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- PDB-1zh8: Crystal structure of Oxidoreductase (TM0312) from Thermotoga mari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zh8
タイトルCrystal structure of Oxidoreductase (TM0312) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution
要素oxidoreductase酸化還元酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TM0312 / oxidoreductase (EC 1.1.1.-) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH regeneration / oxidoreductase activity / nucleotide binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich ...Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, C-terminal / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Oxidoreductase (TM0312) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oxidoreductase
B: oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,59511
ポリマ－76,7522
非ポリマー1,8439
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.849, 63.088, 101.172
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ARG / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 328 / Label seq-ID: 17 - 340

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 oxidoreductase / 酸化還元酵素


分子量: 38375.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYE8, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.5
詳細: 8.0% Ethylene-Glycol, 10.0% PEG-8000, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97929
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月30日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979291
反射解像度: 2.5→28.96 Å / Num. obs: 27566 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value% possible all
2.5-2.563.80.374220210.374100
2.56-2.643.70.3142.419670.314100
2.64-2.713.70.2732.819240.273100
2.71-2.83.80.233.318520.23100
2.8-2.893.70.1933.918260.193100
2.89-2.993.70.1654.517520.165100
2.99-3.13.80.1475.116920.147100
3.1-3.233.80.1166.116370.116100
3.23-3.373.70.099715520.099100
3.37-3.543.70.0818.214880.081100
3.54-3.733.70.0719.214350.071100
3.73-3.953.70.0689.713520.068100
3.95-4.233.70.0659.412680.065100
4.23-4.563.70.0599.811850.059100
4.56-53.70.069.210940.06100
5-5.593.70.057109840.057100
5.59-6.453.60.05710.58890.057100
6.45-7.913.50.05311.47480.053100
7.91-11.183.40.04511.95810.04599.8
11.18-28.963.20.04712.73190.04794.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 16.246 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.516 / ESU R Free: 0.272
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1382 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.196 ---
obs0.19618 26222 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.297 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.73 Å20 Å21.08 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5026 0 118 146 5290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.987197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0795649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91924.844225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03215897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7591520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23607
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.210.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2770.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.29633232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.37655219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.75982150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.619111978
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2465 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.210.5
MEDIUM THERMAL0.722
LS精密化 シェル解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 90 -
Rwork0.238 1832 -
obs--96.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0658-0.4597-0.32372.24491.36372.80360.07060.0944-0.0276-0.0967-0.1640.0552-0.0449-0.20340.0934-0.24170.0081-0.0043-0.1510.0173-0.099250.58419.9793-0.4208
21.2314-0.0644-0.77632.52681.87353.81360.1033-0.12280.14270.4454-0.33680.3170.118-0.39340.23350.0416-0.10380.0452-0.0082-0.0833-0.057639.091935.625942.1249
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA4 - 32816 - 340
22BB5 - 32817 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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