PDB-1zh8: Crystal structure of Oxidoreductase (TM0312) from Thermotoga mari...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zh8

タイトル

Crystal structure of Oxidoreductase (TM0312) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution

要素

oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TM0312 / oxidoreductase (EC 1.1.1.-) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH regeneration / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Oxidoreductase (TM0312) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zh8.cif.gz	145.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zh8.ent.gz	113.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/1zh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/1zh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1agw-d 3fbt-1 5cee-1 3mv3-2 6nhl-1 5mu9-1 3el6-1 6tsn-1 2hk7-d 4ubf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282188

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: oxidoreductase

B: oxidoreductase

ヘテロ分子

78.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.849, 63.088, 101.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 5 - 328 / Label seq-ID: 17 - 340

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	oxidoreductase 分子量: 38375.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM0312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WYE8, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.5 詳細: 8.0% Ethylene-Glycol, 10.0% PEG-8000, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97929

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月30日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97929	1

反射

解像度: 2.5→28.96 Å / Num. obs: 27566 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value	% possible all
2.5-2.56	3.8	0.374	2	2021	0.374	100
2.56-2.64	3.7	0.314	2.4	1967	0.314	100
2.64-2.71	3.7	0.273	2.8	1924	0.273	100
2.71-2.8	3.8	0.23	3.3	1852	0.23	100
2.8-2.89	3.7	0.193	3.9	1826	0.193	100
2.89-2.99	3.7	0.165	4.5	1752	0.165	100
2.99-3.1	3.8	0.147	5.1	1692	0.147	100
3.1-3.23	3.8	0.116	6.1	1637	0.116	100
3.23-3.37	3.7	0.099	7	1552	0.099	100
3.37-3.54	3.7	0.081	8.2	1488	0.081	100
3.54-3.73	3.7	0.071	9.2	1435	0.071	100
3.73-3.95	3.7	0.068	9.7	1352	0.068	100
3.95-4.23	3.7	0.065	9.4	1268	0.065	100
4.23-4.56	3.7	0.059	9.8	1185	0.059	100
4.56-5	3.7	0.06	9.2	1094	0.06	100
5-5.59	3.7	0.057	10	984	0.057	100
5.59-6.45	3.6	0.057	10.5	889	0.057	100
6.45-7.91	3.5	0.053	11.4	748	0.053	100
7.91-11.18	3.4	0.045	11.9	581	0.045	99.8
11.18-28.96	3.2	0.047	12.7	319	0.047	94.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 16.246 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.516 / ESU R Free: 0.272
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1382	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
all	0.196	-	-	-
obs	0.19618	26222	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.297 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.73 Å²	0 Å²	1.08 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5026	0	118	146	5290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.98	7197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.079	5	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.919	24.844	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.032	15	897
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.759	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	3607
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.21	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.277	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.296	3	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.376	5	5219
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.759	8	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.619	11	1978

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2465 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
MEDIUM THERMAL	0.72	2

LS精密化シェル

解像度: 2.497→2.562 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	90	-
R_work	0.238	1832	-
obs	-	-	96.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0658	-0.4597	-0.3237	2.2449	1.3637	2.8036	0.0706	0.0944	-0.0276	-0.0967	-0.164	0.0552	-0.0449	-0.2034	0.0934	-0.2417	0.0081	-0.0043	-0.151	0.0173	-0.0992	50.584	19.9793	-0.4208
2	1.2314	-0.0644	-0.7763	2.5268	1.8735	3.8136	0.1033	-0.1228	0.1427	0.4454	-0.3368	0.317	0.118	-0.3934	0.2335	0.0416	-0.1038	0.0452	-0.0082	-0.0833	-0.0576	39.0919	35.6259	42.1249

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	4 - 328	16 - 340
2	2	B	B	5 - 328	17 - 340

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