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- PDB-5cdc: Crystal Structure of Israel acute Paralysis Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cdc
タイトルCrystal Structure of Israel acute Paralysis Virus
要素
  • VP1, Structural polyprotein
  • VP2, Structural polyprotein
  • VP3, Structural polyprotein
  • VP4
キーワードVIRUS / Virion / capsid / honeybee virus / pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Israeli acute paralysis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Mullapudi, E. / Plevka, P.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Virion Structure of Iflavirus Slow Bee Paralysis Virus at 2.6-Angstrom Resolution.
著者: Kalynych, S. / Pridal, A. / Palkova, L. / Levdansky, Y. / de Miranda, J.R. / Plevka, P.
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22016年8月24日Group: Database references
改定 1.32018年4月11日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.42018年5月30日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat
Item: _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1, Structural polyprotein
B: VP2, Structural polyprotein
C: VP3, Structural polyprotein
D: VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6614
ポリマ－87,6614
非ポリマー00
水00
1
A: VP1, Structural polyprotein
B: VP2, Structural polyprotein
C: VP3, Structural polyprotein
D: VP4
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,259,664240
ポリマ－5,259,664240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1, Structural polyprotein
B: VP2, Structural polyprotein
C: VP3, Structural polyprotein
D: VP4
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 438 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)438,30520
ポリマ－438,30520
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1, Structural polyprotein
B: VP2, Structural polyprotein
C: VP3, Structural polyprotein
D: VP4
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 526 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)525,96624
ポリマ－525,96624
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)343.149, 383.261, 329.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.31806453, -0.76845058, 0.5552645), (0.84959281, 0.49094665, 0.19277821), (-0.42074578, 0.41043281, 0.80902281)101.79343, 81.77116, -63.01766
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4generate(-0.78533023, 0.60621947, -0.12551647), (-0.39378635, -0.33271897, 0.85687246), (0.47769105, 0.72235452, 0.50001521)-105.90305, 185.23223, -97.48705
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47generate(-0.96848759, -0.21511631, -0.12552591), (-0.21511631, 0.46847012, 0.85689014), (-0.12552591, 0.85689014, -0.49998253)51.50361, 31.68593, -41.3712
48generate(-0.43798832, 0.58710427, -0.68078983), (-0.03094493, 0.74699592, 0.66410805), (0.89844791, 0.31193857, -0.3090076)-56.76203, -5.90336, 47.42772
49generate(0.64593047, 0.34539077, -0.68079296), (0.34537922, 0.66308653, 0.66410048), (0.68079882, -0.66409447, 0.30901699)-10.43638, 10.17884, 183.86433
50generate(0.78532985, -0.60621696, -0.12553096), (0.39378895, 0.33270188, 0.85687789), (-0.47768953, -0.72236449, 0.50000226)126.46008, 57.70748, 179.38787
51generate(0.21243241, 0.95263005, -0.21764295), (-0.0473642, -0.21242667, -0.97602845), (-0.97602721, 0.21764856, -5.74E-6)-164.74459, 312.29441, 40.18756
52generate(0.96848721, 0.21511892, 0.12552438), (0.21511881, -0.46848721, -0.85688017), (-0.12552456, 0.85688015, -0.5)-51.50735, 351.6097, -41.36785
53generate(0.43799106, -0.58710332, 0.68078889), (0.03092701, -0.74700214, -0.66410189), (0.89844719, 0.31192546, -0.30902291)56.75856, 389.19721, 47.43149
54generate(-0.64592839, -0.3453928, 0.6807939), (-0.34539279, -0.66307329, -0.66410664), (0.6807939, -0.66410664, 0.30900168)10.43333, 373.11229, 183.86791
55generate(-0.78533131, 0.60621476, 0.12553248), (-0.39377943, -0.33268747, -0.85688786), (-0.47769499, -0.72237297, 0.49998479)-126.46315, 325.58375, 179.39092
56generate(-0.21243307, -0.95262571, -0.2176613), (0.04736123, 0.21244613, -0.97602436), (0.97602721, -0.21764856, -1.306E-5)200.39196, 230.86882, 123.61466
57generate(-0.7853313, -0.39377943, -0.47769498), (0.60621476, -0.33268747, -0.72237297), (0.12553247, -0.85688786, 0.49998479)114.58686, 314.56861, 205.17126
58generate(-0.38335006, 0.21410191, -0.89844482), (0.21410191, -0.92566345, -0.31194157), (-0.89844483, -0.31194157, 0.30901351)32.54871, 394.5953, 116.37305
59generate(0.43798625, 0.03094695, -0.89844885), (-0.58709069, -0.74700916, -0.3119324), (-0.68080288, 0.66409306, -0.30901108)67.65144, 360.35472, -20.06386
60generate(0.54361876, -0.69013037, -0.47770149), (-0.6901421, -0.04361876, -0.72235814), (0.47768455, 0.72236934, -0.5)171.38427, 259.16619, -15.5883

-
要素

#1: タンパク質 VP1, Structural polyprotein


分子量: 23370.121 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 706-908 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Israeli acute paralysis virus (ウイルス)
参照: UniProt: D1FK67
#2: タンパク質 VP2, Structural polyprotein


分子量: 33266.758 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 401-699 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Israeli acute paralysis virus (ウイルス)
参照: UniProt: D1FK67
#3: タンパク質 VP3, Structural polyprotein


分子量: 27176.455 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 28-270 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Israeli acute paralysis virus (ウイルス)
参照: UniProt: D1FK67
#4: タンパク質・ペプチド VP4


分子量: 3847.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Due to the poor resolution of the structure the register of the amino acids for chain D remain unknown.
由来: (天然) Israeli acute paralysis virus (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Cadmium chloride, 0.1M Naacetate pH 4.5, 15% (v/v) PEG 400
PH範囲: 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→70 Å / Num. all: 668296 / Num. obs: 262425 / % possible obs: 72.7 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 1.09

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B35

1b35


解像度: 4→70 Å / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 /
反射数%反射
Rfree0 0 %
Rwork250379 -
obs250379 68.8 %
溶媒の処理Bsol: 73.2556 Å2
原子変位パラメータBiso max: 400 Å2 / Biso mean: 130.4322 Å2 / Biso min: 10 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.198 Å20 Å2-0 Å2
2---5.988 Å2-0 Å2
3---9.186 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6120 0 0 0 6120
残基数----791
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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