PDB-5ce0: Crystal structure of conserpin with Z-mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ce0

タイトル

Crystal structure of conserpin with Z-mutation

要素

Native conserpin with Z-variant (E342K)

キーワード

hydrolase inhibitor / Serine Protease Inhibitor / Aggregation Resistant / Consensus Design / Stability / Z-variant

機能・相同性

Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Porebski, B.T. / McGowan, S. / Keleher, S. / Buckle, A.M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Smoothing a rugged protein folding landscape by sequence-based redesign.
著者: Porebski, B.T. / Keleher, S. / Hollins, J.J. / Nickson, A.A. / Marijanovic, E.M. / Borg, N.A. / Costa, M.G. / Pearce, M.A. / Dai, W. / Zhu, L. / Irving, J.A. / Hoke, D.E. / Kass, I. / ...

履歴

登録	2015年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ce0.cif.gz	287.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ce0.ent.gz	232.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ce0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ce0_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ce0_full_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示
XML形式データ	5ce0_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	5ce0_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5ce0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5ce0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cdxSC 5cdzC 5ce2 PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5myd-1 2riw-d 5twl-d 5myf-d 3pve-d 1qu0-1 2y24-d 4bqo-2 4f19-d 2v3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Native conserpin with Z-variant (E342K)

B: Native conserpin with Z-variant (E342K)

85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Native conserpin with Z-variant (E342K)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Native conserpin with Z-variant (E342K)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.220, 150.270, 51.015
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Native conserpin with Z-variant (E342K) 分子量: 42578.398 Da / 分子数: 2 / 変異: E313K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.29 % / 解説: Large, rectangular crystals
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystals appeared within 5 days in 20% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.01 M Bis Tris and 0.2 M Magnesium chloride (hexahydrate)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月30日
放射	モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→37.57 Å / Num. obs: 32616 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.1474 / Net I/σ(I): 30.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CDX

5cdx

解像度: 2.3→37.568 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2294	1729	5.31 %	Random selection
R_work	0.2012	-	-	-
obs	0.2027	32565	99.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.568 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5331	0	0	243	5574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.685	7429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.817	1932
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	860
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	954

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3002-2.3679	0.3481	134	0.2864	2546	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3679-2.4443	0.3348	135	0.2729	2568	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4443-2.5316	0.3079	140	0.2625	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5316-2.633	0.2917	140	0.2579	2546	X-RAY DIFFRACTION	99
2.633-2.7528	0.285	152	0.2416	2558	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7528-2.8978	0.238	162	0.2383	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8978-3.0793	0.2716	124	0.2282	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0793-3.3169	0.2648	154	0.2209	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3169-3.6505	0.1985	162	0.1926	2554	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6505-4.1781	0.234	136	0.18	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1781-5.2617	0.1805	137	0.1528	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2617-37.5725	0.1869	153	0.1767	2612	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8305	3.1302	0.5698	6.4219	0.6152	1.2648	-0.4528	0.0477	0.1218	-1.1163	0.2988	0.3085	0.2059	0.2224	0.1874	0.3938	-0.015	-0.0819	0.3118	0.0062	0.2409	-1.318	-25.1187	-31.3986
2	4.0444	0.7293	2.5358	4.4402	0.6678	4.0861	-0.0482	0.1623	0.0433	-0.7755	-0.0643	0.4235	0.1653	-0.0762	0.0084	0.3274	0.0188	0.0276	0.2201	0.0003	0.2576	-9.2888	-22.1585	-32.7281
3	1.2147	0.1396	-0.5729	3.8886	0.7946	0.4638	0.0644	-0.3147	0.0659	-0.1374	0.2278	0.908	0.0383	-0.3564	-0.3722	0.3096	-0.0556	-0.0652	0.5641	-0.0513	0.5616	-19.1395	-15.6364	-25.9334
4	3.1669	-2.6386	0.2085	2.328	-0.8752	3.245	-0.4337	-0.1603	0.0146	0.0587	0.3553	1.133	-0.1104	-0.5708	0.2006	0.3863	0.0252	-0.099	0.594	0.0196	0.7885	-23.8221	-15.2425	-31.4953
5	9.6606	1.076	1.3943	6.2863	3.7363	8.6932	-0.6108	-1.0742	0.93	-0.3651	0.0297	1.0504	-0.7464	-1.018	0.7968	0.3808	0.1068	-0.0027	0.5462	-0.1899	0.7906	-16.7633	-3.0057	-22.0521
6	3.1555	1.2025	2.3686	2.4715	0.7356	1.7512	-0.039	-0.3425	0.4497	0.275	-0.2071	0.2486	-0.1904	-0.3559	0.2869	0.4156	0.0481	0.1294	0.3833	-0.1081	0.3918	0.0806	-9.5781	-14.7098
7	1.0211	-0.0635	0.4632	6.3688	-0.3721	2.8018	0.1299	0.0008	-0.0673	0.982	-0.0963	-0.277	0.2452	-0.1211	-0.034	0.4721	-0.0261	-0.1036	0.2806	-0.0298	0.3004	11.3823	-19.4926	-7.2689
8	2.1477	2.3409	-1.4269	7.1817	-0.5741	5.2571	0.1816	-0.1127	-0.4227	0.2346	-0.1304	-0.3174	0.2075	-0.1545	-0.0281	0.3291	-0.0768	-0.0089	0.3252	-0.017	0.2234	7.7216	-23.8537	-13.9514
9	2.7259	0.9439	2.6105	5.534	1.7618	4.2709	0.2977	0.0193	-0.1812	0.3705	-0.1968	-0.7426	0.3426	0.1109	-0.1428	0.2809	-0.0426	-0.0416	0.2692	-0.0071	0.3279	11.9404	-24.2009	-16.9273
10	4.151	0.3296	2.2426	2.014	-0.5765	3.4475	-0.4551	0.7443	0.6001	-0.794	0.1339	0.4078	-0.4406	0.4253	0.3564	0.5458	-0.0703	-0.1255	0.308	0.1088	0.4593	-7.2468	-11.7175	-36.024
11	4.0903	0.4359	1.993	1.7122	0.8549	2.2735	-0.0101	-0.4355	0.3102	0.0013	-0.1122	0.1526	0.0638	-0.287	0.1054	0.3477	-0.0373	0.0523	0.2919	0.026	0.3365	0.3701	-13.602	-19.7008
12	7.9026	5.8959	2.2357	6.5657	0.8592	3.1286	0.0839	-0.1278	-0.0114	0.0326	-0.0688	0.235	0.0223	0.0277	0.0081	0.2827	-0.0036	0.0171	0.2648	-0.0282	0.2497	1.3045	-19.9709	-18.4962
13	2.134	-0.3114	1.4674	2.7822	-0.5198	2.9031	0.1744	0.1006	-0.1224	-0.6884	-0.1196	0.3868	0.0407	-0.1097	0.0571	0.6064	0.0406	-0.1326	0.3263	-0.0474	0.4026	-1.2706	23.099	-38.2805
14	2.6939	-1.4177	1.0148	3.0037	-0.3181	3.2843	0.5751	0.6045	-0.7032	-0.5934	-0.0933	0.305	0.8123	0.2742	-0.5006	1.072	0.1241	-0.144	0.61	-0.1233	0.4642	4.7857	11.1538	-49.1558
15	1.7668	-0.8417	0.8518	2.7902	-0.8861	1.6132	0.1135	0.1778	-0.2304	-0.1884	-0.1266	-0.1434	0.1231	0.0372	-0.0433	0.3337	0.0247	-0.0045	0.2592	-0.0415	0.3175	15.1043	17.6947	-22.7153
16	3.6335	-2.1406	2.5724	6.7982	-1.6639	2.3543	0.0049	-0.5228	-0.0545	0.4537	0.036	0.2262	-0.2915	-0.2355	0.0507	0.3213	0.0491	-0.0118	0.3585	0.0251	0.2585	10.0689	25.4708	-15.7583
17	2.1116	-1.0731	1.5115	1.7112	-1.0651	2.7442	0.3016	0.0421	-0.4513	-0.488	-0.0042	0.2255	0.1905	-0.1466	-0.2861	0.4945	0.0045	-0.1059	0.2592	-0.0668	0.4352	3.8881	16.3679	-31.0793

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -5 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 101 through 121 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 122 through 146 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 147 through 186 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 187 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 205 through 227 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 228 through 262 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 263 through 294 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 295 through 339 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 340 through 361 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid -4 through 100 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 101 through 146 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 147 through 227 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 228 through 262 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 263 through 361 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)