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- PDB-5cbe: E10 in complex with CXCL13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cbe
タイトルE10 in complex with CXCL13
要素
  • C-X-C motif chemokine 13
  • E10 heavy chain
  • E10 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-CXCL13 / E10 / scFv
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / lymphocyte chemotaxis across high endothelial venule / CXCR5 chemokine receptor binding / endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / CCR10 chemokine receptor binding / CXCR3 chemokine receptor binding / B cell chemotaxis / regulation of humoral immune response / chronic inflammatory response / CXCR chemokine receptor binding ...negative regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / lymphocyte chemotaxis across high endothelial venule / CXCR5 chemokine receptor binding / endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / CCR10 chemokine receptor binding / CXCR3 chemokine receptor binding / B cell chemotaxis / regulation of humoral immune response / chronic inflammatory response / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of integrin activation / CD22 mediated BCR regulation / activation of GTPase activity / germinal center formation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / fibroblast growth factor binding / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / regulation of angiogenesis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / neutrophil chemotaxis / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell signaling / heparin binding / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / receptor ligand activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / : / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy variable 1-69D / C-X-C motif chemokine 13 / Immunoglobulin lambda variable 2-14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tu, C. / Bard, J. / Mosyak, L.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: A Combination of Structural and Empirical Analyses Delineates the Key Contacts Mediating Stability and Affinity Increases in an Optimized Biotherapeutic Single-chain Fv (scFv).
著者: Tu, C. / Terraube, V. / Tam, A.S. / Stochaj, W. / Fennell, B.J. / Lin, L. / Stahl, M. / LaVallie, E.R. / Somers, W. / Finlay, W.J. / Mosyak, L. / Bard, J. / Cunningham, O.
履歴
登録2015年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E10 heavy chain
B: E10 light chain
C: E10 heavy chain
D: E10 light chain
E: C-X-C motif chemokine 13
F: C-X-C motif chemokine 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0137
ポリマ－75,9516
非ポリマー621
水1,67593
1
A: E10 heavy chain
B: E10 light chain
E: C-X-C motif chemokine 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0384
ポリマ－37,9753
非ポリマー621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
2
C: E10 heavy chain
D: E10 light chain
F: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9753
ポリマ－37,9753
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.000, 125.000, 98.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細Trimer confirmed by gel filtration

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要素

#1: 抗体 E10 heavy chain


分子量: 14663.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 遺伝子: IGHV1-69-2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: A0A0B4J2H0
#2: 抗体 E10 light chain


分子量: 12844.972 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P04209
#3: タンパク質 C-X-C motif chemokine 13 / Angie / B cell-attracting chemokine 1 / BCA-1 / B lymphocyte chemoattractant / CXC chemokine BLC / ...Angie / B cell-attracting chemokine 1 / BCA-1 / B lymphocyte chemoattractant / CXC chemokine BLC / Small-inducible cytokine B13


分子量: 10466.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL13, BCA1, BLC, SCYB13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43927
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: long rod
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM KH2PO4, 100 mM NaH2PO4, 100 mM MES pH 6, 2000 mM NaCl
PH範囲: 6

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 34874 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 59.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: E10 and 3GV3/2R3Z/4HSV/3IL8

3gv3

2r3z

4hsv

3il8


解像度: 2.4→40.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9049 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8838 / SU R Cruickshank DPI: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.316 / SU Rfree Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.242
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2746 1751 5.02 %RANDOM
Rwork0.2481 ---
obs0.2495 34852 99.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6629 Å20 Å20 Å2
2---4.6629 Å20 Å2
3---9.3259 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.609 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→40.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4599 0 4 93 4696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084711HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.066401HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1566SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes98HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes689HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4711HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion631SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5074SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 135 4.61 %
Rwork0.2506 2795 -
all0.2514 2930 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5723-1.11950.59831.77930.9623.5191-0.0198-0.50940.23570.2863-0.4321.4955-0.0709-0.43060.4518-0.4499-0.02980.041-0.4521-0.21660.772E10 heavy chain-42.031288.531-18.4422
22.49270.34030.61296.98552.10184.76450.08120.3026-0.1253-0.8378-0.38490.9965-0.23670.30810.3037-0.14850.0465-0.2343-0.22490.07730.053E10 light chain-27.41284.8883-33.0132
32.098-0.1369-0.3434.12954.0315.6197-0.00360.1802-0.271-0.1954-0.0493-0.03670.1499-0.0790.0529-0.1304-0.33790.03870.2402-0.106-0.459E10 heavy chain-14.391832.9913-19.101
43.66560.47012.4343.49583.15821.1317-0.41080.6386-0.015-0.28680.54420.4531-0.1975-0.4539-0.1334-0.2797-0.3793-0.02060.80850.1239-0.5335E10 light chain-32.864735.7885-8.9025
53.0695-0.18162.41040.0464-3.22536.5379-0.0467-0.2690.08170.45880.06210.14290.0822-0.1274-0.01540.38150.03330.1966-0.33810.1301-0.2617CXCL13-21.921476.0432-1.1157
6-0.7218-1.3248-1.23267.1051-5.31161.8669-0.16570.47940.4586-0.17550.199-0.0091-0.4422-0.0697-0.03330.03050.0163-0.08640.16060.1151-0.2846CXCL13-9.66959.0684-7.4758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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