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- PDB-5cee: Malic enzyme from Candidatus Phytoplasma AYWB in complex with NAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cee
タイトルMalic enzyme from Candidatus Phytoplasma AYWB in complex with NAD and Mg2+
要素NAD-dependent malic enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / phytoplasm malic enzyme / malate metabolism / plant pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / NAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-dependent malic enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Aster yellows witches'-broom phytoplasma
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.498 Å
データ登録者Alvarez, C.E. / Trajtenberg, F. / Larrieux, N. / Saigo, M. / Mussi, M.A. / Andreo, C.S. / Drincovich, M.F. / Buschiazzo, A.
資金援助 アルゼンチン, 1件
組織認可番号国
National Scientific and Technical Research Council (CONICET) アルゼンチン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of the malic enzyme from Candidatus Phytoplasma reveals the minimal structural determinants for a malic enzyme.
著者: Alvarez, C.E. / Trajtenberg, F. / Larrieux, N. / Saigo, M. / Golic, A. / Andreo, C.S. / Hogenhout, S.A. / Mussi, M.A. / Drincovich, M.F. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2015年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent malic enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0063
ポリマ－44,3191
非ポリマー6882
水23413
1
A: NAD-dependent malic enzyme
ヘテロ分子

A: NAD-dependent malic enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0136
ポリマ－88,6372
非ポリマー1,3754
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area10680 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.236, 48.236, 291.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-511-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent malic enzyme


分子量: 44318.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aster yellows witches'-broom phytoplasma (strain AYWB) (バクテリア)
株: AYWB / 遺伝子: sfcA, AYWB_051 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2NK75, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2; 0.1 M Tris pH 8.5; 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月17日
放射モノクロメーター: multilayer mirrors (Varimax-HF) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.498→29.47 Å / Num. obs: 14448 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.498→2.63 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
REFMAC精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DVM

2dvm


解像度: 2.498→24.256 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1947 2511 -Random selection
Rwork0.1461 ---
obs0.1568 14357 97.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.498→24.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2876 0 45 13 2934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1514010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9411112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5022-2.55020.38941480.30161114X-RAY DIFFRACTION76
2.5502-2.60210.36741310.27341156X-RAY DIFFRACTION81
2.6021-2.65860.28461310.24441240X-RAY DIFFRACTION85
2.6586-2.72020.27291350.22151223X-RAY DIFFRACTION86
2.7202-2.78810.24611460.18851284X-RAY DIFFRACTION88
2.7881-2.86320.23191300.17731318X-RAY DIFFRACTION91
2.8632-2.94720.21181390.16821288X-RAY DIFFRACTION90
2.9472-3.0420.19731410.16291359X-RAY DIFFRACTION91
3.042-3.15030.22031400.14821253X-RAY DIFFRACTION90
3.1503-3.27580.25181560.151321X-RAY DIFFRACTION89
3.2758-3.42410.19041410.13861306X-RAY DIFFRACTION90
3.4241-3.60350.18071450.13411275X-RAY DIFFRACTION90
3.6035-3.82770.18771330.13541313X-RAY DIFFRACTION91
3.8277-4.12060.16291570.13061309X-RAY DIFFRACTION89
4.1206-4.53040.14891530.12881276X-RAY DIFFRACTION89
4.5304-5.1750.14531060.12041352X-RAY DIFFRACTION93
5.175-6.47890.16961220.14211334X-RAY DIFFRACTION92
6.4789-19.33440.16191560.12771297X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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