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- PDB-2i0k: Cholesterol Oxidase from Brevibacterium sterolicum- His121Ala Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2i0k
タイトルCholesterol Oxidase from Brevibacterium sterolicum- His121Ala Mutant
要素Oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MIX ALPHA BETA / covalent FAD / Flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / FAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cholesterol oxidase, substrate-binding / Cholesterol oxidase, substrate-binding / L-gulonolactone/D-arabinono-1,4-lactone oxidase / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal ...Cholesterol oxidase, substrate-binding / Cholesterol oxidase, substrate-binding / L-gulonolactone/D-arabinono-1,4-lactone oxidase / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacterium sterolicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vrielink, A. / Lim, L.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2006
タイトル: Structural and kinetic analyses of the H121A mutant of cholesterol oxidase.
著者: Lim, L. / Molla, G. / Guinn, N. / Ghisla, S. / Pollegioni, L. / Vrielink, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Oxygen access to the active site of cholesterol oxidase through a narrow channel is gated by an Arg-Glu pair.
著者: Coulombe, R. / Yue, K.Q. / Ghisla, S. / Vrielink, A.
履歴
登録2006年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9549
ポリマ－61,5081
非ポリマー1,4468
水12,574698
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.635, 85.851, 78.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2016-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Oxidoreductase


分子量: 61508.012 Da / 分子数: 1 / 変異: H121A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacterium sterolicum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SID9, cholesterol oxidase

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非ポリマー , 5種, 706分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG 8K, MnSO4, NaCacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→72.55 Å / Num. all: 109450 / Num. obs: 109450 / % possible obs: 96.13 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 18.06
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 5.07 / Num. unique all: 10776 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1I19

1i19


解像度: 1.6→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.995 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16724 5461 5 %RANDOM
Rwork0.14793 ---
all0.14888 109450 --
obs0.14888 109450 96.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å2-0.13 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4178 0 83 698 4959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224578
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2311.956275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82839539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9145534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.24640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.22334
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5411.52715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99424460
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45631863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3894.51815
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.191 416
Rwork0.18 7502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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