PDB-5cea: Bd3460 Immunity Protein from Bdellovibrio bacteriovorus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cea

タイトル

Bd3460 Immunity Protein from Bdellovibrio bacteriovorus

要素

Bd3460

キーワード

PROTEIN BINDING / ankyrin repeat

機能・相同性

機能・相同性情報

Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Lovering, A.L. / Cadby, I.T. / Lambert, C. / Sockett, R.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Ankyrin-mediated self-protection during cell invasion by the bacterial predator Bdellovibrio bacteriovorus.
著者: Lambert, C. / Cadby, I.T. / Till, R. / Bui, N.K. / Lerner, T.R. / Hughes, W.S. / Lee, D.J. / Alderwick, L.J. / Vollmer, W. / Sockett, E.R. / Lovering, A.L.

履歴

登録	2015年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cea.cif.gz	379.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cea.ent.gz	314.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cea_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cea_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	5cea_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	5cea_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5cea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5cea	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5cebC 5cecC 5cedC 5cerC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1in0-2 5d66-1 3ehq-2 5aar-d 3ehr-2 5h76-3 3ehr-1 4iyi-1 4iyh-1 4r58-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bd3460

D: Bd3460

C: Bd3460

B: Bd3460

E: Bd3460

124 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Bd3460

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
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2

D: Bd3460

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Bd3460

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
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4

B: Bd3460

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Bd3460

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.430, 99.640, 173.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	A	A	26 - 218	26 - 218
2	1	SER	SER	LYS	LYS	D	B	26 - 218	26 - 218
1	2	SER	SER	SER	SER	A	A	26 - 217	26 - 217
2	2	SER	SER	SER	SER	C	C	26 - 217	26 - 217
1	3	SER	SER	SER	SER	A	A	26 - 217	26 - 217
2	3	SER	SER	SER	SER	B	D	26 - 217	26 - 217
1	4	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	28 - 216	28 - 216
2	4	LYS	LYS	LEU	LEU	E	E	28 - 216	28 - 216
1	5	SER	SER	SER	SER	D	B	26 - 217	26 - 217
2	5	SER	SER	SER	SER	C	C	26 - 217	26 - 217
1	6	SER	SER	SER	SER	D	B	26 - 217	26 - 217
2	6	SER	SER	SER	SER	B	D	26 - 217	26 - 217
1	7	LYS	LYS	LEU	LEU	D	B	28 - 216	28 - 216
2	7	LYS	LYS	LEU	LEU	E	E	28 - 216	28 - 216
1	8	SER	SER	LYS	LYS	C	C	26 - 219	26 - 219
2	8	SER	SER	LYS	LYS	B	D	26 - 219	26 - 219
1	9	LYS	LYS	LEU	LEU	C	C	28 - 216	28 - 216
2	9	LYS	LYS	LEU	LEU	E	E	28 - 216	28 - 216
1	10	LYS	LYS	LEU	LEU	B	D	28 - 216	28 - 216
2	10	LYS	LYS	LEU	LEU	E	E	28 - 216	28 - 216

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Bd3460 分子量: 24755.465 Da / 分子数: 5 / 断片: Bd3460 / 変異: A25M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア) 遺伝子: Bd3460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MHS9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40% v/v glycerol ethoxylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→100 Å / Num. obs: 80551 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	R_sym value: 0.493

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
SHELX		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.85→86.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.802 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2104	4252	5 %	RANDOM
R_work	0.1765	-	-	-
obs	0.1782	80551	98.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.61 Å² / B_iso mean: 38.045 Å² / B_iso min: 12.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.49 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→86.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7175	0	0	611	7786
B_iso mean	-	-	-	34.54	-
残基数	-	-	-	-	967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	7232
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.014	0.02	7378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.75	1.983	9713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.109	3	17027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.343	5	968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.251	28.11	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.414	15	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.466	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	8296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.27	1.559	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.264	1.558	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.964	2.31	4829

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	23280	0.09
1	2	D	23280	0.09
2	1	A	22754	0.11
2	2	C	22754	0.11
3	1	A	22376	0.11
3	2	B	22376	0.11
4	1	A	22574	0.1
4	2	E	22574	0.1
5	1	D	22880	0.11
5	2	C	22880	0.11
6	1	D	22308	0.12
6	2	B	22308	0.12
7	1	D	22548	0.11
7	2	E	22548	0.11
8	1	C	22704	0.12
8	2	B	22704	0.12
9	1	C	22392	0.12
9	2	E	22392	0.12
10	1	B	21912	0.13
10	2	E	21912	0.13

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	303	-
R_work	0.299	5941	-
all	-	6244	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8623	-2.499	0.8438	4.5948	-0.6556	8.4304	-0.1783	0.0369	-0.2424	0.0833	0.1087	0.3163	0.2597	-0.7828	0.0696	0.0562	-0.0728	-0.0036	0.1547	0.0032	0.0907	58.396	54.457	123.64
2	4.1415	-1.8842	-0.1476	4.7945	-0.8145	5.6966	-0.0896	0.1461	-0.0074	0.0284	0.0104	0.1244	0.1935	-0.4979	0.0793	0.0379	-0.037	-0.0196	0.0842	-0.0039	0.0492	65.779	56.715	117.889
3	5.0068	2.1492	0.0442	12.6605	6.6646	7.8136	-0.0382	0.3015	-0.2926	-0.0964	-0.1395	-0.0388	0.26	0.1079	0.1777	0.1184	-0.0138	-0.0316	0.0523	0.0025	0.0472	74.62	50.86	115.249
4	5.5194	0.327	0.4703	6.536	-1.0605	5.9281	0.0308	0.4076	0.0172	-0.2824	-0.0808	0.3109	-0.0105	-0.462	0.0501	0.0368	-0.0017	-0.0286	0.1077	0.0027	0.0398	70.027	59.236	107.308
5	3.807	-2.3966	-2.2816	9.7534	5.3399	7.9411	-0.0764	0.2097	-0.2748	-0.079	-0.2523	0.4015	0.5387	-0.3215	0.3287	0.111	-0.0567	-0.0354	0.087	0.0185	0.072	77.788	55.543	106.435
6	5.7212	-0.4984	1.4962	6.9276	1.7053	7.5077	0.0011	0.4679	0.1249	-0.3242	-0.0127	0.3136	-0.205	-0.3376	0.0117	0.0657	0.0032	-0.0233	0.0855	0.0185	0.022	77.807	62.055	100.145
7	1.7317	-0.4039	0.5822	2.8927	1.9258	8.0751	0.0311	0.166	-0.064	-0.2234	0.0696	-0.047	-0.1744	0.3545	-0.1007	0.1129	-0.0013	-0.0315	0.1386	-0.0165	0.0579	85.55	57.043	87.53
8	8.5612	-0.551	-0.8611	5.9766	-1.5663	6.0909	-0.0495	-0.5292	-0.3809	0.0172	-0.168	-0.0963	0.342	0.1224	0.2175	0.1917	-0.0068	0.0363	0.1203	0.0787	0.0672	81.002	51.302	139.583
9	3.8743	-0.1502	-0.9398	3.6988	-1.2344	3.5741	-0.1129	-0.134	-0.1597	0.005	-0.0499	-0.2244	0.3123	0.081	0.1628	0.078	-0.0403	0.0217	0.0688	0.023	0.0736	83.095	57.372	130.332
10	3.0218	0.4917	-1.5045	3.1258	-0.2375	4.2596	-0.0042	-0.352	-0.1576	0.2879	-0.1254	-0.2262	0.089	0.1939	0.1296	0.067	-0.0383	-0.0249	0.0719	0.0266	0.0385	92.185	65.042	121.876
11	9.7417	-2.6085	4.5195	11.0853	-0.6187	7.2675	0.0145	0.3847	-0.5027	-0.1943	-0.2014	-0.1466	0.7508	0.3199	0.1869	0.1178	0.0201	0.0619	0.0469	-0.0047	0.0863	94.654	61.779	112.492
12	6.707	0.5394	0.7972	1.8358	0.4707	2.2209	-0.0828	-0.2283	0.0253	0.1727	0.0025	0.0398	0.0958	0.0305	0.0803	0.0379	-0.0102	-0.008	0.0277	0.0211	0.0383	98.221	77.096	113.482
13	2.9028	-0.4225	-0.0218	7.7215	1.0347	2.6656	-0.0544	0.2106	-0.0486	-0.2227	-0.0393	0.1142	-0.0036	0.0766	0.0937	0.0337	-0.0236	-0.006	0.0526	0.0136	0.0124	100.286	78.722	107.96
14	7.6487	-2.5437	0.4868	10.0077	5.0637	14.3711	-0.0545	0.3513	0.3398	-0.1171	0.1216	-1.1596	-0.2059	1.2935	-0.0671	0.0409	-0.0484	-0.0074	0.1709	0.0604	0.1711	110.571	82.062	110.9
15	9.8733	0.0045	1.0255	5.8753	0.6918	7.618	0.0397	-0.5456	0.457	0.2036	-0.274	0.1513	-0.3586	-0.2143	0.2342	0.1491	0.0242	-0.0221	0.1913	-0.1028	0.0606	61.06	31.16	135.436
16	3.7119	0.7794	1.2046	3.2815	1.647	3.724	-0.0757	-0.3997	0.1611	0.0089	-0.1014	0.1095	-0.1592	-0.3039	0.1771	0.0516	-0.002	-0.015	0.0809	-0.0319	0.0376	59.58	25.184	126.119
17	2.7615	-0.1701	0.1956	8.4683	-0.0616	4.8561	-0.0096	0.004	0.2032	-0.1603	-0.0607	0.0313	-0.0795	-0.1426	0.0703	0.0494	-0.0411	-0.0134	0.0773	-0.0132	0.0359	55.884	18.66	116.421
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23	3.9717	-1.3384	1.9903	3.0196	-0.2645	4.4976	-0.051	0.1836	0.0694	0.0079	-0.001	-0.1761	0.0041	0.3112	0.0519	0.0668	0.0097	-0.0008	0.0375	0.0291	0.0672	80.38	25.835	118.053
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27	2.5788	-1.1977	1.463	3.8197	-0.7407	8.4425	-0.0878	0.5674	0.2725	-0.5049	-0.1498	-0.1395	0.0551	0.1265	0.2375	0.2423	-0.1191	-0.0462	0.311	0.0602	0.1855	60.79	25.22	87.189
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33	11.4095	1.4293	-4.6132	6.2727	4.1537	9.7296	0.0033	-0.3868	-1.2534	-1.3084	-0.1638	-0.0055	1.3244	1.1375	0.1604	1.6733	0.6397	-0.4558	0.8729	-0.1825	0.5178	52.807	50.776	92.536
34	8.8163	2.1406	-1.4319	15.9995	3.8948	2.4738	0.6579	-0.4154	-0.244	-0.1144	-0.1126	0.078	0.1677	0.5262	-0.5453	0.3253	0.0291	-0.1806	0.3977	-0.2211	0.3784	48.766	61.304	100.761
35	15.833	-2.1139	-3.5306	13.0934	-5.024	3.1692	-0.0342	-0.5646	-1.3101	0.0726	-0.1449	0.4168	0.0786	0.1525	0.1791	0.7141	-0.0168	-0.2572	0.4342	-0.0774	0.5824	43.971	50.221	101.093

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	88 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	98 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	117 - 131
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	132 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	155 - 217
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	26 - 54
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	55 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	98 - 143
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	144 - 156
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	157 - 178
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	179 - 206
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	207 - 216
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	26 - 50
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	51 - 112
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	113 - 131
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	132 - 156
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	157 - 178
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	179 - 190
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	191 - 220
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	26 - 48
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	49 - 86
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	87 - 113
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	114 - 134
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	135 - 154
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	155 - 204
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	205 - 218
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	28 - 53
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	54 - 97
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	98 - 135
32	X-RAY DIFFRACTION	32	E	136 - 173
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	174 - 192
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	193 - 205
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	206 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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