PDB-5cam: Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of the Pseudomonas pu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cam

タイトル

Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of the Pseudomonas putida Anti-sigma Factor PupR (SeMet)

要素

PupR protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Bacterial Proteins / Membrane Proteins / Cytoplasm / Sigma Factor / Transcription Factors / Gene Expression Regulation

機能・相同性

FecR, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4880) / FecR protein / Fe(2+)-dicitrate sensor, transmembrane component / FecR protein / sigma factor antagonist activity / PupR protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.171 Å

データ登録者

Jensen, J.L. / Colbert, C.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Mechanistic Implications of the Unique Structural Features and Dimerization of the Cytoplasmic Domain of the Pseudomonas Sigma Regulator, PupR.
著者: Jensen, J.L. / Balbo, A. / Neau, D.B. / Chakravarthy, S. / Zhao, H. / Sinha, S.C. / Colbert, C.L.

履歴

登録	2015年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cam.cif.gz	148.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cam.ent.gz	128.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cam_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cam_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	5cam_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	5cam_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/5cam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/5cam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cosC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cos-1 6wl5-4 3lfj-2 1ijx-3 5ejn-1 2oin-1 1h1h-d 4euw-d 4n3e-23 1xdf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PupR protein

B: PupR protein

C: PupR protein

D: PupR protein

39 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: PupR protein

D: PupR protein

登録者が定義した集合体
19.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: PupR protein

B: PupR protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.491, 134.691, 34.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PupR protein 分子量: 9749.245 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 1-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: loc5358 / 遺伝子: pupR / プラスミド: pMBP-Parallel-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q52209
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.0, 3M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→134.7 Å / Num. obs: 14546 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.17→2.29 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	AutoSol	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.171→67.346 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	1434	10.12 %
R_work	0.1779	-	-
obs	0.1818	14172	94.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.171→67.346 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1849	0	0	96	1945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	1971
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.511	2687
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.928	719
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	275
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	352

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1706-2.2482	0.4393	102	0.3411	880	X-RAY DIFFRACTION	66
2.2482-2.3382	0.3062	141	0.2809	1221	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3382-2.4446	0.2715	144	0.2148	1278	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4446-2.5735	0.2098	149	0.1894	1322	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5735-2.7347	0.1854	142	0.1774	1326	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7347-2.9459	0.2362	154	0.1826	1338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9459-3.2423	0.213	150	0.1847	1332	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2423-3.7115	0.2309	147	0.163	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7115-4.6759	0.1783	152	0.1381	1345	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6759-67.3779	0.1918	153	0.17	1340	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4472	2.9641	3.2683	8.5947	5.7757	4.0786	-0.1817	0.0062	1.1464	1.0378	0.059	-1.2627	-1.1987	0.7933	-0.2818	1.2444	-0.1247	-0.144	0.3845	0.0173	0.8334	29.1704	23.7599	4.1397
2	6.9701	4.8985	1.9068	4.3167	-0.7117	6.4207	-0.2704	1.2329	0.412	-0.9959	0.5472	-1.4213	-1.9612	0.626	-0.0995	0.9559	-0.2012	0.2308	0.5631	-0.0609	0.6239	30.2484	16.7914	-7.3064
3	6.5678	-1.0668	-1.1548	2.1868	1.3781	0.9057	-0.1092	0.0595	0.7734	1.455	0.3543	0.4551	-0.8726	-0.2766	-0.0624	1.0184	0.0055	0.0551	0.2687	0.068	0.6477	24.0303	14.0237	6.3149
4	8.7376	-2.6145	3.1682	4.4301	2.9881	5.9596	-0.9868	0.31	0.3843	1.3104	-0.3208	1.1131	-0.6692	-0.0051	1.1493	1.0423	-0.0895	0.039	0.3701	-0.0216	0.8822	19.7177	27.8056	0.6108
5	5.8565	-3.2592	1.6488	3.701	-3.5499	5.0197	-0.0863	0.0923	-0.1419	0.0383	0.4394	1.6044	0.947	-0.9285	-0.1565	1.0676	-0.0218	-0.055	0.422	-0.0564	0.8029	20.8261	40.1242	1.333
6	7.3895	-0.5693	-2.4707	5.5628	-2.2535	2.5335	-0.563	-0.3874	0.0756	1.5767	0.177	-1.1116	0.4296	0.183	0.4469	0.9459	-0.0645	-0.1329	0.3382	0.052	0.6239	28.8101	40.1755	3.6241
7	5.0515	-0.722	-1.1732	4.745	0.0918	2.9196	0.089	0.5818	0.0616	0.0642	0.0075	0.8405	-0.1677	-1.6392	0.0009	0.2055	0.0112	-0.0083	0.5001	0.0044	0.335	34.7731	65.764	0.6394
8	4.6951	1.593	-0.2815	4.404	0.4125	5.9719	0.133	0.1687	-0.5308	0.048	-0.0056	-0.6187	0.6234	0.2858	-0.1334	0.2027	0.0747	-0.061	0.2545	0.0025	0.2776	38.7405	61.0834	3.8069
9	5.3276	0.6821	-1.2687	6.0793	1.026	8.2547	-0.0037	-0.5617	-0.1687	0.1871	-0.0016	0.2565	0.3	-0.3559	0.0503	0.1782	0.0096	-0.0088	0.3626	0.045	0.3324	21.2733	62.0803	-1.1552
10	8.412	-3.8469	-2.5574	6.5007	2.7775	7.4885	0.0765	-0.6859	1.0655	-0.0043	0.2553	0.1652	-1.2683	0.2759	-0.3828	0.3696	-0.0356	0.0426	0.2724	-0.0451	0.3942	19.2321	73.4026	-4.0536

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 30 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 44 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 45 through 65 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 31 through 64 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 7 through 30 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 31 through 65 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 7 through 44 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 45 through 65 )

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