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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ccf | ||||||
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タイトル | Structure of Mouse ADP-Dependent Glucokinase | ||||||
要素 | ADP-dependent glucokinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ADPGK / glucose-6-phosphate / ribokinase / kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ADP-specific glucose/glucosamine kinase / ADP-specific glucokinase activity / Glycolysis / glycolytic process / glucose metabolic process / endoplasmic reticulum / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Richter, J.P. / Ronimus, R.S. / Sutherland-Smith, A.J. | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: The Structural and Functional Characterization of Mammalian ADP-dependent Glucokinase. 著者: Richter, J.P. / Goroncy, A.K. / Ronimus, R.S. / Sutherland-Smith, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ccf.cif.gz | 192.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ccf.ent.gz | 149.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ccf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ccf_validation.pdf.gz | 432.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ccf_full_validation.pdf.gz | 433.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ccf_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ccf_validation.cif.gz | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/5ccf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/5ccf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53067.738 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-495 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Adpgk / プラスミド: pBAD-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8VDL4, ADP-specific glucose/glucosamine kinase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.82 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NH4Cl, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月26日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal (Si111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.094→47.416 Å / Num. all: 26310 / Num. obs: 26310 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/av σ(I): 9.3 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 1UA4, 1L2L, & 1GC5 解像度: 2.1→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 12.502 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.201 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.4 Å
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拘束条件 |
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