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万見
- PDB-5cel: CBH1 (E212Q) CELLOTETRAOSE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cel
タイトルCBH1 (E212Q) CELLOTETRAOSE COMPLEX
要素1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I
キーワードHYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / GLYCOSIDASE / GLYCOPROTEIN / GLYCOSYLATED PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. ...1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A / Glycoside hydrolase, family 7, domain / Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / : / Exoglucanase 1 / Exoglucanase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Divne, C. / Stahlberg, J. / Jones, T.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: High-resolution crystal structures reveal how a cellulose chain is bound in the 50 A long tunnel of cellobiohydrolase I from Trichoderma reesei.
著者: Divne, C. / Stahlberg, J. / Teeri, T.T. / Jones, T.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Activity Studies and Crystal Structures of Catalytically Deficient Mutants of Cellobiohydrolase I from Trichoderma Reesei
著者: Stahlberg, J. / Divne, C. / Koivula, A. / Piens, K. / Claeyssens, M. / Teeri, T.T. / Jones, T.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: The Three-Dimensional Crystal Structure of the Catalytic Core of Cellobiohydrolase I from Trichoderma Reesei
著者: Divne, C. / Stahlberg, J. / Reinikainen, T. / Ruohonen, L. / Pettersson, G. / Knowles, J.K. / Teeri, T.T. / Jones, T.A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies on the Core Proteins of Cellobiohydrolase I and Endoglucanase I from Trichoderma Reesei
著者: Divne, C. / Sinning, I. / Stahlberg, J. / Pettersson, G. / Bailey, M. / Siika-Aho, M. / Margolles-Clark, E. / Teeri, T. / Jones, T.A.
履歴
登録1997年9月24日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.type ..._atom_site.occupancy / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7406
ポリマ－46,0681
非ポリマー1,6725
水7,764431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.050, 82.950, 110.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1000-

CO

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要素

#1: タンパク質 1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I / EXOGLUCANASE / EXOCELLULASE


分子量: 46067.754 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1 - 434 / 変異: E212Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 株: QM 9414 / 遺伝子: CBH1 / Variant: VTT-D-93201 / プラスミド: PEM-F5 / 遺伝子 (発現宿主): CBH1 / 発現宿主: Hypocrea jecorina (菌類)
参照: UniProt: P00725, UniProt: P62694*PLUS, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE COORDINATES GIVEN DEFINE THE STRUCTURE OF ONLY THE CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 1 - 434) OF THE ...THE COORDINATES GIVEN DEFINE THE STRUCTURE OF ONLY THE CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 1 - 434) OF THE 497 RESIDUES IN THE MATURE PROTEIN. THE N-TERMINUS IS PROTECTED BY A PYROGLUTAMATE RESIDUE.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THERE ARE TWO CELLOTETRAOSE MOLECULES BOUND IN THE CELLULOSE BINDING TUNNEL OF CBH1. THE ...THERE ARE TWO CELLOTETRAOSE MOLECULES BOUND IN THE CELLULOSE BINDING TUNNEL OF CBH1. THE CELLOTETRAOSE MOLECULE COMPRISING RESIDUES 452 - 455 IS OCCUPYING GLUCOSE-BINDING SITES +2,+1,-1 AND -2, AND THE CELLOTETRAOSE MOLECULE COMPRISING RESIDUES 457 - 460 OCCUPIES BINDING SITES -4,-5,-6 AND -7.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: HANGING DROPS. EQUAL VOLUMES OF 8 MG/ML PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M MES (PH 6.0), 18% (W/V) MONOMETHYLETHER PEG 5000, 0.01 M COCL2, AND 0.02% NA-AZIDE. CRYOPROTECTANT/SOAK ...詳細: HANGING DROPS. EQUAL VOLUMES OF 8 MG/ML PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M MES (PH 6.0), 18% (W/V) MONOMETHYLETHER PEG 5000, 0.01 M COCL2, AND 0.02% NA-AZIDE. CRYOPROTECTANT/SOAK SOLUTION CONTAINED 0.1 M MES (PH 6.0), 20% (W/V) MONOMETHYLETHER PEG 5000, 0.01 M COCL2, 20% GLYCEROL AND 0.005 M CELLOTETRAOSE. THE AXES OF THE CRYO-COOLED CRYSTALS ARE SYSTEMATICALLY SHORTER THAN THOSE OF CRYSTALS COLLECTED AT ROOM TEMPERATURE. IN ORDER TO KEEP THE SAME INDEXING AS IN PREVIOUS ROOM-TEMPERATURE DATA SETS, THE LONGER A-AXIS IS LISTED BEFORE THE SHORTER B-AXIS., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1reservoir
320 %(w/v)mPEG50001reservoir
410 mM1reservoirCoCl2
520 %(v/v)glycerol1reservoir
65 mMcellotetraose1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.862
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月2日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→65.9 Å / Num. obs: 29299 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 92.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
CCP4データ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.9→7.5 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.24 2000 SPHERES
Rwork0.196 --
obs0.196 28748 -
原子変位パラメータBiso mean: 7.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3224 0 106 431 3761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3_MOD.CHOPARAM3_MOD.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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