P.D.
履歴
登録2015年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tribbles homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5485
ポリマ－33,1641
非ポリマー3844
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.384, 81.384, 85.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細authors have used SAXS

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要素

#1: タンパク質 Tribbles homolog 1 / TRB-1 / G-protein-coupled receptor-induced gene 2 protein / GIG-2 / SKIP1


分子量: 33163.824 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 83-371 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIB1, C8FW, GIG2, TRB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96RU8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 1% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.9 Å / Num. obs: 18911 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→42.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.605 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22299 1031 5.5 %RANDOM
Rwork0.17613 ---
obs0.17862 17853 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.487 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.04 Å20 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→42.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 20 107 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.9832878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92334743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0825254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.2621.73598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58415379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4351524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2092.6391010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.212.6381009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9533.9161257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9513.9191258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2553.161117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1663.1051099
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3944.4621594
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.9821.3292366
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.73120.9732324
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 70 -
Rwork0.247 1330 -
obs--99.22 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.204 Å / Origin y: 46.806 Å / Origin z: 0.6 Å
111213212223313233
T0.02 Å2-0.0033 Å2-0.005 Å2-0.0352 Å2-0.0111 Å2--0.0889 Å2
L3.2207 °2-0.3044 °2-0.7409 °2-0.3961 °20.0798 °2--0.6085 °2
S-0.0659 Å °0.1903 Å °-0.0983 Å °-0.0436 Å °0.0227 Å °-0.0176 Å °0.0146 Å °0.0423 Å °0.0432 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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