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- PDB-5cc8: Structure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter bau... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cc8
タイトルStructure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with AMPPNP
要素Thiamine-monophosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of thiamine monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with substrates and products.
著者: Sullivan, A.H. / Dranow, D.M. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.
履歴
登録2015年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine-monophosphate kinase
B: Thiamine-monophosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,10616
ポリマ－68,7202
非ポリマー1,38614
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.140, 93.760, 72.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-651-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thiamine-monophosphate kinase / Thiamine-phosphate kinase


分子量: 34359.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AB5075-UW / 遺伝子: thiL, HMPREF0021_00055 / プラスミド: AcbaC.17905.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F5HTN4, thiamine-phosphate kinase

-
非ポリマー , 5種, 563分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: native crystal: JCSG+ g10 30% PEG 2000 MME, 150mM KBr; AnphA.17905.a.B1.PW37686 at 25mg/ml, 6mM each MgCl2; cryo: 20% EG, 5mM Mg/AMPPNP; tray 263060g10, puck ute6-5; iodide crystal: JCSG+ b2: ...詳細: native crystal: JCSG+ g10 30% PEG 2000 MME, 150mM KBr; AnphA.17905.a.B1.PW37686 at 25mg/ml, 6mM each MgCl2; cryo: 20% EG, 5mM Mg/AMPPNP; tray 263060g10, puck ute6-5; iodide crystal: JCSG+ b2: 20% PEG 3350, 200mM NaSCN; AnphA.17905.a.B1.PW37686 at 25mg/ml, 6mM each MgCl2, AMPPNP; cryo: soak in 10% and 20% of a 2.5M NaI solution in EG added to reservoir solution, 10 sec soaks each; tray 263060b2, puck hmh9-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月18日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 1616237 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.12 / D res high: 2 Å / Num. obs: 76802 / % possible obs: 99.4
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 60460 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.23 % / Biso Wilson estimate: 17.54 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 33.71 / Num. measured all: 861120
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.75-1.88.290.8440.5773.8736491854685350.61799.9
1.8-1.840.8930.4423.4437339834683400.50199.9
1.84-1.90.9440.3494.2837849814281360.39399.9
1.9-1.960.9640.2366.4138186787478730.265100
1.96-2.020.9750.2047.4638521761476110.228100
2.02-2.090.9860.15110.3938863738073770.167100
2.09-2.170.9920.12913.644282716971680.142100
2.17-2.260.9950.10618.0548953685168460.11499.9
2.26-2.360.9970.09420.5749949659965940.10199.9
2.36-2.470.9980.0824.0150219625962530.08699.9
2.47-2.610.9980.0727.6151788601460030.07599.8
2.61-2.770.9990.06332.0654025563756320.06799.9
2.77-2.960.9990.05439.560031531553070.05699.8
2.96-3.20.9990.04447.1956713495849550.04699.9
3.2-3.510.03656.2752130455945560.03899.9
3.5-3.9110.03167.3946642409140910.033100
3.91-4.5210.02774.5941578364236340.02999.8
4.52-5.5310.02673.5835237305030490.027100
5.53-7.8310.02768.0527687237423740.028100
7.83-500.9990.02284.114637129612890.02399.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER3.15位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(1.10pre_2089: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: iodide soak

解像度: 1.75→47.905 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1936 3078 5.09 %Random selection
Rwork0.1589 57359 --
obs0.1606 60437 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.4 Å2 / Biso mean: 24.0567 Å2 / Biso min: 7.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→47.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4424 0 74 551 5049
Biso mean--15.78 33.15 -
残基数----592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0166373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1812792
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.77740.21951430.179225502693100
1.7774-1.80650.24491340.18825692703100
1.8065-1.83760.23111290.182825882717100
1.8376-1.87110.23061330.184225662699100
1.8711-1.9070.2211240.177126172741100
1.907-1.9460.22251390.165825692708100
1.946-1.98830.22771340.173226032737100
1.9883-2.03450.1791430.164925702713100
2.0345-2.08540.19751470.163125802727100
2.0854-2.14180.19071380.155725732711100
2.1418-2.20480.21151660.162325542720100
2.2048-2.2760.17341310.160726292760100
2.276-2.35730.20941430.165225742717100
2.3573-2.45170.2121420.163826022744100
2.4517-2.56330.21281570.162625682725100
2.5633-2.69840.20781560.163825992755100
2.6984-2.86750.19961350.166726112746100
2.8675-3.08880.17721360.160326262762100
3.0888-3.39960.17491420.152826292771100
3.3996-3.89130.19681350.140926742809100
3.8913-4.90190.17031520.138426742826100
4.9019-47.9230.15981190.16092834295399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7918-2.5584-2.96883.4866-0.38425.5152-0.03350.42560.4637-0.41520.13780.0311-0.3692-0.1206-0.14770.299-0.0135-0.00510.18940.02820.21222.344629.30865.0123
20.23670.1344-0.04511.95070.50661.1384-0.04390.01170.0156-0.14450.0145-0.0164-0.13680.08280.02840.0945-0.018-0.02380.1322-0.00570.109723.279816.19710.7231
37.26181.59160.31122.77380.4552.9693-0.2070.07450.2529-0.54880.1634-0.0373-0.26630.1380.04510.2012-0.0458-0.0020.13430.02870.097627.334320.220.9343
40.245-0.01250.07151.62370.76070.9095-0.0480.04-0.0128-0.02430.04510.0218-0.02520.02720.00430.0602-0.0129-0.01320.1327-0.00230.111222.93845.59337.9857
51.76820.4712-0.31542.89920.75981.8709-0.10120.1625-0.22890.08330.1044-0.18180.21240.03840.01080.1069-0.00850.01270.1084-0.02420.134621.87-8.68548.7326
62.6107-0.58960.31463.85190.09143.54940.00870.0577-0.25980.50740.08680.00730.24760.0978-0.07560.1756-0.0236-0.01240.1148-0.02790.149221.175-15.161810.1185
70.97371.01861.15691.8485-0.3433.4423-0.0623-0.2103-0.06920.4943-0.07830.17340.1797-0.09310.0750.1887-0.00210.02030.149-0.02980.137916.46799.188627.1012
81.969-0.38350.45322.08390.24372.2047-0.0230.01490.01320.2353-0.0218-0.1534-0.02660.15470.06280.1283-0.0074-0.03270.0993-0.01350.103925.80122.67326.3586
96.6637-2.2608-1.00263.60980.52511.7574-0.2112-0.4155-0.13570.69240.2215-0.18950.10740.2051-0.0170.27840.013-0.05890.15280.01350.122526.802916.198635.7116
100.27540.2005-0.0692.31721.04060.80950.04240.00180.01370.096-0.01990.0058-0.06840.0355-0.01760.1477-0.0004-0.01950.1314-0.00370.093623.214331.048628.1759
112.2798-0.06920.25091.9670.44441.86570.0438-0.05630.119-0.1175-0.0254-0.0478-0.31890.0402-0.00270.2536-0.0032-0.00550.0878-0.00880.104123.16345.351927.6421
122.54990.29450.12151.98970.24252.25690.1097-0.05380.3453-0.4383-0.09490.0922-0.33940.0205-0.01160.38210.02950.03110.1346-0.01860.169421.674251.73426.8621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 20 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 92 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 110 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 111 through 189 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 190 through 266 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 267 through 298 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 3 through 35 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 36 through 92 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 93 through 110 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 111 through 189 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 190 through 265 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 266 through 298 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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